Грам-тискәре, аэроб, тозга чыдам, актив, таяк формасындагы һәм ерткыч бактерияләр ASxL5T Англиянең Ноттингемширдагы сыер тезе буасыннан изоляцияләнде һәм Кампилобактерны үз корбаны итеп кулланды. Соңыннан, Кампилобактерның башка төрләре һәм Enterobacteriaceae гаиләсе әгъзалары ерткыч булып табылды. Төп күзәнәкләрсез субкультурадан соң, ми йөрәк инфузиясе агарында зәгыйфь асептик үсешкә ирешелде. Оптималь үсеш шартлары 37 ° C һәм pH 7. Электрон микроскопия тапшыру олы булу белән бәйле бик гадәти булмаган морфологик үзенчәлекләрне ачты. 16S rRNA ген эзлеклелеген кулланып филогенетик анализ шуны күрсәтте: изоляция диңгез спирулина гаиләсе әгъзасы белән бәйле, ләкин билгеле бер нәсел әгъзасы буларак ачык классификацияләнә алмый. ASxL5T-ның бөтен геном эзлеклелеге диңгез спирохетлары әгъзалары белән мөнәсәбәтләрне раслады. Мәгълүматлар базасында эзләнүләр ачыклаганча, берничә ASxL5Ts 16S rRNA ген эзлеклелеген океаннан, җир өслегеннән һәм җир асты суларыннан берничә культурасыз бактерия белән бүлешәләр. Без ASxL5T штаммы яңа төрдә яңа төрне күрсәтергә тәкъдим итәбез. Venatorbacter cucullus gen исемен тәкъдим итәбез. Ноябрь, сп. Ноябрь аенда ASxL5T тип төре буларак кулланылды.
Ерткыч бактерияләр - биосинтетик материаллар һәм энергия алу өчен башка тере бактерияләрне аулау һәм үтерү сәләтен күрсәтүче бактерияләр. Бу үле микроорганизмнардан туклыклы матдәләрнең торгызылуыннан аерылып тора, һәм ул шулай ук ​​паразитик үзара бәйләнештән дә аерылып тора, анда бактерияләр хуҗасы белән якын мөнәсәбәтләр булдыралар, аларны үтермичә. Ерткыч бактерияләр төрле тормыш циклларын үстерделәр, алар булган урыннардагы мул азык чыганакларыннан файдалану өчен (диңгез яшәеше кебек). Алар таксономик яктан күптөрле төркем, алар уникаль стерилизация тормыш циклы белән бәйләнгән1. Йырткыч бактерияләр мисаллары берничә төрле филада табылды, алар арасында: Протеобактерия, Бактероидлар һәм Хлорелла.3. Ләкин, иң яхшы өйрәнелгән ерткыч бактерияләр - Бделовибрио һәм Бделовибрио һәм охшаш организмнар (BALOs4). Ерткыч бактерияләр - яңа биологик актив кушылмаларның һәм антибактериаль агентларның өметле чыганагы5.
Ерткыч бактерияләр микробиаль төрлелекне арттыралар һәм экосистеманың сәламәтлегенә, җитештерүчәнлегенә һәм тотрыклылыгына уңай йогынты ясыйлар6. Бу уңай атрибутларга карамастан, бактерияләрне үстерү авырлыгы һәм аларның катлаулы тормыш циклларын аңлар өчен күзәнәкнең үзара бәйләнешен игътибар белән күзәтү зарурлыгы аркасында яңа ерткыч бактерияләр турында тикшеренүләр аз. Бу мәгълүматны компьютер анализыннан алу җиңел түгел.
Антимикробиаль каршылык көчәя барган чорда, бактериофаглар һәм ерткыч бактерияләр куллану кебек бактерияле патогеннарга каршы яңа стратегияләр өйрәнелә. ASxL5T бактерияләре Ноттингемшир, Ноттингемшир университетының Сөт үзәгеннән җыелган сыер тезеннән фаз изоляциясе технологиясе ярдәмендә изоляцияләнделәр. Тикшерүнең максаты - биологик контроль агент буларак потенциалы булган организмнарны изоляцияләү. Кампилобактер hyointestinalis - зоонотик патоген, ул кеше эчәк авырулары белән көннән-көн бәйләнештә тора10. Ул серумда бар һәм максатчан хуҗа буларак кулланыла.
ASxL5T бактериясе сыер итеннән изоляцияләнде, чөнки C. hyointestinalis газонында барлыкка килгән такталарның бактериофаглар ясаган охшашлыгы күзәтелде. Бу көтелмәгән табыш, чөнки фазны изоляцияләү процессының бер өлеше бактерия күзәнәкләрен бетерү өчен эшләнгән 0,2 мм фильтр аша фильтрлауны үз эченә ала. Тактадан алынган материалны микроскопик тикшерү ачыклады, кечкенә грамм-тискәре кәкре таяк формасындагы бактерияләр полихидроксибутират (PHB) тупламаган. Йырткыч күзәнәкләреннән бәйсез асептик культура бай каты уртада (мәсәлән, баш ми инфузиясе агар (BHI) һәм кан агарында) тормышка ашырыла, һәм аның үсеше зәгыйфь. Авыр инокулум яхшырган субкультурадан соң алына. Ул микроероб (7% v / v кислород) һәм атмосфера кислород шартларында тигез үсә, ләкин анаероб атмосферасында түгел. 72 сәгатьтән соң колониянең диаметры бик кечкенә иде, 2 ммга җитте, һәм ул беж, тонык, түгәрәк, конвекс һәм ялтыравыклы иде. Стандарт биохимик тестка комачаулыйлар, чөнки ASxL5T сыек медиада ышанычлы культуралы була алмый, бу биофильм формалашуның катлаулы тормыш циклына таянырга мөмкинлеген күрсәтә. Ләкин, тәлинкә асылуы ASxL5T аэробик, оксида һәм каталаза өчен уңай һәм 5% NaCl түзә ала икәнен күрсәтте. ASxL5T 10 µг стрептомицинга каршы, ләкин тикшерелгән бүтән антибиотикларга сизгер. ASxL5T бактерия күзәнәкләре TEM тарафыннан тикшерелде (1 нче рәсем). БАда ерткыч күзәнәкләрсез үскәндә, ASxL5T күзәнәкләре кечкенә Кампилобактер, уртача озынлыгы 1,63 мм (± 0,4), киңлеге 0,37 мм (± 0.08), һәм бер озын (5 мм) багана. Сексуаль флагелла. Күзәнәкләрнең якынча 1,6% киңлеге 0,2 ммнан да азрак булып күренә, бу фильтр җайланмасы аша үтәргә мөмкинлек бирәчәк. Кайбер күзәнәкләр өстендә гадәти булмаган структур киңәйтү күзәтелде, ярминкәгә охшаган (латин кукулусы) (укларны 1D, E, G карагыз). Бу артык тышкы мембраналардан тора кебек, бу периплазмик конвертның зурлыгының тиз кимүенә бәйле булырга мөмкин, ә тышкы мембрана тотрыклы булып, "иркен" күренешне күрсәтә. ASxL5Tны туклыклы матдәләр булмаганда (ПБСта) озак вакыт 4 ° C температурада үстерү нәтиҗәсендә күпчелек (ләкин барысы да түгел) кокаль морфологиясен күрсәттеләр (1С рәсем). ASxL5T Кампилобактер джейуни белән 48 сәгать олы булып үскәч, күзәнәкнең уртача күләме хуҗасыз үскән күзәнәкләргә караганда озынрак һәм таррак (1 таблица һәм 1E рәсем). Киресенчә, ASxL5T Э.Коли белән 48 сәгать олы булып үскәч, күзәнәкнең уртача зурлыгы олы булмаганга караганда озынрак һәм киңрәк (1 таблица), һәм күзәнәк озынлыгы үзгәрә, гадәттә филаментлы (1F рәсем). Кампилобактер джейуни яки Э.Коли белән 48 сәгать дәвамында инкубацияләнгәндә, ASxL5T күзәнәкләре бөтенләй флагелла күрсәтмәделәр. 1 нче таблицада ASxL5T төренең булуына, булмавына һәм олы төренә нигезләнеп күзәнәк зурлыгындагы үзгәрешләр күзәтелә.
ASx5LT TEM дисплей: (A) ASx5LT озын камчы күрсәтә; Б) типик ASx5LT батарея; (C) кокси ASx5LT күзәнәкләре, туклыксыз озак инкубациядән соң; (D) ASx5LT күзәнәкләре төркеме аномальлекне күрсәтәләр (E) Кампилобактер корты белән инкубацияләнгән ASx5LT күзәнәк төркеме күзәнәк озынлыгын күрсәттеләр, олы үсмәгәннәр белән чагыштырганда (D) шулай ук ​​апикаль структураны күрсәттеләр; (F) Зур филаментлы флагелла, ASx5LT күзәнәкләре, Э.Коли корты белән инкубациядән соң; (G) гадәти булмаган өске структураны күрсәтеп, Э.Коли белән инкубациядән соң бер ASx5LT күзәнәк. Бар 1 мм тәшкил итә.
16S rRNA ген эзлеклелеген билгеләү (кушылу номеры MT636545.1) мәгълүмат базасында эзләнүләргә Гаммапротеобактерия классындагы охшаш эзлеклелекне булдырырга мөмкинлек бирә, һәм диңгез спириллумы гаиләсендәге диңгез бактерияләренә иң якын (2 нче рәсем), һәм Талассолиту нәселенең әгъзалары. Диңгез Бакиллусына иң якын туган. 16S rRNA ген эзлеклелеге Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) гаиләсенә караган ерткыч бактерияләрдән аерылып тора. Б. бактериоворус HD100T (тип төре, DSM 50701) һәм B.11 бактериоворус DM11A белән парлы чагыштыру 48,4% һәм 47,7%, ә B. exovorus JSS өчен ул 46,7% иде. ASxL5T бактерияләренең 16S rRNA генының 3 күчермәсе бар, аларның икесе бер-берсенә охшаган, өченчесе 3 нигез. Башка ике ерткыч бактерия изоляциясе (ASx5S һәм ASx5O; 16S rRNA ген кушылу номерлары - MT636546.1 һәм MT636547.1), бер үк урында охшаш морфологик һәм фенотипик характеристикалары бер үк түгел, ләкин алар ASxL5T һәм культурасыз бактериядән аерылып торалар. мәгълүмат базасы эзлеклелеге Океаноспириллаедагы башка төрләр белән берләштерелгән (2 нче рәсем). ASxL5T-ның бөтен геном эзлеклелеге NCBI мәгълүмат базасында билгеләнде һәм сакланды, һәм кушылу саны CP046056. ASxL5T геномы 2,831,152 ат көчендәге түгәрәк хромосомадан тора, G + C нисбәте 56,1%. Геном эзлеклелегендә 2653 CDS (барлыгы) бар, шуларның 2567е протеиннарны кодлау фаразлана, шуларның 1596-ны путатив функцияләр итеп билгеләргә мөмкин (60,2%). Геномда 67 РНК кодлау гены бар, шул исәптән 9 рРНА (һәрберсе 5S, 16S, 23S өчен) һәм 57 tRNA. ASxL5T-ның геномик характеристикалары 16S rRNA ген эзлеклелегеннән ачыкланган иң якын чагыштырма типтагы штаммнарның булган геномнары белән чагыштырылды (таблица 2). Барлык булган Талассолиту геномнарын ASxL5T белән чагыштыру өчен аминокислота үзенчәлеген кулланыгыз. AAI тарафыннан билгеләнгән иң якын (тулы булмаган) геном эзлеклелеге - Talassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 өстәргә). Бу штамм Мариана окопының тирән диңгез чокырларыннан аерылды, ләкин чагыштыру өчен хәзерге вакытта бу штамм турында фенотипик мәгълүмат юк. ASxL5T 2,82 Мб белән чагыштырганда, организмның геномы 4,36 Мб зуррак. Диңгез спирохетларының уртача геном күләме якынча 4,16 Мб (± 1,1; n = 92 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembleдан тикшерелгән тулы белешмә геномнар), шуңа күрә ASxL5T геномы туры килә. заказ Башка әгъзалар белән чагыштырганда бик кечкенә. GToTree 1.5.54 кулланыгыз, геном нигезендә фаразланган максималь филогенетик агач (3A рәсем), Гаммапротеобактериягә хас 172 бер копияле генның тигезләнгән һәм бәйләнгән аминокислота эзлеклелеген кулланып, 11,12,13,14,15,16, 17, 18. Анализ аның Талассолиту, Бактерия Планы һәм Диңгез Бактериясе белән тыгыз бәйләнештә булуын күрсәтте. Ләкин, бу мәгълүматлар ASxL5T диңгез спирулинадагы туганнарыннан аерылып торуын күрсәтә, һәм аның геном эзлеклелеге мәгълүматлары бар.
16S rRNA ген эзлеклелеген кулланып, филогенетик агач ASxL5T, ASxO5, һәм ASxS5 штаммнарының (эчәк белән) диңгез спирулинасейындагы культурасыз һәм диңгез бактерияләре белән чагыштырганда торышын күрсәтә. Генбанкка кушылу номеры кашыктагы исемгә иярә. Эзләүләрне тигезләү өчен ClustalW кулланыгыз, һәм филогенетик бәйләнешне табу өчен максималь мөмкинлек ысулын һәм Тамура-Ней моделен кулланыгыз, һәм MEGA X программасында 1000 күрсәткечне кабатлагыз. Филиалдагы сан күрсәтелгән күчермә кыйммәтенең 50% тан артык булуын күрсәтә. Escherichia coli U / 541T төркемчә буларак кулланылды.
А) Геномга нигезләнгән филогенетик агач, Spirospiraceae бактериясе ASxL5T һәм аның якын туганнары, E. coli U 5 / 41T арасындагы бәйләнешне күрсәтә. (B) T. oleivorans MIL-1T белән чагыштырганда, геннарның функциональ категория бүленеше ASx5LT протеинының ортологик төркеме (COG) кластеры нигезендә фаразлана. Сул яктагы рәсем һәр геномдагы COG категориясендә геннар санын күрсәтә. Уң яктагы график һәр функциональ COG төркемендәге геномнарның процентын күрсәтә. (C) Т.
KEGG мәгълүмат базасын кулланып, ASxL5T геномында булган компонентлы геннарны тикшерү өчен аэробик гамма Протеусның типик метаболик юлын ачтылар. ASxL5T бактерияле мотор белгечләренә билгеләнгән барлыгы 75 генны үз эченә ала, шул исәптән химотаксис, флагелла җыю һәм IV фимбрия системасы. Соңгы категориядә, 10 генның 9ы башка организмнарның бөтерелүе өчен җаваплы. ASxL5T геномында тулы тетрахидропиримидин биосинтетик юлы бар, ул галофиллар көткәнчә, осмотик стресска каршы реакциядә катнаша. Геном шулай ук ​​кофакторлар һәм витаминнар өчен бик күп тулы юлларны, шул исәптән рибофлавин синтез юлларын да үз эченә ала. Алкан 1-моноксигеназа (alkB2) ген ASxL5Tда булса да, углеводород куллану юлы тулы түгел. ASxL5T геном эзлеклелегендә, TOL_2658 (alkB) һәм TOL_2772 (спиртлы дегидроэназ) кебек Т. 3B рәсемдә COG категориясендә ген таратуны ASxL5T һәм Зәйтүн мае MIL-1T арасында чагыштыру күрсәтелгән. Гомумән алганда, кечерәк ASxL5T геномы зуррак бәйләнешле геном белән чагыштырганда һәр COG категориясеннән пропорциональ аз геннарны үз эченә ала. Eachәрбер функциональ категориядәге геннар саны геномның проценты буларак күрсәтелгәндә, тәрҗемә, рибосомаль структура һәм биогенез категорияләрендәге геннар процентында, зуррак ASxL5T тәшкил иткән энергия җитештерү һәм конверсия функция категорияләрендә аермалар билгеләнә. геном Т. олеиверанс MIL-1T геномында булган бер үк төркем белән чагыштырыла. Моннан аермалы буларак, ASxL5T геномы белән чагыштырганда, Т. Кызык, ике геномның һәр функциональ категориясенең эчтәлегендә иң зур аерма - ASxL5T булган билгесез геннар саны (3Б рәсем). KEGG модулларын баету анализы ясалды, анда һәр KEGG модуле геном эзлеклелеге мәгълүматларын аннотацияләү һәм биологик аңлату өчен кул белән билгеләнгән функциональ берәмлекләр җыелмасын күрсәтә. ASxL5T һәм зәйтүн MIL-1T тулы KOG модуль юлында ген таратуны чагыштыру 3C рәсемдә күрсәтелгән. Бу анализ шуны күрсәтә: ASxL5T тулы күкерт һәм азот метаболик юлы булса да, T. oleiverans MIL-1T юк. Моннан аермалы буларак, T. oleiverans MIL-1T тулы цистин һәм метион метаболик юлы бар, ләкин ул ASxL5Tда тулы түгел. Шуңа күрә, ASxL5T сульфат ассимиляциясе өчен характерлы модульгә ия (метаболик куәт яки патогенитет кебек фенотипик маркерлар буларак кулланыла ала торган геннар җыелмасы итеп билгеләнә; https://www.genome.jp/kegg/module.html) T oileiverans MIL-1T. ASxL5T-ның ген эчтәлеген ерткыч яшәү рәвешен күрсәтүче геннар исемлеге белән чагыштыру нәтиҗәсез. O антиген полисахарид белән бәйләнгән лигазаны кодлау waaL ген ASxL5T геномында булса да (ләкин ул күпчелек грам-тискәре бактерияләрдә еш очрый), триптофан 2,3-диоксигеназа (TDO) геннар 60 амино булырга мөмкин. кислота өлкәләре гадәттә ерткыч бактерияләрдә очрый. ASxL5T геномында башка ерткыч характерлы геннар юк, шул исәптән мевалонат юлындагы изопреноид биосинтезында катнашкан кодлау ферментлары. Игътибар итегез, тикшерелгән ерткычлар төркемендә транскрипцияле көйләүче ген gntR юк, ләкин ASxL5T'та өч gntR охшаш генны ачыкларга мөмкин.
ASxL5T-ның фенотипик характеристикалары 3-нче таблицада ясала һәм әдәбиятта хәбәр ителгән 23, 24, 25, 26, һәм 27-нче төрдәге фенотипик үзенчәлекләр белән чагыштырыла. Т. маринус, Т. Океанның уртача pH 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), ул Т. маринус, Т. олевораннар, Б. саненсис һәм О. kriegii. ASxL5T диңгез булмаган төрләргә хас булган зуррак pH диапазоны (4-9) өчен яраклы. Талассолиту сп. Фенотипик үзенчәлекләре. C2-1. Билгесез. ASxL5T үсеш температурасы диапазоны, гадәттә, диңгез штаммнарына караганда киңрәк (4–42 ° C), гәрчә кайбер Т. маринус изоляторлары җылылыкка чыдам түгел. Чүпрәле медиада ASxL5Tны үстерә алмау фенотипик характеристикага комачаулады. БА тәлинкәсеннән, ОНПГ, аргинин диhидролаз, лизин декарбоксилаз, орнитин декарбоксилаз, цитрат куллану, ураза, триптофан деаминаз, желатин гидролизы ферментларын сынап карау өчен API 20E кулланыгыз, тест нәтиҗәләре барысы да тискәре иде, ләкин индол, ацетоин һәм H2S юк. җитештерелгән. Пычратылмаган углеводлар: глюкоза, манноз, инозитол, сорбитол, рамноз, сакроза, мелибиоз, амигдалин һәм арабиноз. Басылган бәйләнешле штаммнар белән чагыштырганда, ASxL5T штаммының кәрәзле май кислотасы профиле 4 таблицада күрсәтелгән. Төп кәрәзле май кислоталары C16: 1ω6c һәм / яки C16: 1ω7c, C16: 0 һәм C18: 1ω9. Гидрокси май кислоталары C12: 0 3-OH һәм C10: 0 3-OH да бар. ASxL5T-та C16: 0 нисбәте бәйләнешле төрләрнең хәбәр ителгән бәясеннән югарырак. Моннан аермалы буларак, хәбәр ителгән T. marinus IMCC1826TT белән чагыштырганда, ASxL5T-та C18: 1ω7c һәм / яки C18: 1ω6c катнашуы кими. oleivorans MIL-1T һәм O. kriegii DSM 6294T, ләкин Б. саненсис KCTC 32220Tта табылмады. ASxL5T һәм ASxLS май кислотасы профильләрен чагыштырганда, бер үк төрнең геномик ДНК эзлеклелегенә туры килгән ике штамм арасында аерым май кислоталары күләмендәге нечкә аермалар ачыкланды. Судан кара тесты ярдәмендә поли-3-гидроксибутират (PHB) кисәкчәләре табылмады.
ASxL5T бактерияләренең ерткычлык эшчәнлеге ерткычлар диапазонын ачыклау өчен өйрәнелде. Бу бактерия Кампилобактер төрләренә такталар ясый ала, алар арасында: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 һәм C. upsaliensis NCTC 11541T. Грам-тискәре һәм грамм-позитив бактерияләрнең киң ассортиментын сынау өчен методның хуҗа диапазонын билгеләү бүлегендә күрсәтелгән культураларны кулланыгыз. Нәтиҗә шуны күрсәтә: ASxL5T шулай ук ​​Escherichia coli NCTC 86 һәм Citrobacter freundii NCTC 9750T кулланырга мөмкин. Клебсиелла окситока 11466-да ясалган такталар. TEM E. coli NCTC 86 белән үзара бәйләнеш 4A-D рәсемдә күрсәтелгән, һәм Кампилобактер jejuni PT14 һәм Кампилобактер S12 белән үзара тәэсир 4E-H уртасында күрсәтелгән. Attackөҗүм механизмы сыналган олы төрләр арасында аерылып тора кебек, бер яки берничә E. coli күзәнәкләре һәр ASxL5T күзәнәгенә бәйләнгән һәм адсорбция алдыннан киңәйтелгән күзәнәк буенда урнашкан. Киресенчә, ASxL5T Кампилобактерга бер контакт ноктасы аша бәйләнгән кебек тоела, гадәттә ерткыч күзәнәк очында һәм Кампилобактер күзәнәге янында (4H рәсем).
ASx5LT һәм ерткычның үзара бәйләнешен күрсәтүче TEM: (AD) һәм E. coli олы; (EH) һәм C. jejuni олы. А) Бер E. coli (EC) күзәнәгенә тоташтырылган типик ASx5LT күзәнәк; Б) бер EC күзәнәгенә бәйләнгән филаментлы ASx5LT; (C) Күп EC күзәнәкләренә тоташкан филаментлы ASx5LT күзәнәк; (D) Бер E coli (EC) күзәнәгенә кечерәк ASx5LT күзәнәкләрен беркетү; (E) Кампилобактер jejuni (CJ) күзәнәгенә тоташтырылган бер ASx5LT күзәнәк; (F) ASx5LT C. hyointestinalis (CH) күзәнәкләренә һөҗүм итә; (G) ике ASx5LT күзәнәк CJ күзәнәгенә һөҗүм иттеләр; (H) ASx5LT кушымта ноктасының якын күренеше, CJ күзәнәге чокыры янында (бар 0,2 мм). Бар 1 мм (A - G) тәшкил итә.
Ерткыч бактерияләр ерткыч чыганаклардан файдалану өчен үсеш алды. Билгеле, алар күп төрле шартларда киң таралган. Халык әгъзаларының тар күләме аркасында, ASxL5T бактерияләрен фазны аеру ысулы ярдәмендә чүплектән аерырга мөмкин. ASxL5T-ның океаноспириллаеа диңгез бактерияләре әгъзалары өчен геномик актуальлеге гаҗәпләндерә, организм тозга чыдам булса да, 5% тоз булган уртада үсә ала. Су сыйфатын анализлау натрий хлоридының 0,1% тан ким булмаганын күрсәтте. Шуңа күрә пычрак диңгез мохитеннән ерак - географик яктан да, химик яктан да. Бер үк чыганактан өч бәйләнешле, ләкин төрле изоляторларның булуы бу ерткычларның бу диңгез булмаган мохиттә чәчәк атуларын күрсәтә. Моннан тыш, микробиом анализы (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) ) Пычракның берничә сайлау интервалында. Генбанк базасында берничә культурасыз бактерия табылды, аларда ASSL5T бактерияләренә охшаган 16S rRNA ген эзлеклелеге бар. Бу эзлеклелек, ASxL5T, ASxS5, һәм ASxO5 эзлеклелеге белән бергә, Талассолиту һәм Океанобактердан аерылган төрле клэдларны күрсәтәләр кебек (2 нче рәсем). Өч төрле культурасыз бактерияләр (GQ921362, GQ921357 һәм GQ921396) 2009 елда Көньяк Африка алтын шахтасында 1,3 километр тирәнлектә ярылган судан изоляцияләнделәр, калган икесе (DQ256320 һәм DQ337006) җир асты суларыннан (шулай ук ​​Көньяк Африкада). 2005 елда). ASSL5T белән тыгыз бәйләнгән 16S rRNA ген эзлеклелеге 2006-нчы елда Франциянең төньяк пляжларыннан алынган комлы чокырларны баету культурасыннан алынган 16S rRNA ген эзлеклелегенең бер өлеше (кушылу номеры AM29240828). Тагын бер тыгыз бәйләнгән 16S rRNA ген эзлеклелеге культурасыз бактерия HQ183822.1 Кытайдагы муниципаль полигоннан алынган коллекция танкыннан алынган. Күренеп тора, ASxL5T бактерияләре таксономик мәгълүмат базаларында бик югары дәрәҗәдә түгел, ләкин культурасыз бактерияләрдән алынган бу эзлеклелек, мөгаен, бөтен дөньяда таралган, гадәттә авыр шартларда таралган ASxL5T организмнарын күрсәтергә мөмкин. Бөтен геном филогенетик анализыннан, ASxL5T белән иң якын туганы - Талассолиту сп. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. О. криегии 23, 24, 25, 26, 27. Талассолитуус - диңгез мәҗбүри углеводород фрагмент бактерияләре (OHCB) әгъзасы, ул диңгез һәм җир өстендә киң таралган, һәм гадәттә углеводород пычрану очракларыннан соң өстенлек итә30,31. Диңгез бактерияләре OHCB төркеме әгъзалары түгел, ә диңгез мохитеннән аерылган.
Фенотипик мәгълүматлар ASxL5Tның яңа төр һәм диңгез спироспирасейлар гаиләсендә элек танылмаган нәсел әгъзасы булуын күрсәтә. Хәзерге вакытта яңа изоляцияләнгән штаммнарны яңа нәселгә бүлү өчен ачык стандарт юк. Универсаль жанер чикләрен билгеләргә омтылды, мәсәлән, консерватив белок (POCP) геномының процентына нигезләнеп, киселгән кыйммәт 50% сылтама белән охшаш булырга киңәш ителә33. Башкалар AAI кыйммәтләрен кулланырга тәкъдим итәләр, аларның POCP белән өстенлекләре бар, чөнки алар тулы булмаган геномнардан алынырга мөмкин34. Автор фикеренчә, әгәр AAI кыйммәте модель төрләренең модель штаммнары белән чагыштырганда 74% тан кимрәк булса, штамм башка төрнең вәкиле. Диңгез спирилласында модель нәсел - диңгез спириллумы, һәм модель штаммы - O. linum ATCC 11336T. ASxL5T һәм O. linum ATCC 11336T арасындагы AAI бәясе - 54,34%, һәм ASxL5T һәм T. oleivorans MIL-1T (нәсел тибындагы штаммнар) арасындагы AAI бәясе 67,61% тәшкил итә, бу ASxL5Tның Талассолитудан аерылып торган яңа нәселне күрсәтүен күрсәтә. 16S rRNA ген эзлеклелеген классификация стандарты итеп кулланып, нәселнең делимитация чикләре 94,5% 35. ASxL5T Талассолиту нәселенә урнаштырылырга мөмкин, 95,03% 16S rRNA эзлеклелеген күрсәтә, T. oleivorans MIL-1T һәм 96,17%. marinus IMCC1826T. Ләкин, ул шулай ук ​​94,64% 16S rRNA ген үзенчәлеге булган Б санерис NV9 белән бактероидлар нәселенә урнаштырылачак, бу 16S rRNA ген кебек бер ген куллануның үзенчәлекле классификациягә һәм билгеләнүгә китерә алуын күрсәтә. Тагын бер тәкъдим ителгән ысул ANI һәм Genome Alignment Score (AF) куллана, барлык төрдәге мәгълүмат нокталарының кластерын тикшерү өчен. Автор нәсел чикләрен анализланган таксаларга хас булган нәселнең инфляция ноктасы белән берләштерергә тәкъдим итә. Ләкин, Талассолиту изоляторыннан тулы геном эзлеклелеге булмаса, ASxL5Tның бу ысул белән Талассолиту нәселенә керүен ачыклау мөмкин түгел. Анализ өчен тулы геном эзлеклелеге чикләнгәнлектән, бөтен геном филогенетик агачны саклык белән аңлатырга кирәк. Икенчедән, геномны чагыштыруның бөтен ысуллары чагыштырма геномнар зурлыгында зур аермаларны исәпкә алмыйлар. Алар сакланган үзәк бер копияле геннарның охшаш төрләр арасындагы охшашлыгын үлчәделәр, ләкин ASxL5Tның кечерәк геномында булмаган геннарның күплеген исәпкә алмадылар. Билгеле, ASxL5T һәм Талассолиту, Океанобактер, һәм Бактериопланнар кебек төркемнәрнең уртак бабасы бар, ләкин эволюция башка юл үткән, бу геномның кимүенә китерә, бу ерткыч яшәү рәвешенә яраклашырга мөмкин. Бу 28% зуррак һәм углеводород углеводородларын куллану өчен төрле экологик басым астында эволюцияләнгән T. oleivorans MIL-1T белән аермалы. Кызыклы чагыштыру Рикетсия, Хламидия һәм Букнера кебек мәҗбүри күзәнәк паразитлары һәм симбионтлар белән ясалырга мөмкин. Аларның геном күләме якынча 1 Мб. Хост күзәнәк метаболитларын куллану сәләте ген югалуга китерә, шуңа күрә эволюцион геном деградациясе кичерелде. Диңгез химик туклыклы организмнардан ерткыч яшәү рәвешенә эволюцион үзгәрешләр геном күләменең охшаш кимүенә китерергә мөмкин. COG һәм KEGG анализы махсус функцияләр өчен кулланылган геннар санын һәм ASxL5T һәм T. oleivorans MIL-1T арасындагы геномик юлларның глобаль аермаларын күрсәтә, бу мобиль генетик элементларның киң таралуы аркасында түгел. ASxL5T бөтен геномының G + C нисбәтендәге аерма 56,1%, һәм T. oleivorans MIL-1T аермасы 46,6%, бу шулай ук ​​аның аерылганын күрсәтә.
ASxL5T геномының кодлаштыру эчтәлеген тикшерү фенотипик үзенчәлекләр турында функциональ күзаллау бирә. IV fimbriae (Tfp) ген кодлау кодлары булу аеруча кызыклы, чөнки алар күзәнәк хәрәкәтен алга этәрәләр, социаль сикерү яки конвульция дип атала, өслектә флагелла юк. Докладлар буенча, Tfpның башка функцияләре бар, алар арасында ерткычлык, патогенез, биофильм формалашуы, табигый ДНК алу, күзәнәкләрнең автоматик агрегаты һәм үсеше38. ASxL5T геномында 18 ген кодланган дигуанилат цикласы (2 гуанозин трифосфатының гуанозинга 2 фосфат һәм цикллы диГМП конверсиясен катализацияләүче фермент) һәм тиешле дигуанилат циклаз фосфат дигуанилатын кодлаучы 6 ген бар. Эстераза өчен ген (цикллы ди-ГМПның гуанозин монофосфатына деградациясен катализацияли) кызыклы, чөнки цикл-ди-ГМП биофильм үсешендә һәм аерылуда, хәрәкәттә, күзәнәкләр бәйләүдә һәм вируслылыкта 39, 40 катнашучы мөһим хәбәрче. Шунысын да әйтергә кирәк, Бделовибрио бактериоворусында цикллы икеләтә GMP ирекле тормыш белән ерткыч яшәү рәвеше арасындагы контрольне күрсәтте41.
Ерткыч бактерияләр буенча күпчелек тикшеренүләр Бделловибрио, Бделловибриога охшаган организмнар һәм Миксококк төрләренә юнәлтелгән. Бу һәм башка билгеле ерткыч бактерияләр төрле төркем ясыйлар. Бу күптөрлелеккә карамастан, билгеле 11 ерткыч бактериянең фенотипларын чагылдырган характерлы протеин гаиләләре җыелмасы3,22 ачыкланды. Ләкин, O антиген лигасын (waaL) кодлаучы геннар гына ачыкланган, бу аеруча грам-тискәре бактерияләрдә киң таралган. Анализның бу формасы ASxL5Tны ерткыч итеп билгеләүдә ярдәм итми, мөгаен, ул яңа һөҗүм стратегиясен куллангангадыр. Төрле ерткыч бактерия геномнарының булуы, төркем әгъзалары арасындагы функциональ һәм экологик аермаларның дәлилләрен исәпкә алып, яхшырак анализ ясарга ярдәм итәчәк. Бу анализга кертелмәгән ерткыч бактерияләр мисалларына Cupriavidus necator42 һәм Bradymonabacteria43 әгъзалары керә, чөнки тикшерүчеләр төрле микробиаль җәмгыятьләрне тикшергәндә, ерткыч таксалар күбрәк булдырыла.
TEM образы белән алынган ASxL5T бактерияләренең иң күренекле үзенчәлеге - аның уникаль һәм сыгылмалы морфологиясе, ул ерткыч бактерияләр белән үзара бәйләнешне үстерә ала. Күзәтелгән үзара бәйләнеш төре башка ерткыч бактерияләрдән аерылып тора һәм моңа кадәр ачылмаган һәм хәбәр ителмәгән. Тәкъдим ителгән ASxL5T ерткыч тормыш циклы 5-нче рәсемдә күрсәтелгән. Без монда хәбәр иткәнчә охшаш апик структуралары булган әдәбиятта мисаллар бик аз, ләкин бу мисалларга Терасакииспира папаханаумокуакенсисы керә, вакыт-вакыт 44 очлы диңгез спирилл бактериясе, һәм Альфапротеобактерия, Терасакиелла пусилла. элек Океаноспирилл нәселенә караган, "поляр фильм" дип аталган 45 экспонат. Кокчи формалары еш кына олы культураларда күзәтелә, аеруча кәкре формадагы бактерияләр өчен, мәсәлән, Вибрио, Кампилобактер, һәм Хеликобактер 46, 47, 48, алар бозылган хәлне күрсәтә ала. ASxL5T бактерияләренең төгәл тормыш циклын ачыклау өчен өстәмә эш кирәк. Аның ничек кулга алынганын һәм олы булуын, һәм аның геномының биологик актив кушылмаларны кодлавын, медицина яки биотехнологик максатларда кулланыла алуын ачыклау.
Венаторбактер ген тасвирламасы. Ноябрь Венаторбактер (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. Л. венатор, "аучы" һәм гр. Н бактерия, "таяк" венаторларыннан тора. Венаторбактер, "ау таягы". . Күзәнәкләр аэробик, тоз-толерант, кәкре грамм тискәре, күнегүләр. PHB уңайсыз. PHB тупланмый. 4 - 42 ° C тамчы. PH 4-9 диапазоны гадәти түгел. Диңгез еланнарында күпчелек кислоталы рНга түземсезлек. Төп май кислоталары C16: 1ω6c һәм / яки C16: 1ω7c, C16: 0 һәм C18: 1ω9; : 0 3-OH гидрокси май кислоталары булып табыла. Алар чүпрәк медиасында үсмиләр Enterәм Enterobacteriaceae гаиләсе әгъзаларының ерткычлык тәртибе бу нәселнең филогенетик торышы гаиләдә.
Venatorbacter cucullus sp. Ноябрь Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. Cucullus ярминкә дигәнне аңлата).
Моннан тыш, бу нәселнең тасвирлау үзенчәлеге шунда: BA яки BHIда үскәч, күзәнәкләр озынлыгы 1,63 мм, киңлеге 0,37 мм. BHI агарындагы колонияләр бик кечкенә, диаметры 2 мм 72 сәгатьтән соң. Алар беж, тонык, түгәрәк, конвекс һәм ялтыравыклы. Бу төр әгъзалары Escherichia coli һәм Klebsiella куллана ала. Кампилобактер һәм тагын берничә грам-тискәре бактерия ерткыч булып хезмәт итә.
Типик ASxL5T штаммы Ноттингемширда (Бөекбритания) сыер сөтеннән изоляцияләнде һәм Милли Тип Мәдәният Коллекциясенә (Бөекбритания) кертелде: кушылу номеры NCTC 14397 һәм Нидерланд бактерия культурасы коллекциясе (NCCB) кушылу номеры NCCB 100775. ASxL5Tның тулы геном эзлеклелеге. CP046056 кушылуы буенча Генбанкка салынган.
ASxL5T бактерияләре сыер сөтеннән фаз изоляциясе технологиясе ярдәмендә изоляцияләнде9,49. СМ буферында 1: 9 (w / v) эретелгән (50 мм Tris-HCl [pH 7.5], 0,1 M NaCl, 8 мм MgSO4.7H2O һәм 0,01% желатин; Сигма Алдрич, Гиллингем, Бөекбритания), аннары инкубацияләгез. 4 ° C тәүлек эчендә, ерткычларны буферга чыгару өчен әкрен әйләнәләр. Асылмалы 3000г 3 минутта центрификацияләнде. Супернант җыелган һәм центрифуга 13000г тәэсирендә икенче тапкыр 5 минут эчендә. Шуннан соң супернатант 0,45 мм мембрана фильтры аша (Минисарт; Сарторий, Готтинген, Германия) һәм калган бактерия күзәнәкләрен бетерү өчен 0,2 мм мембрана фильтры (Минисарт) аша үтте. ASxL5T бу фильтрларны уза ала. Стандарт техника ярдәмендә Кампилобактер Энтеросус S12 (NCBI кушылу номеры CP040464) йомшак агар газоны әзерләнде. Фильтрланган пычрак бу хуҗа күзәнәк тәлинкәләренең һәрберсендә 10 µл тамчыда өчпочмакта таратылды һәм киптерергә рөхсәт ителде. Тәлинкә микроэрофилик танкта 37 ° C температурада 48 сәгать дәвамында инкубацияләнде (5% O2, 5% H2, 10% CO2, һәм 80% N2). Алынган күренеп торган тактаны SM буферына чыгардылар һәм C. hyointestinalis S12 яңа газонына күчерделәр, алга таба организмны тарату өчен. Бактерияләр фит түгел, литик тактаның сәбәбе икәнлеге ачыклангач, организмны хуҗадан бәйсез үстерергә һәм аны тагын да характерларга тырышыгыз. Аэроб культурасы 37 ° C температурада 5% v / v дефибринатланган ат каны белән башкарылды (TCS Biosciences Lt, Букингем, Бөекбритания, өстәмә). Милли Клиник Стандартлар Комитеты күрсәтмәләре буенча, диск диффузиясе ысулы антибактериаль сизгерлекне тикшерү өчен кулланыла. BHI агар 37 ° C температурада аэроб культурасы өчен түбәндәге антибиотиклар (Оксоид) булган диск ярдәмендә культураланган: амоксициллин һәм клавулан кислотасы 30 µг; сефотаксим 30 µг; стрептомицин 10 µг; ципрофлоксаин 5 µг; Сефтазидим 30 µг Налидикс кислотасы 30 µг; Imipenem 10 µg; Азитромицин 15 µг; Хлорамфеникол 30 µг; Сефокситин 30 µг; Тетрациклин 30 µг; Нитрофурантоин 300 µг; Aztreonam 30 µg; Ампициллин 10 µг; Cefpodoxime 10 µg; Триметоприм-Сульфаметхазазол 25 µг. Тозга толерантлык 37 ° C температурада BHI агар тәлинкәләрендә аэробик инкубация ярдәмендә урнаштырылган. 10% w / v га кадәр концентрация диапазонын тәэмин итү өчен BHI агар тәлинкәләренә өстәмә NaCl кушылды. PH диапазоны 37 ° C температурада BHI агар тәлинкәләрендә аэробик культура белән билгеләнә, монда pH диапазоны 4 һәм 9 арасында стериль HCl яки стериль NaOH белән көйләнгән, һәм максатчан pH бәясе тәлинкә салганчы тикшерелә. Кәрәзле май кислотасын анализлау өчен, ASxL5T BHI агарында 3 көн, аэробика 37 ° C. FIDA Science Ltd, (Йорк, Бөекбритания) MIDI (Шерлок микробиаль идентификация системасы, 6.10 версия) стандарт протоколы буенча, күзәнәк май кислоталары чыгарылды, әзерләнде һәм анализланды.
TEM өчен ASxL5T аэробик культураны 37 ° C тәүлек эчендә таратып, аннары 1 мл 3% (v / v) глютаральдегидка 0,1 М какодилат буферында бүлмә температурасында 1 сәгать төзәтегез, аннары центрифуга 10,000 г 3 минутта. Аннары пелетны 600 μl 0,1 М какодилат буферында әкрен генә торгызыгыз. Тикшерелгән ASxL5T асылманы 200 меш бакыр челтәрендәге Формвар / углерод пленкасына күчерегез. Бактерияләр 0,5% (w / v) уранил asetat белән 1 минутка буялганнар һәм TEI Tecnai G2 12 Biotwin микроскопы ярдәмендә TEM тарафыннан тикшерелгән. Aboveгарыда әйтелгәнчә, NZCYM камырында шул ук сандагы ерткычны һәм ерткычны берләштерегез (BD Difco ™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) һәм Кампилобактер яки Кампилобактерның микроэроб шартларында 48 сәгать инкубацияләгез, ерткыч һәм ерткычның үзара тәэсире. шулай ук ​​TEM тарафыннан тикшерелде. Эшеричия коли өчен аэроб шартлары. Йырткыч һәм ерткыч бактерияләрне мөстәкыйль тикшерегез, ерткычлык аркасында күзәнәк морфологиясендәге үзгәрешләрне ачыклау. PHB туплануның оптик микроскопиясе өчен Судан кара ысулы кулланылды.
ASHL5T төнге культураларны стерил сваб белән BHI яки BA тәлинкәләрендә үсүне сөртеп үстерегез. ASxL5T күзәнәкләрен җыеп, аларны МРДда (CM0733, Оксоид) туктатыгыз, аннары күзәнәкләрне ачлыктан 7 көн дәвамында 4 ° C ка урнаштырыгыз. NCTC сылтамасы яки лаборатория запасы бактерия культурасы BHI камырына яки No.2 туклыклы чүпрәккә (CM007, Оксоид) прививка ясалган, төнлә инкубацияләнгән, 13,000г центрифугацияләнгән һәм OD600 0,4 булганчы МРДда реанимацияләнгән. Мәдәният: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Энтеробактер аэрогеннары NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Listeria Maccia NCTC stuartsii NCTC 10318, Псевдоном флуоресеннары SMDL, Родококк су асты гамбургеры NCTC 1621T, Сальмонелла эчәк бактерияләре Мондевилл NCTC 5747, NCTC 10861, Стафилококк ауреасы NCTC 8532T, Стрептококк пневмониясе NCTC 7465 Кампилобактер хуҗасы микроэробик рәвештә 37 ° C температурада инкубацияләнде һәм NZCYM кибетендә туктатылды. Сынап каралган Кампилобактер хуҗалары: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14 , C ... МРДдагы күзәнәкләрне җыегыз, центрифуга 13,000г тәшкил итегез һәм OD600 0,4 булганчы МРДда реанимацияләгез. 5 мл эретелгән NZCYM өске агарга (0,6% агар) 0,5 мл асылмалы аликот кушыгыз һәм 1,2% NZCYM аскы тәлинкәгә куегыз. Шифалы һәм кипкәннән соң, серияле суытылган ASxL5T өч газон тактада 20 тамчы тамчы итеп таратылды. Мәдәният температурасы һәм атмосфера сынау бактерияләре таләпләренә бәйле.
GenElute ™ бактерияле геномик ДНК комплектын (Сигма Альдридж) кулланыгыз, бактерия изоляторыннан ДНК әзерләгез. Стандарт ысуллар PCR көчәйтү өчен 16S rRNA ген һәм буяу бетү химиясе ярдәмендә продукт эзлеклелеген билгеләү өчен кулланылды (Еврофиннар кыйммәтен уку хезмәте, Германия). Бу эзлеклелекне башка 16S rRNA ген эзлеклелеге белән чагыштыру өчен BLAST-N программасын кулланыгыз, тыгыз бәйләнешле төрләрне ачыклау һәм җыю. Болар MEGA X программасында ClustalW ярдәмендә тигезләнгән. Филогенетик агач MEGA X ярдәмендә Тамура-Ней моделе нигезендә максималь ысул кулланып реконструкцияләнде, 1000 күчермә белән 54. PureLink ™ Genomic DNA комплектын кулланыгыз (Fisher Scientific, Loughborough, Бөекбритания) тулы геном эзлеклелеге өчен ДНК алу өчен. ASxL5T-ның геном эзлеклелеге Illumina MiSeq комбинациясе ярдәмендә билгеләнде, ул Nextera маркировкалау комплекты ярдәмендә әзерләнгән китапханәдән һәм PacBio платформасыннан 2 - 20 кб озынлыктагы укудан торган 250 ат көченнән торган ике тапкыр укылган. Сембия университетындагы геномика ДНК эзләү тикшеренүләре. Геном CLC Genomics Workbench 12.0.3 ярдәмендә җыелган (Киаген, Орхус, Дания). ASxL5T культуралары Милли Тип Мәдәният Коллекциясендә (Бөекбритания) һәм Нидерланд бактерия культурасы коллекциясендә (NCCB) урнаштырылган. Чагыштыру өчен кулланылган бәйләнешле организмнарның геномнары: Талассолиту олейвораннары MIL-1T (кушылу саны HF680312, тулы); Бактериопланнар саненсис KCTC 32220T (кушылу номеры BMYY01000001, тулы түгел); Океанобактер криеги DSM 6294T (кушылу номеры NZ_AUGV00000000, тулы түгел); Маринамонас җәмгыяте DSM 5604T (ASM436330v1 өстәлде, тулы түгел), Океаноспирулум линум ATCC 11336T (MTSD02000001 өстәлде, тулы түгел) һәм Талассолиту сп. C2-1 (NZ_VNIL01000001 өстәргә, тулы түгел). JGI Genome Portal36 кулланыгыз https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= тигезләү баллын (AF) һәм уртача нуклеин кислотасы (ANI). Парлы. Родригес-Р & Константинидис55 ысулы аминокислота үзенчәлеген ачыклау өчен кулланылды (AAI). Филогенетик агачның максималь ихтималын булдыру өчен GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 кулланыгыз. Мөмкин булган белешмә геномны күрсәтүче кертү геномы 16S rRNA филогениясеннән ASxL5T белән бәйле булган справка төреннән сайланган. Интернет коралының интерактив агачын кулланып аннотация (https://itol.embl.de/). ASxL5T геномына функциональ аңлатма һәм анализ BlastKOALA KEGG онлайн коралы ярдәмендә KEGG (Геннар һәм Геномнар Киото Энциклопедиясе) модулын баету тарату ярдәмендә башкарыла. COG категорияләрен бүлү (ортологик төркемнәр) йомыркаNOG-mapper онлайн коралы ярдәмендә билгеләнә.
Перес, Дж., Мораледа-Муоз, А., Маркос-Торрес, Ф.Ж. һәм Муоз-Дорадо, Дж. Бактерия ерткычлыгы: 75 ел һәм ул дәвам итә! . әйләнә-тирә мохит. микроорганизм. 18, 766–779 (2016).
Линарес-Отоя, Л. һ.б. Перу ярында ерткыч бактерияләрнең төрлелеге һәм антибактериаль потенциалы. Март наркотиклары. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Пастернак, З. һ.б. Аларның геннары аша сез аларны аңларсыз: ерткыч бактерияләрнең геномик үзенчәлекләре. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Сокетт, RE Бделловибрио бактериофагының ерткыч тормышы. урнаштыру. Пастор микроблары. 63, 523-539 (2009).
Корп, Дж., Вела Гурович, МС & Нетт, М. ерткыч бактерияләрдән антибиотиклар. Бильштейн Дж. Гистохимия 12, 594–607 (2016).
Джонке, Дж., Фрун, С. микроорганизм. Экология. 79, 252-257 (2020).
Вила, Дж., Морено-Моралес, Дж. Һәм Баллесте-Дельпьер, С. Яңа антибактериаль агентларның хәзерге торышын ачыклагыз. клиник. микроорганизм. Инфекция. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Хобли, Л. һ.б. Фаза һәм фагның икеләтә ерткычлыгы E. coli ерткычын бер ерткычсыз бетерә ала. Дж. Бактерия. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
Эль-Шибини, А., Коннертон, П. Куллану мохите. микроорганизм. 71, 1259–1266 (2005).
Вилкинсон, Д.А. Кампилобактер дуңгызларының геном таксономиясен һәм эпидемиологиясен яңарту. фән. Вәкил 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Ли, MD GToTree: Геномика системалары өчен кулланучыларга файдалы эш процессы. Биоинформатика 35, 4162–4164 (2019).
Эдгар, RC MUSCLE: Вакыт һәм киңлек катлаулылыгын киметүче берничә эзлеклелектә тигезләү ысулы. BMC биологик мәгълүмат. 5, 113 (2004).
Капелла-Гутерез, С., Силла-Мартинес, ДжМ & Габалдон, Т. ТримАл: Зур филогенетик анализда автоматик тигезләү һәм бизәү коралы. Биоинформатика 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC ген һәм метагеномик эзлеклелектә тәрҗемә башлау сайтын фаразлау. Биоинформатика 28, 2223-2230 (2012).
Шен, В. & Сионг, Дж. ТаксонКит: Кросс-платформа һәм эффектив NCBI классификация кораллары. Bio Rxiv. (2021 елның 1 июнендә кертелгән); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Бәя, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-зур максималь ихтимал агач. PLoS One 5, e9490 (2010).
Танге, О.ГНУ параллель. (2021 елның 1 июнендә кертелгән); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Канехиса, М. & Гото, С. КЕГГ: Геннар һәм Геномнар Киото энциклопедиясе. Нуклеин кислотасын тикшерү. 28, 27-30 (2000).
Чехия, Л. һ.б. стресс саклаучы һәм туклыклы матдәләр буларак экстремолитлар эктоин һәм гидроксиектоинның роле: генетика, система геномикасы, биохимия, структур анализ. Ген (Базель). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Грегсон, Б.Х., Методиева, Г., Методиев, М.В., Голышин, ПН & МакКью, Б. фронт. микроорганизм. 9, 3130 (2018).
Пастернак, З., Бен Сассон, Т., Коэн, Y .., Сегев, Е., һәм urркевич, Э. Иҗтимагый фән китапханәсе. 10. E0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Якимов, ММ һ.б. Ноябрь, сп. углеводород куллануда махсуслашкан диңгез бактерияләренең яңа төре. халыкара. Дж. Система. эволюция. микроорганизм. 54, 141–148 (2004).
Ван, Y .., Yu, М., Лю, Y .., Янг, X. Ноябрь, сп. Ноябрь аенда ул Көньяк Тын океанда әйләнүче диңгез суларыннан аерылды. халыкара. Дж. Система. эволюция. микроорганизм. 66, 5010–5015 (2016).