ایک نئی قسم کے گرام منفی، ایروبک، نمک کو برداشت کرنے والا، فعال، چھڑی کے سائز کا، اور شکاری بیکٹیریا ASxL5T کو انگلینڈ کے ناٹنگھم شائر میں گائے کے گوبر کے تالاب سے الگ تھلگ کیا گیا اور کیمپائلوبیکٹر کو اپنے شکار کے طور پر استعمال کیا۔ اس کے بعد، دیگر Campylobacter پرجاتیوں اور Enterobacteriaceae خاندان کے افراد کو شکار کے طور پر دریافت کیا گیا۔ میزبان خلیوں کے بغیر ذیلی ثقافت کے بعد، برین ہارٹ انفیوژن آگر پر کمزور ایسپٹک نمو حاصل ہوئی۔ زیادہ سے زیادہ نشوونما کے حالات 37 °C اور pH 7 ہے۔ ٹرانسمیشن الیکٹران مائکروسکوپی نے شکار کی دستیابی سے متعلق کچھ بہت ہی غیر معمولی مورفولوجیکل خصوصیات کا انکشاف کیا۔ 16S rRNA جین کی ترتیب کا استعمال کرتے ہوئے فائیلوجنیٹک تجزیہ نے اشارہ کیا کہ الگ تھلگ میرین Spirulina خاندان کے ایک رکن سے متعلق ہے، لیکن واضح طور پر کسی معروف جینس کے رکن کے طور پر درجہ بندی نہیں کی جا سکتی۔ ASxL5T کی مکمل جینوم کی ترتیب نے میرین اسپیروکیٹس کے ممبروں کے ساتھ تعلقات کی تصدیق کی۔ ڈیٹا بیس کی تلاش سے یہ بات سامنے آئی ہے کہ کئی ASxL5Ts سمندر، زمین کی سطح اور زمینی پانی سے کئی غیر مہذب بیکٹیریا کے ساتھ 16S rRNA جین کی ترتیب کا اشتراک کرتے ہیں۔ ہم تجویز کرتے ہیں کہ تناؤ ASxL5T ایک نئی نسل میں ایک نئی نسل کی نمائندگی کرتا ہے۔ ہم نام Venatorbacter cucullus gen تجویز کرتے ہیں۔ نومبر، ایس پی. نومبر میں، ASxL5T کو قسم کے تناؤ کے طور پر استعمال کیا گیا تھا۔
شکاری بیکٹیریا وہ بیکٹیریا ہیں جو حیاتیاتی مصنوعی مواد اور توانائی حاصل کرنے کے لیے دوسرے زندہ بیکٹیریا کو شکار کرنے اور مارنے کی صلاحیت کا مظاہرہ کرتے ہیں۔ یہ مردہ مائکروجنزموں سے غذائی اجزاء کی عام بحالی سے مختلف ہے، اور یہ پرجیوی تعاملات سے بھی مختلف ہے، جس میں بیکٹیریا اپنے میزبان کے ساتھ ان کو مارے بغیر قریبی تعلق قائم کرتے ہیں۔ شکاری بیکٹیریا نے طاقوں میں جہاں وہ پائے جاتے ہیں (جیسے سمندری رہائش گاہوں) میں خوراک کے وافر ذرائع سے فائدہ اٹھانے کے لیے مختلف زندگی کے چکر تیار کیے ہیں۔ یہ ایک متنوع گروہ ہیں، جو صرف ان کی منفرد نس بندی لائف سائیکل 1 سے جڑے ہوئے ہیں۔ شکاری بیکٹیریا کی مثالیں کئی مختلف فائلا میں پائی گئی ہیں، بشمول: پروٹوبیکٹیریا، بیکٹیرائڈز، اور کلوریلا۔3۔ تاہم، سب سے اچھی طرح سے زیر مطالعہ شکاری بیکٹیریا Bdellovibrio اور Bdellovibrio-and-like organisms (BALOs4) ہیں۔ شکاری بیکٹیریا نئے حیاتیاتی طور پر فعال مرکبات اور اینٹی بیکٹیریل ایجنٹوں کا ایک امید افزا ذریعہ ہیں۔
خیال کیا جاتا ہے کہ شکاری بیکٹیریا مائکروبیل تنوع کو بڑھاتے ہیں اور ماحولیاتی نظام کی صحت، پیداواریت اور استحکام پر مثبت اثر ڈالتے ہیں۔ ان مثبت صفات کے باوجود، نئے شکاری بیکٹیریا کے بارے میں بہت کم مطالعے ہوئے ہیں کیونکہ بیکٹیریا کو پالنے میں دشواری اور ان کے پیچیدہ زندگی کے چکروں کو سمجھنے کے لیے خلیے کے تعاملات کا بغور مشاہدہ کرنے کی ضرورت ہے۔ کمپیوٹر کے تجزیہ سے یہ معلومات حاصل کرنا آسان نہیں ہے۔
بڑھتے ہوئے antimicrobial مزاحمت کے دور میں، بیکٹیریل پیتھوجینز کو نشانہ بنانے کے لیے نئی حکمت عملیوں کا مطالعہ کیا جا رہا ہے، جیسے کہ بیکٹیریوفیجز اور شکاری بیکٹیریا7,8 کا استعمال۔ ASxL5T بیکٹیریا کو 2019 میں ناٹنگھم شائر یونیورسٹی کے ڈیری سینٹر سے جمع کردہ گائے کے گوبر سے فیز آئسولیشن ٹیکنالوجی کا استعمال کرتے ہوئے الگ تھلگ کیا گیا تھا۔ تحقیقات کا مقصد حیاتیاتی کنٹرول ایجنٹ کے طور پر صلاحیت کے حامل حیاتیات کو الگ تھلگ کرنا ہے۔ Campylobacter hyointestinalis ایک zoonotic پیتھوجین ہے، جو انسانی آنتوں کی بیماریوں سے تیزی سے منسلک ہوتا جا رہا ہے۔ یہ سیرم میں ہر جگہ موجود ہے اور ہدف کے میزبان کے طور پر استعمال ہوتا ہے۔
ASxL5T بیکٹیریم کو بیف جیلی سے الگ تھلگ کیا گیا تھا کیونکہ یہ دیکھا گیا تھا کہ اس نے C. hyointestinalis کے لان میں جو تختیاں بنائی ہیں وہ بیکٹیریوفیجز سے پیدا ہونے والی تختیوں سے ملتی جلتی تھیں۔ یہ ایک غیر متوقع تلاش ہے، کیونکہ فیز آئسولیشن کے عمل کے ایک حصے میں 0.2 µm فلٹر کے ذریعے فلٹرنگ شامل ہوتی ہے، جسے بیکٹیریل سیلز کو ہٹانے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے۔ تختی سے نکالے گئے مواد کے خوردبینی معائنے سے یہ بات سامنے آئی کہ چھوٹے گرام منفی مڑے ہوئے چھڑی کی شکل والے بیکٹیریا پولی ہائیڈروکسی بیوٹیریٹ (PHB) جمع نہیں کرتے تھے۔ شکاری خلیوں سے آزاد ایسپٹک کلچر کا ادراک بھرپور ٹھوس میڈیم (جیسے برین ہارٹ انفیوژن ایگر (BHI) اور بلڈ ایگر (BA)) پر ہوتا ہے، اور اس کی نشوونما کمزور ہوتی ہے۔ یہ بھاری انوکولم کو بہتر بنانے کے ساتھ ذیلی ثقافت کے بعد حاصل کیا جاتا ہے۔ یہ مائیکرو ایروبک (7% v/v آکسیجن) اور ماحولیاتی آکسیجن کے حالات میں یکساں طور پر بڑھتا ہے، لیکن انیروبک ماحول میں نہیں۔ 72 گھنٹوں کے بعد، کالونی کا قطر بہت چھوٹا تھا، 2 ملی میٹر تک پہنچ گیا، اور یہ خاکستری، پارباسی، گول، محدب اور چمکدار تھا۔ معیاری بائیو کیمیکل ٹیسٹنگ میں رکاوٹ ہے کیونکہ ASxL5T کو مائع میڈیا میں قابل اعتماد طریقے سے کلچر نہیں کیا جا سکتا، جس سے پتہ چلتا ہے کہ یہ بائیو فلم کی تشکیل کے پیچیدہ لائف سائیکل پر انحصار کر سکتا ہے۔ تاہم، پلیٹ سسپنشن نے ظاہر کیا کہ ASxL5T ایروبک ہے، آکسیڈیز اور کیٹالیس کے لیے مثبت، اور 5% NaCl کو برداشت کر سکتا ہے۔ ASxL5T 10 µg streptomycin کے خلاف مزاحم ہے، لیکن جانچ کی گئی دیگر تمام اینٹی بائیوٹکس کے لیے حساس ہے۔ ASxL5T بیکٹیریل خلیوں کی جانچ TEM (شکل 1) کے ذریعہ کی گئی۔ جب BA پر شکار کے خلیوں کے بغیر بڑے ہوتے ہیں تو، ASxL5T خلیات چھوٹے Campylobacter ہوتے ہیں، جن کی اوسط لمبائی 1.63 μm (± 0.4)، چوڑائی 0.37 μm (± 0.08)، اور ایک لمبا (5 μm تک) قطب ہوتا ہے۔ جنسی فلاجیلا۔ لگ بھگ 1.6% خلیات کی چوڑائی 0.2 μm سے کم ہے، جو فلٹر ڈیوائس کے ذریعے گزرنے کی اجازت دے گی۔ کچھ خلیوں کے اوپری حصے پر ایک غیر معمولی ساختی توسیع دیکھی گئی، جیسا کہ فیئرنگ (لاطینی کیکولس) (1D، E، G میں تیر دیکھیں)۔ ایسا لگتا ہے کہ یہ اضافی بیرونی جھلی پر مشتمل ہے، جس کی وجہ پیری پلاسمک لفافے کے سائز میں تیزی سے کمی ہو سکتی ہے، جب کہ بیرونی جھلی برقرار رہتی ہے، جس سے "ڈھیلا" ظاہر ہوتا ہے۔ غذائی اجزاء کی غیر موجودگی میں (PBS میں) 4°C پر طویل عرصے تک ASxL5T کو کلچر کرنے کے نتیجے میں زیادہ تر (لیکن تمام نہیں) خلیات کوکل مورفولوجی (شکل 1C) دکھاتے ہیں۔ جب ASxL5T کیمپیلو بیکٹر جیجونی کے ساتھ 48 گھنٹے تک شکار کے طور پر بڑھتا ہے، تو سیل کا اوسط سائز میزبان کے بغیر اگائے جانے والے خلیوں سے نمایاں طور پر لمبا اور تنگ ہوتا ہے (ٹیبل 1 اور شکل 1E)۔ اس کے برعکس، جب ASxL5T E. coli کے ساتھ شکار کے طور پر 48 گھنٹوں تک بڑھتا ہے، تو سیل کا اوسط سائز اس سے زیادہ لمبا اور چوڑا ہوتا ہے جب یہ شکار کے بغیر بڑھتا ہے (ٹیبل 1)، اور سیل کی لمبائی متغیر ہوتی ہے، عام طور پر فلیمینٹس (شکل 1F) دکھاتی ہے۔ جب کیمپیلو بیکٹر جیجونی یا ای کولی کے ساتھ شکار کے طور پر 48 گھنٹے تک انکیوبیٹ کیا جاتا ہے، تو ASxL5T خلیات نے بالکل بھی فلاجیلا نہیں دکھایا۔ جدول 1 ASxL5T کی موجودگی، غیر موجودگی اور شکار کی قسم کی بنیاد پر سیل کے سائز میں تبدیلیوں کے مشاہدات کا خلاصہ کرتا ہے۔
ASx5LT کا TEM ڈسپلے: (A) ASx5LT لمبا چابک دکھاتا ہے۔ (B) عام ASx5LT بیٹری؛ (C) کوکی ASx5LT خلیے بغیر غذائی اجزاء کے طویل انکیوبیشن کے بعد؛ (D) ASx5LT خلیات کا ایک گروپ اسامانیتا ظاہر کرتا ہے (E) ASx5LT سیل گروپ جو کیمپیلو بیکٹر کے شکار کے ساتھ انکیوبیٹڈ ہوتا ہے ان لوگوں کے مقابلے میں سیل کی لمبائی میں اضافہ ہوتا ہے جو شکار کی نشوونما کے بغیر ہوتے ہیں (D) نے بھی apical ڈھانچہ دکھایا تھا۔ (ایف) بڑے فلیمینٹس فلاجیلا، ASx5LT خلیے، E. کولی شکار کے ساتھ انکیوبیشن کے بعد؛ (G) E. coli کے ساتھ انکیوبیشن کے بعد ایک واحد ASx5LT سیل، ایک غیر معمولی اوپر کی ساخت دکھاتا ہے۔ بار 1 μm کی نمائندگی کرتا ہے۔
16S rRNA جین کی ترتیب کا تعین کرنا (الحاق نمبر MT636545.1) ڈیٹا بیس کی تلاشوں کو گاما پروٹو بیکٹیریا کلاس میں ملنے والی ترتیب کو قائم کرنے کے قابل بناتا ہے، اور سمندری اسپریلم فیملی (شکل 2) میں سمندری بیکٹیریا کے قریب ترین ہوتے ہیں، اور تھالیسوسولیٹس کے ارکان ہوتے ہیں۔ میرین کا قریب ترین رشتہ دار بیسیلس۔ 16S rRNA جین کی ترتیب Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) خاندان سے تعلق رکھنے والے شکاری بیکٹیریا سے واضح طور پر مختلف ہے۔ B. bacteriovorus HD100T (ٹائپ سٹرین، DSM 50701) اور B. بیکٹیریووورس DM11A کا جوڑا موازنہ 48.4% اور 47.7% تھا، اور B. exovorus JSS کے لیے یہ 46.7% تھا۔ ASxL5T بیکٹیریا میں 16S rRNA جین کی 3 کاپیاں ہیں، جن میں سے دو ایک دوسرے سے مماثل ہیں، اور تیسرا 3 اڈوں کے علاوہ ہے۔ دو دیگر شکاری بیکٹیریل الگ تھلگ (ASx5S اور ASx5O؛ 16S rRNA جین کے الحاق نمبر بالترتیب MT636546.1 اور MT636547.1 ہیں) ایک ہی جگہ سے ملتے جلتے مورفولوجیکل اور فینوٹائپک خصوصیات ایک جیسی نہیں ہیں، لیکن وہ Bacterial اور Bacterial سے مختلف ہیں۔ ڈیٹا بیس Oceanospirillaceae (شکل 2) میں ترتیب کو دوسری نسل کے ساتھ ایک ساتھ کلسٹر کیا گیا ہے۔ ASxL5T کی پوری جینوم ترتیب کا تعین اور NCBI ڈیٹا بیس میں محفوظ کیا گیا ہے، اور الحاق نمبر CP046056 ہے۔ ASxL5T کا جینوم 56.1% کے G+C تناسب کے ساتھ 2,831,152 bp کے سرکلر کروموسوم پر مشتمل ہے۔ جینوم کی ترتیب 2653 CDS (کل) پر مشتمل ہے، جن میں سے 2567 کو پروٹین کو انکوڈ کرنے کی پیش گوئی کی گئی ہے، جن میں سے 1596 کو پوٹیٹیو فنکشنز (60.2%) کے طور پر تفویض کیا جا سکتا ہے۔ جینوم میں 67 آر این اے کوڈنگ جینز شامل ہیں، بشمول 9 آر آر این اے (3 ہر ایک 5S، 16S، اور 23S کے لیے) اور 57 tRNAs۔ ASxL5T کی جینومک خصوصیات کا موازنہ 16S rRNA جین ترتیب (ٹیبل 2) سے شناخت شدہ قریبی رشتہ دار قسم کے تناؤ کے دستیاب جینوم کے ساتھ کیا گیا۔ امینو ایسڈ شناخت (AAI) کا استعمال کریں تاکہ تمام دستیاب تھیلاسولیٹس جینوم کا ASxL5T سے موازنہ کریں۔ AAI کے ذریعہ طے شدہ قریب ترین دستیاب (نامکمل) جینوم کی ترتیب تھیلاسولیٹیوس ایس پی ہے۔ C2-1 (NZ_VNIL01000001 شامل کریں)۔ اس تناؤ کو ماریانا ٹرینچ کے گہرے سمندری تلچھٹ سے الگ تھلگ کیا گیا تھا، لیکن فی الحال موازنہ کے لیے اس تناؤ کے بارے میں کوئی فینوٹائپک معلومات موجود نہیں ہے۔ ASxL5T کے 2.82 Mb کے مقابلے میں، جاندار کا جینوم 4.36 Mb پر بڑا ہے۔ سمندری اسپیروکیٹس کے جینوم کا اوسط سائز تقریباً 4.16 Mb ہے (± 1.1؛ n = 92 مکمل حوالہ جینوم جس کی https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly سے تفتیش کی گئی ہے)، اس لیے ASxL5T کا جینوم اس کے مطابق ہے۔ آرڈر دوسرے اراکین کے مقابلے میں، یہ بہت چھوٹا ہے. GToTree 1.5.54 کا استعمال کریں تاکہ Gammaproteobacteria 11,12,13,165,172 کے لیے مخصوص 172 سنگل کاپی جینوں کے منسلک اور منسلک امینو ایسڈ کی ترتیب کا استعمال کرتے ہوئے جینوم پر مبنی تخمینہ شدہ زیادہ سے زیادہ امکان فائیلوجنیٹک درخت (شکل 3A) تیار کریں۔ 17،18۔ تجزیہ سے پتہ چلتا ہے کہ اس کا تعلق تھیلاسولیٹس، بیکٹیریل پلین اور میرین بیکٹیریم سے ہے۔ تاہم، یہ اعداد و شمار بتاتے ہیں کہ ASxL5T میرین اسپیرولینا میں اپنے رشتہ داروں سے مختلف ہے اور اس کے جینوم کی ترتیب کا ڈیٹا دستیاب ہے۔
16S rRNA جین کی ترتیب کا استعمال کرتے ہوئے فائیلوجنیٹک درخت ASxL5T، ASxO5، اور ASxS5 تناؤ (ہمت کے ساتھ) کی پوزیشن کو نمایاں کرتا ہے جو کہ میرین Spirulinaceae میں غیر کاشت شدہ اور سمندری بیکٹیریا کے تناؤ سے متعلق ہے۔ Genbank الحاق نمبر قوسین میں تناؤ کے نام کی پیروی کرتا ہے۔ ترتیب کو سیدھ میں لانے کے لیے ClustalW کا استعمال کریں، اور فائیلوجنیٹک تعلقات کا اندازہ لگانے کے لیے زیادہ سے زیادہ امکانی طریقہ اور Tamura-Nei ماڈل کا استعمال کریں، اور MEGA X پروگرام میں 1000 ہدایت یافتہ نقلیں انجام دیں۔ برانچ پر نمبر بتاتا ہے کہ گائیڈڈ کاپی ویلیو 50% سے زیادہ ہے۔ Escherichia coli U/541T کو آؤٹ گروپ کے طور پر استعمال کیا گیا تھا۔
(A) جینوم پر مبنی ایک فائیلوجنیٹک درخت، جو سمندری Spirospiraceae بیکٹیریم ASxL5T اور اس کے قریبی رشتہ داروں، E. coli U 5/41T کے درمیان ایک آؤٹ گروپ کے طور پر تعلق کو ظاہر کرتا ہے۔ (B) T. oleivorans MIL-1T کے مقابلے میں، ASx5LT پروٹین کے آرتھولوجس گروپ (COG) کلسٹر کی بنیاد پر جینوں کی فعال قسم کی تقسیم کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ بائیں طرف کا اعداد و شمار ہر جینوم میں ہر فنکشنل COG زمرے میں جینوں کی تعداد کو ظاہر کرتا ہے۔ دائیں طرف کا گراف ہر فنکشنل COG گروپ میں موجود جینومز کا فیصد دکھاتا ہے۔ (C) T. oleiverans MIL-1T کے مقابلے میں، ASxL5T کے مکمل KEGG (کیوٹو انسائیکلوپیڈیا آف جینز اینڈ جینومز) ماڈیولر پاتھ وے کا تجزیہ۔
ASxL5T جینوم میں موجود جزوی جینوں کی جانچ کرنے کے لیے KEGG ڈیٹا بیس کا استعمال کرنے سے ایروبک گاما پروٹیئس کے مخصوص میٹابولک راستے کا انکشاف ہوا۔ ASxL5T بیکٹیریل موٹر پروٹین کو تفویض کردہ کل 75 جینز پر مشتمل ہے، جن میں کیموٹیکسس، فلاجیلا اسمبلی، اور قسم IV فمبری سسٹم میں شامل جین شامل ہیں۔ آخری زمرے میں، 10 میں سے 9 جینز دیگر جانداروں کی ایک رینج کے مروڑنے کے لیے ذمہ دار ہیں۔ ASxL5T کے جینوم میں ایک مکمل tetrahydropyrimidine biosynthetic پاتھ وے ہوتا ہے جو osmotic stress20 کے حفاظتی ردعمل میں حصہ لیتا ہے، جیسا کہ ہالوفائلز کے لیے توقع کی جاتی ہے۔ جینوم میں کوفیکٹرز اور وٹامنز کے لیے بہت سے مکمل راستے بھی شامل ہیں، بشمول رائبوفلاوین ترکیب کے راستے۔ اگرچہ alkane 1-monooxygenase (alkB2) جین ASxL5T میں موجود ہے، ہائیڈرو کاربن کے استعمال کا راستہ مکمل نہیں ہے۔ ASxL5T کے جینوم کی ترتیب میں، T. oleiverans MIL-1T21 میں ہائیڈرو کاربن کے انحطاط کے لیے بنیادی طور پر ذمہ دار کے طور پر شناخت شدہ جین کے ہومولوگز، جیسے TOL_2658 (alkB) اور TOL_2772 (الکحل ڈیہائیڈروجنیز) واضح طور پر غائب ہیں۔ شکل 3B ASxL5T اور زیتون کے تیل MIL-1T کے درمیان COG زمرے میں جین کی تقسیم کا موازنہ دکھاتا ہے۔ مجموعی طور پر، چھوٹے ASxL5T جینوم میں بڑے متعلقہ جینوم کے مقابلے میں ہر COG زمرے سے متناسب طور پر کم جین ہوتے ہیں۔ جب ہر فنکشنل زمرے میں جینوں کی تعداد کو جینوم کے فیصد کے طور پر ظاہر کیا جاتا ہے، تو ترجمے میں جین کے فیصد، رائبوسومل ڈھانچے اور بائیو جینیسیس کے زمرے، اور توانائی کی پیداوار اور تبادلوں کے فنکشن کے زمرے میں فرق نوٹ کیا جاتا ہے، جو بڑے ASxL5T کی تشکیل کرتے ہیں۔ جینوم فیصد کا موازنہ اسی گروپ کے ساتھ کیا جاتا ہے جو T. oleiverans MIL-1T جینوم میں موجود ہے۔ اس کے برعکس، ASxL5T جینوم کے مقابلے میں، T. oleivorans MIL-1T میں نقل، دوبارہ ملاپ اور مرمت، اور ٹرانسکرپشن کیٹیگریز میں جینز کا تناسب زیادہ ہے۔ دلچسپ بات یہ ہے کہ دونوں جینوم کے ہر فنکشنل زمرے کے مواد میں سب سے بڑا فرق ASxL5T (شکل 3B) میں موجود نامعلوم جینوں کی تعداد ہے۔ KEGG ماڈیولز کی افزودگی کا تجزیہ کیا گیا، جہاں ہر KEGG ماڈیول جینوم سیکوینس ڈیٹا کی تشریح اور حیاتیاتی تشریح کے لیے دستی طور پر متعین فنکشنل یونٹس کے سیٹ کی نمائندگی کرتا ہے۔ ASxL5T اور Olive MIL-1T کے مکمل KOG ماڈیول پاتھ وے میں جین کی تقسیم کا موازنہ شکل 3C میں دکھایا گیا ہے۔ یہ تجزیہ ظاہر کرتا ہے کہ اگرچہ ASxL5T میں مکمل سلفر اور نائٹروجن میٹابولک راستہ ہے، T. oleiverans MIL-1T ایسا نہیں کرتا۔ اس کے برعکس، T. oleiverans MIL-1T میں مکمل سیسٹین اور میتھیونین میٹابولک راستہ ہے، لیکن یہ ASxL5T میں نامکمل ہے۔ اس لیے، ASxL5T میں سلفیٹ کے انضمام کے لیے ایک خصوصیت والا ماڈیول ہے (جینوں کے ایک سیٹ کے طور پر بیان کیا گیا ہے جسے فینوٹائپک مارکر کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے، جیسے میٹابولک صلاحیت یا روگجنک؛ https://www.genome.jp/kegg/module.html) T میں oleiverans MIL-1T۔ ASxL5T کے جین کے مواد کا ان جینوں کی فہرست کے ساتھ موازنہ کرنا جو شکاری طرز زندگی کا مشورہ دیتے ہیں بے نتیجہ ہے۔ اگرچہ waaL جین O antigen polysaccharide کے ساتھ منسلک ligase کو کور میں انکوڈ کرتا ہے ASxL5T جینوم میں موجود ہے (لیکن یہ بہت سے گرام منفی بیکٹیریا میں عام ہے)، ٹرپٹوفن 2,3-ڈائی آکسیجن (TDO) جین میں 60 امینو شامل ہو سکتے ہیں۔ تیزابی علاقے عام طور پر شکاری بیکٹیریا میں پائے جاتے ہیں جو موجود نہیں ہیں۔ ASxL5T جینوم میں کوئی اور شکاری خصوصیت والے جین نہیں ہیں، بشمول وہ انکوڈنگ انزائمز جو mevalonate پاتھ وے میں isoprenoid biosynthesis میں شامل ہیں۔ نوٹ کریں کہ جانچ شدہ شکاری گروپ میں کوئی ٹرانسکرپشن ریگولیٹری جین gntR نہیں ہے، لیکن ASxL5T میں تین gntR نما جینوں کی شناخت کی جا سکتی ہے۔
ASxL5T کی فینوٹائپک خصوصیات کا خلاصہ ٹیبل 3 میں کیا گیا ہے اور ادب میں رپورٹ کردہ متعلقہ نسل 23، 24، 25، 26، اور 27 کی فینوٹائپک خصوصیات کے ساتھ موازنہ کیا گیا ہے۔ T. marinus، T. olevorans، B. sanyensis، اور Oceanobacter kriegii سے الگ تھلگ فعال، نمک برداشت کرنے والے، آکسیڈیز پازیٹو راڈ کی شکل کے جسم ہیں، لیکن ASxL5T کے ساتھ تقریباً کوئی دوسری فینوٹائپک خصوصیات نہیں ہیں۔ سمندر کا اوسط پی ایچ 8.1 ہے (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77)، جو T. marinus، T. olevorans، B. sanyensis اور O میں ظاہر ہوتا ہے۔ کریگی ASxL5T غیر سمندری انواع کی بڑی pH رینج (4-9) کے لیے موزوں ہے۔ تھیلاسولیٹس ایس پی کی فینوٹائپک خصوصیات۔ C2-1۔ نامعلوم ASxL5T کی ترقی کے درجہ حرارت کی حد عام طور پر سمندری تناؤ (4–42 °C) سے زیادہ وسیع ہوتی ہے، حالانکہ کچھ نہیں بلکہ تمام T. marinus isolates گرمی کو برداشت کرنے والے ہوتے ہیں۔ شوربے کے میڈیا میں ASxL5T بڑھنے میں ناکامی نے مزید فینوٹائپک خصوصیات کو روکا۔ BA پلیٹ، ONPG، arginine dihydrolase، lysine decarboxylase، ornithine decarboxylase، citrate utilization، urease، tryptophan deaminase، gelatin hydrolysis Enzyme سے کھرچنے والے مواد کی جانچ کرنے کے لیے API 20E کا استعمال کریں، ٹیسٹ کے نتائج تمام منفی تھے، لیکن H2000 میں کوئی بھی نہیں تھا۔ پیدا کیے گئے تھے. غیر خمیر شدہ کاربوہائیڈریٹس میں شامل ہیں: گلوکوز، مینوز، انوسیٹول، سوربیٹول، رمنوز، سوکروز، میلبیوز، امیگدالین اور عربینوز۔ شائع شدہ متعلقہ حوالہ جات کے ساتھ مقابلے میں، ASxL5T سٹرین کا سیلولر فیٹی ایسڈ پروفائل ٹیبل 4 میں دکھایا گیا ہے۔ اہم سیلولر فیٹی ایسڈز C16:1ω6c اور/یا C16:1ω7c، C16:0 اور C18:1ω9 ہیں۔ ہائیڈروکسی فیٹی ایسڈز C12:0 3-OH اور C10:0 3-OH بھی موجود ہیں۔ ASxL5T میں C16:0 کا تناسب متعلقہ نسل کی رپورٹ کردہ قدر سے زیادہ ہے۔ اس کے برعکس، رپورٹ شدہ T. marinus IMCC1826TT کے مقابلے میں، ASxL5T میں C18:1ω7c اور/یا C18:1ω6c کا تناسب کم ہو گیا ہے۔ oleivorans MIL-1T اور O. kriegii DSM 6294T، لیکن B. sanyensis KCTC 32220T میں پتہ نہیں چلا۔ ASxL5T اور ASxLS کے فیٹی ایسڈ پروفائلز کا موازنہ کرنے سے دونوں تناؤ کے درمیان انفرادی فیٹی ایسڈ کی مقدار میں ٹھیک ٹھیک فرق سامنے آیا، جو ایک ہی نوع کے جینومک ڈی این اے کی ترتیب سے مطابقت رکھتے ہیں۔ سوڈان بلیک ٹیسٹ کا استعمال کرتے ہوئے پولی 3-ہائیڈرو آکسیبیوٹیریٹ (PHB) ذرات کا پتہ نہیں چلا۔
شکار کی حد کا تعین کرنے کے لیے ASxL5T بیکٹیریا کی شکاری سرگرمی کا مطالعہ کیا گیا۔ یہ جراثیم کیمپیلو بیکٹر پرجاتیوں پر تختیاں بنا سکتا ہے، بشمول: کیمپائلوبیکٹر سوس 11608T، کیمپائلوبیکٹر جیجونی پی ٹی 14، کیمپائلوبیکٹر جیجونی 12662، کیمپیلو بیکٹر جیجونی NCTC 11168T؛ Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C لاری NCTC 11458 اور C. upsaliensis NCTC 11541T۔ گرام منفی اور گرام پازیٹو بیکٹیریا کی وسیع رینج کو جانچنے کے لیے طریقہ کار کے میزبان رینج کے تعین کے حصے میں درج ثقافتوں کا استعمال کریں۔ نتائج سے پتہ چلتا ہے کہ ASxL5T کو Escherichia coli NCTC 86 اور Citrobacter freundii NCTC 9750T میں بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ Klebsiella oxytoca 11466 پر بننے والی تختیاں۔ E. coli NCTC 86 کے ساتھ TEM کا تعامل شکل 4A-D میں دکھایا گیا ہے، اور Campylobacter jejuni PT14 اور Campylobacter suis S12 کے ساتھ تعامل کو شکل 4E-H کے وسط میں دکھایا گیا ہے۔ حملے کا طریقہ کار شکار کی جانچ کی گئی اقسام کے درمیان مختلف معلوم ہوتا ہے، جس میں ہر ASxL5T سیل کے ساتھ ایک یا زیادہ E. coli خلیے منسلک ہوتے ہیں اور جذب ہونے سے پہلے توسیع شدہ سیل کے ساتھ ساتھ بعد میں کھڑے ہوتے ہیں۔ اس کے برعکس، ASxL5T رابطے کے ایک نقطہ کے ذریعے کیمپائلوبیکٹر سے منسلک ہوتا دکھائی دیتا ہے، عام طور پر شکاری سیل کے اوپری حصے کے ساتھ اور کیمپائلوبیکٹر سیل کے اوپری حصے کے قریب ہوتا ہے (شکل 4H)۔
TEM ASx5LT اور شکار کے درمیان تعامل دکھا رہا ہے: (AD) اور E. coli prey; (EH) اور C. جیجونی شکار۔ (A) ایک عام ASx5LT سیل جو ایک واحد E. coli (EC) سیل سے جڑا ہوا ہے۔ (B) ایک فلیمینٹس ASx5LT ایک واحد EC سیل سے منسلک؛ (C) ایک فلیمینٹس ASx5LT سیل جو ایک سے زیادہ EC سیلز سے منسلک ہے۔ (D) ایک واحد E. coli (EC) سیل پر چھوٹے ASx5LT خلیات؛ (E) کیمپائلوبیکٹر جیجونی (CJ) سیل سے منسلک ایک واحد ASx5LT سیل؛ (F) ASx5LT C. hyointestinalis (CH) خلیوں پر حملہ کرتا ہے۔ (G) دو ایک ASx5LT سیل نے ایک CJ سیل پر حملہ کیا۔ (H) ASx5LT اٹیچمنٹ پوائنٹ کا قریبی منظر، CJ سیل کے اوپری حصے کے قریب (بار 0.2 μm)۔ بار 1 μm in (A-G) کی نمائندگی کرتا ہے۔
شکاری بیکٹیریا شکار کے وافر ذرائع سے فائدہ اٹھانے کے لیے تیار ہوئے ہیں۔ ظاہر ہے، وہ بہت سے مختلف ماحول میں وسیع پیمانے پر موجود ہیں۔ آبادی کے ارکان کے تنگ سائز کی وجہ سے، ASxL5T بیکٹیریا کو فیز علیحدگی کے طریقہ کار سے سلری سے الگ کرنا ممکن ہے۔ سمندری بیکٹیریا کے oceanospirillaceae خاندان کے ارکان کے لیے ASxL5T کی جینومک مطابقت حیران کن ہے، حالانکہ جاندار نمک برداشت کرنے والا ہے اور 5% نمک پر مشتمل میڈیم پر بڑھ سکتا ہے۔ گارا کے پانی کے معیار کے تجزیے سے معلوم ہوا کہ سوڈیم کلورائیڈ کا مواد 0.1 فیصد سے کم تھا۔ لہذا، کیچڑ سمندری ماحول سے بہت دور ہے - جغرافیائی اور کیمیائی دونوں لحاظ سے۔ ایک ہی ماخذ سے تین متعلقہ لیکن مختلف الگ تھلگوں کی موجودگی اس بات کا ثبوت فراہم کرتی ہے کہ یہ شکاری اس غیر سمندری ماحول میں پروان چڑھ رہے ہیں۔ اس کے علاوہ، مائیکرو بایوم تجزیہ (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 سے دستیاب ڈیٹا فائلز) سے پتہ چلتا ہے کہ وہی 16S rRNA جین ترتیب سرفہرست 50 پرچر آپریشنل ٹیکسا (OTU) میں واقع ہے۔ ) مٹی کے نمونے لینے کے چند وقفوں میں۔ Genbank ڈیٹا بیس میں کئی غیر مہذب بیکٹیریا پائے گئے، جن میں 16S rRNA جین کی ترتیب ASxL5T بیکٹیریا کی طرح ہے۔ یہ ترتیب، ASxL5T، ASxS5، اور ASxO5 کے سلسلے کے ساتھ مل کر، تھیلاسولیٹیوس اور اوقیانوبیکٹر (شکل 2) سے الگ الگ کلیڈز کی نمائندگی کرتے نظر آتے ہیں۔ تین قسم کے غیر مہذب بیکٹیریا (GQ921362, GQ921357 اور GQ921396) کو 2009 میں جنوبی افریقہ کی سونے کی کان میں 1.3 کلومیٹر کی گہرائی میں دراڑ کے پانی سے الگ تھلگ کیا گیا تھا، اور باقی دو (DQ256320 اور DQ256320 جنوبی افریقہ میں زمین سے تھے) میں 2005)۔ 16S rRNA جین کی ترتیب ASxL5T سے سب سے زیادہ قریب سے متعلق ہے 16S rRNA جین ترتیب کا حصہ ہے جو 2006 میں شمالی فرانس کے ساحلوں سے حاصل کردہ ریتیلی تلچھٹ کی افزودگی کلچر سے حاصل کیا گیا تھا (الحاق نمبر AM29240828)۔ غیر مہذب جراثیم HQ183822.1 سے ایک اور قریب سے متعلق 16S rRNA جین کی ترتیب چین میں میونسپل لینڈ فل سے لیچ شدہ کلیکشن ٹینک سے حاصل کی گئی تھی۔ ظاہر ہے، ASxL5T بیکٹیریا ٹیکسونومک ڈیٹا بیس میں زیادہ نمائندہ نہیں ہیں، لیکن غیر مہذب بیکٹیریا کے یہ سلسلے ASxL5T کی طرح کے حیاتیات کی نمائندگی کرنے کا امکان ہے، جو پوری دنیا میں عام طور پر چیلنجنگ ماحول میں تقسیم ہوتے ہیں۔ پورے جینوم فائیلوجنیٹک تجزیہ سے، ASxL5T کا قریب ترین رشتہ دار تھیلاسولیٹس ایس پی ہے۔ C2-1، T. marinus، T. oleivorans. اور O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus سمندری ذمہ دار ہائیڈرو کاربن فریگمنٹیشن بیکٹیریا (OHCB) کا رکن ہے، جو سمندری اور زمینی ماحول میں وسیع ہے، اور عام طور پر ہائیڈرو کاربن آلودگی کے واقعات کے بعد غالب ہو جاتا ہے۔ سمندری بیکٹیریا OHCB گروپ کے رکن نہیں ہیں، لیکن سمندری ماحول سے الگ تھلگ ہیں۔
فینوٹائپک اعداد و شمار سے پتہ چلتا ہے کہ ASxL5T ایک نئی نوع ہے اور سمندری spirospiraceae خاندان میں پہلے سے غیر تسلیم شدہ جینس کا رکن ہے۔ نئے الگ تھلگ تناؤ کو نئی نسل میں درجہ بندی کرنے کے لیے فی الحال کوئی واضح معیار موجود نہیں ہے۔ عالمگیر نسل کی حدود کا تعین کرنے کی کوشش کی گئی ہے، مثال کے طور پر، ایک قدامت پسند پروٹین (POCP) کے جینوم کے فیصد کی بنیاد پر، یہ تجویز کیا جاتا ہے کہ کٹ آف ویلیو 50% حوالہ تناؤ سے مماثل ہو۔ دوسرے AAI اقدار کو استعمال کرنے کا مشورہ دیتے ہیں، جن کے POCP پر فوائد ہیں کیونکہ وہ نامکمل جینوم سے حاصل کیے جا سکتے ہیں۔ مصنف کا خیال ہے کہ اگر AAI کی قدر ماڈل پرجاتیوں کے ماڈل تناؤ کے مقابلے میں 74٪ سے کم ہے، تو یہ تناؤ ایک مختلف نسل کا نمائندہ ہے۔ سمندری اسپریلیسی میں ماڈل جینس سمندری اسپریلم ہے، اور ماڈل کا تناؤ O. linum ATCC 11336T ہے۔ ASxL5T اور O. linum ATCC 11336T کے درمیان AAI کی قدر 54.34% ہے، اور ASxL5T اور T. oleivorans MIL-1T (جینس قسم کے تناؤ) کے درمیان AAI کی قدر 67.61% ہے، جس سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ ASxL5T Thalas solituus سے مختلف ایک نئی نسل کی نمائندگی کرتا ہے۔ درجہ بندی کے معیار کے طور پر 16S rRNA جین کی ترتیب کا استعمال کرتے ہوئے، تجویز کردہ جینس کی حد بندی کی حد 94.5%35 ہے۔ ASxL5T کو Thalassolituus genus میں رکھا جا سکتا ہے، جس میں T. oleivorans MIL-1T اور 96.17% کے ساتھ 95.03% 16S rRNA ترتیب کی شناخت ظاہر ہوتی ہے۔ marinus IMCC1826T. تاہم، اسے بیکٹیرائڈز جینس میں بھی رکھا جائے گا جس میں B. sanyensis NV9 کے ساتھ 94.64% 16S rRNA جین شناخت ہے، جس سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ 16S rRNA جین جیسے ایک جین کا استعمال من مانی درجہ بندی اور تفویض کا باعث بن سکتا ہے۔ ایک اور تجویز کردہ طریقہ اے این آئی اور جینوم الائنمنٹ سکور (اے ایف) کا استعمال کرتا ہے تاکہ موجودہ نسل کی تمام اقسام اور غیر قسم کے تناؤ سے ڈیٹا پوائنٹس کی کلسٹرنگ کی جانچ کی جا سکے۔ مصنف نے تجویز کیا ہے کہ جینس کی باؤنڈری کو تخمینہ شدہ جینس کے انفلیکشن پوائنٹ کے ساتھ ملایا جائے جس کا تجزیہ کیا جا رہا ہے۔ تاہم، اگر تھیلاسولیٹیوس الگ تھلگ سے کافی مکمل جینوم کی ترتیب نہیں ہے، تو یہ طے کرنا ناممکن ہے کہ آیا اس طریقہ سے ASxL5T کا تعلق Thalassolituus genus سے ہے۔ تجزیہ کے لیے مکمل جینوم کی ترتیب کی محدود دستیابی کی وجہ سے، پورے جینوم فائیلوجنیٹک درخت کی احتیاط کے ساتھ تشریح کی جانی چاہیے۔ دوم، جینوم کے مقابلے کے پورے طریقے مقابلے کے جینوم کے سائز میں خاطر خواہ فرق کا سبب نہیں بن سکتے۔ انہوں نے متعلقہ جنیرا کے درمیان محفوظ بنیادی سنگل کاپی جینوں کی مماثلت کی پیمائش کی، لیکن ان جینوں کی بڑی تعداد کو مدنظر نہیں رکھا جو ASxL5T کے بہت چھوٹے جینوم میں موجود نہیں ہیں۔ ظاہر ہے، ASxL5T اور گروپس بشمول Thalassolituus، Oceanobacter، اور Bacterioplanes کا مشترکہ اجداد ہے، لیکن ارتقاء نے ایک مختلف راستہ اختیار کیا ہے، جس کی وجہ سے جینوم میں کمی واقع ہوئی ہے، جو کہ شکاری طرز زندگی کے مطابق ہو سکتی ہے۔ یہ T. oleivorans MIL-1T کے برعکس ہے، جو 28% بڑا ہے اور ہائیڈرو کاربن 23,30 کو استعمال کرنے کے لیے مختلف ماحولیاتی دباؤ کے تحت تیار ہوا ہے۔ ایک دلچسپ تقابل لازمی انٹرا سیلولر پرجیویوں اور علامتوں کے ساتھ کیا جا سکتا ہے، جیسے کہ رکیٹشیا، کلیمیڈیا، اور بکنیرا۔ ان کے جینوم کا سائز تقریباً 1 Mb ہے۔ میزبان سیل میٹابولائٹس کو استعمال کرنے کی صلاحیت جین کے نقصان کا باعث بنتی ہے، لہذا اہم ارتقائی جینومک انحطاط کا سامنا کرنا پڑا۔ سمندری کیمیائی غذائی اجزا سے شکاری طرز زندگی میں ارتقائی تبدیلیوں کے نتیجے میں جینوم کے سائز میں اسی طرح کی کمی واقع ہو سکتی ہے۔ COG اور KEGG تجزیہ مخصوص افعال کے لیے استعمال ہونے والے جینوں کی تعداد اور ASxL5T اور T. oleivorans MIL-1T کے درمیان جینومک راستوں میں عالمی فرق کو نمایاں کرتا ہے، جو موبائل جینیاتی عناصر کی وسیع پیمانے پر دستیابی کی وجہ سے نہیں ہیں۔ ASxL5T کے پورے جینوم کے G+C تناسب میں فرق 56.1% ہے، اور T. oleivorans MIL-1T کا فرق 46.6% ہے، جو یہ بھی ظاہر کرتا ہے کہ یہ الگ الگ ہے۔
ASxL5T جینوم کے کوڈنگ مواد کی جانچ فینوٹائپک خصوصیات میں فعال بصیرت فراہم کرتی ہے۔ جینز کی انکوڈنگ قسم IV fimbriae (Tfp) کی موجودگی خاص طور پر دلچسپی کا باعث ہے کیونکہ یہ خلیے کی حرکت کو فروغ دیتے ہیں، جسے سوشل گلائیڈنگ یا آکشیپ کہتے ہیں، سطح پر فلاجیلا کے بغیر۔ رپورٹس کے مطابق، Tfp کے دیگر افعال ہیں، جن میں پریڈیشن، روگجنن، بائیو فلم کی تشکیل، قدرتی ڈی این اے اپٹیک، خودکار سیل ایگریگیشن اور ڈیولپمنٹ شامل ہیں۔ ASxL5T جینوم میں 18 جینز انکوڈنگ diguanylate cyclase (ایک انزائم جو 2 guanosine triphosphate کو guanosine 2 فاسفیٹ اور cyclic diGMP میں تبدیل کرتا ہے) اور متعلقہ diguanylate phosphate کو انکوڈنگ کرنے والے 6 جینز پر مشتمل ہے۔ ایسٹیریز کے لیے جین (سائیکلک ڈی-جی ایم پی کی گانوزائن مونو فاسفیٹ میں انحطاط کو اتپریرک کرنا) دلچسپ ہے کیونکہ سائیکل-ڈی-جی ایم پی ایک اہم دوسرا میسنجر ہے جو اس عمل میں بائیو فلم کی نشوونما اور علیحدگی، نقل و حرکت، سیل اٹیچمنٹ اور وائرلنس 39, 40 میں شامل ہے۔ یہ بھی واضح رہے کہ Bdellovibrio bacteriovorus میں، cyclic double GMP کو آزاد زندگی اور شکاری طرز زندگی کے درمیان منتقلی کو کنٹرول کرنے کے لیے دکھایا گیا ہے۔
شکاری بیکٹیریا پر زیادہ تر تحقیق نے Bdellovibrio، Bdellovibrio جیسے جانداروں، اور Myxococcus پرجاتیوں پر توجہ مرکوز کی ہے۔ شکاری بیکٹیریا کی یہ اور دیگر معلوم مثالیں ایک متنوع گروپ کی تشکیل کرتی ہیں۔ اس تنوع کے باوجود، خصوصیت والے پروٹین خاندانوں کا ایک مجموعہ جو 11 معروف شکاری بیکٹیریا کی فینوٹائپس کی عکاسی کرتا ہے 3,22 کی نشاندہی کی گئی ہے۔ تاہم، صرف O antigen ligase (waaL) کو انکوڈنگ کرنے والے جینوں کی نشاندہی کی گئی ہے، جو خاص طور پر گرام منفی بیکٹیریا میں عام ہے۔ تجزیہ کی یہ شکل ASxL5T کو شکاری کے طور پر نامزد کرنے میں مددگار نہیں ہے، شاید اس لیے کہ یہ ایک نئی حملے کی حکمت عملی استعمال کرتا ہے۔ زیادہ متنوع شکاری بیکٹیریل جینومز کی دستیابی بہتر ریزولیوشن تجزیوں کو تیار کرنے میں مدد کرے گی جو گروپ کے اراکین کے درمیان فعال اور ماحولیاتی اختلافات کے ثبوت کو مدنظر رکھتے ہیں۔ اس تجزیے میں شامل شکاری بیکٹیریا کی مثالوں میں Cupriavidus necator42 اور Bradymonabacteria43 کے ارکان شامل ہیں، کیونکہ جیسا کہ محققین مختلف مائکروبیل کمیونٹیز کی تحقیقات کرتے ہیں، مزید شکاری ٹیکسا قائم ہو جاتے ہیں۔
TEM امیج کے ذریعے پکڑے گئے ASxL5T بیکٹیریا کی سب سے نمایاں خصوصیت اس کی منفرد اور لچکدار شکل ہے، جو شکاری بیکٹیریا کے ساتھ تعامل کو فروغ دے سکتی ہے۔ مشاہدہ کردہ تعامل کی قسم دوسرے شکاری بیکٹیریا سے مختلف ہے اور اس کی پہلے دریافت یا اطلاع نہیں دی گئی ہے۔ مجوزہ ASxL5T شکاری زندگی کا چکر شکل 5 میں دکھایا گیا ہے۔ ادب میں اسی طرح کے apical ڈھانچے کے ساتھ کچھ مثالیں موجود ہیں جیسا کہ ہم یہاں رپورٹ کرتے ہیں، لیکن ان مثالوں میں Terasakiispira papahanaumokuakeensis، ایک سمندری اسپیریلم بیکٹیریا جس میں کبھی کبھار apex enlargement 44، اور Alphaproteillausakia، Terasakiispira papahanaumokuakeensis شامل ہیں۔ ، پہلے جینس سے تعلق رکھتے تھے۔ Oceanospirillum، نمائش کرنا نام نہاد "پولر فلم" 45. Cocci کی شکلیں اکثر پرانی ثقافتوں میں دیکھی جاتی ہیں، خاص طور پر خمیدہ شکلوں والے بیکٹیریا کے لیے، جیسے Vibrio، Campylobacter، اور Helicobacter 46, 47, 48، جو ایک انحطاطی حالت کی نمائندگی کر سکتے ہیں۔ ASxL5T بیکٹیریا کے عین مطابق لائف سائیکل کو واضح کرنے کے لیے مزید کام کی ضرورت ہے۔ اس بات کا تعین کرنے کے لیے کہ یہ کس طرح پکڑتا ہے اور شکار کرتا ہے، اور آیا اس کا جینوم حیاتیاتی طور پر فعال مرکبات کو انکوڈ کرتا ہے جو طبی یا بایوٹیکنالوجیکل مقاصد کے لیے استعمال کیے جاسکتے ہیں۔
وینیٹربیکٹر جین کی تفصیل۔ نومبر Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. L. n. venator, 'hunter' اور Gr. n. bacter, 'a rod'. Venatorbacter, 'a hunting rod' سے venators پر مشتمل ہے سیلز ایروبک، نمک برداشت کرنے والے، مڑے ہوئے گرام داغ منفی، ورزش کی چھڑی اور آکسیڈیز سرگرمیاں مثبت ہیں۔ پی ایچ بی 4 سے 42 ڈگری سینٹی گریڈ کے اندر جمع نہیں ہوتا ہے، سمندری گھونگوں میں زیادہ تر تیزابیت والے تیزاب C16:1ω6c اور/یا C16 ہوتے ہیں۔ :1ω7c، C16:0 اور C18:1ω9 ؛ C12:0 3-OH اور C10:0 3-OH برتھ میڈیا میں نہیں بڑھتے ہیں۔ خاندان میں اس جینس کی فائیلوجنیٹک پوزیشن ہے۔
وینیٹربیکٹر کیکولس ایس پی کی تفصیل۔ نومبر Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.؛ L. n. cucullus کا مطلب ہے fairing)۔
اس کے علاوہ، اس جینس کی وضاحتی خصوصیت یہ ہے کہ جب BA یا BHI پر اگایا جاتا ہے تو خلیات 1.63 µm لمبے اور 0.37 µm چوڑے ہوتے ہیں۔ BHI آگر پر کالونیاں بہت چھوٹی ہیں، جو 72 گھنٹے کے بعد قطر میں 2 ملی میٹر تک پہنچ جاتی ہیں۔ وہ خاکستری، پارباسی، گول، محدب اور چمکدار ہوتے ہیں۔ اس نوع کے ارکان Escherichia coli اور Klebsiella استعمال کر سکتے ہیں۔ کیمپائلوبیکٹر اور کئی دوسرے گرام منفی بیکٹیریا شکار کے طور پر کام کرتے ہیں۔
عام تناؤ ASxL5T کو نوٹنگھم شائر، UK میں گائے کے گوشت کے دودھ سے الگ کیا گیا تھا، اور اسے نیشنل ٹائپ کلچر کلیکشن (UK) میں جمع کیا گیا تھا: الحاق نمبر NCTC 14397 اور نیدرلینڈز بیکٹیریل کلچر کلیکشن (NCCB) کے الحاق نمبر NCCB Theequences 1007 کا مکمل۔ رہا ہے CP046056 کے اضافے کے مطابق Genbank میں جمع کرایا گیا۔
ASxL5T بیکٹیریا کو فیز آئسولیشن ٹیکنالوجی 9,49 کا استعمال کرتے ہوئے گائے کے گوشت سے الگ تھلگ کیا گیا تھا۔ گارا کو SM بفر (50 mM Tris-HCl [pH 7.5]، 0.1 M NaCl، 8 mM MgSO4.7H2O اور 0.01% جیلیٹن؛ سگما ایلڈرچ، گلنگھم، یو کے) میں 1:9 (w/v) میں پتلا کیا گیا، پھر انکیوبیٹ کریں۔ 24 گھنٹے کے لیے 4 ° C پر، ایلوٹ کرنے کے لیے آہستہ آہستہ گھومنا بفر میں شکاری. معطلی کو 3 منٹ کے لیے 3000 گرام پر سینٹرفیوج کیا گیا۔ سپرنٹنٹ کو جمع کیا گیا اور 5 منٹ کے لئے دوسری بار 13,000 گرام پر سینٹرفیوج کیا گیا۔ اس کے بعد سپرنیٹنٹ کو 0.45 µm جھلی کے فلٹر (Minisart؛ Sartorius، Gottingen، Germany) اور 0.2 µm جھلی کے فلٹر (Minisart) سے گزر کر باقی بیکٹیریل خلیات کو ہٹایا گیا۔ ASxL5T ان فلٹرز کو پاس کر سکتا ہے۔ اسی گارے سے Campylobacter enterosus S12 (NCBI الحاق نمبر CP040464) کا ایک نرم آگر لان معیاری تکنیک کا استعمال کرتے ہوئے تیار کیا گیا تھا۔ فلٹر شدہ سلوری کو ان میزبان سیل پلیٹوں میں سے ہر ایک پر 10 µl قطروں میں سہ رخی میں تقسیم کیا گیا تھا اور اسے خشک ہونے دیا گیا تھا۔ پلیٹ کو مائیکرو ایروبک حالات (5% O2، 5% H2، 10% CO2، اور 80% N2) کے تحت 48 گھنٹے کے لیے 37 ° C پر مائیکرو ایروفیلک ٹینک میں انکیوبیٹ کیا گیا تھا۔ حاصل شدہ مرئی تختی کو SM بفر میں نکالا گیا اور lysed organisms کو مزید پھیلانے کے لیے C. hyointestinalis S12 کے تازہ لان میں منتقل کیا گیا۔ ایک بار جب یہ طے ہو جائے کہ بیکٹیریا لائٹک پلاک کا سبب ہیں نہ کہ فیج، تو جاندار کو میزبان سے آزادانہ طور پر بڑھنے کی کوشش کریں اور اس کی مزید خصوصیات بنائیں۔ ایروبک کلچر 37 ° C پر 5% v/v defibrinated ہارس بلڈ (TCS Biosciences Lt، Buckingham، UK، ضمیمہ) کے ساتھ انجام دیا گیا۔ نیشنل کلینیکل اسٹینڈرڈز کمیٹی کے رہنما خطوط کے مطابق، ڈسک کے پھیلاؤ کا طریقہ اینٹی بیکٹیریل حساسیت کی جانچ کے لیے استعمال کیا جاتا ہے۔ بی ایچ آئی آگر کو ایروبک کلچر کے لیے درج ذیل اینٹی بائیوٹکس (آکسائیڈ) پر مشتمل ڈسک کا استعمال کرتے ہوئے 37 ° C پر کلچر کیا گیا: اموکسیلن اور کلوولینک ایسڈ 30 µg؛ cefotaxime 30 µg؛ اسٹریپٹومائسن 10 µg؛ ciprofloxacin 5 µg؛ Ceftazidime 30 µg Nalidixic acid 30 µg؛ Imipenem 10 µg؛ Azithromycin 15 µg؛ کلورامفینیکول 30 µg؛ سیفوکسیٹن 30 µg؛ ٹیٹراسائکلائن 30 µg؛ نائٹروفورانٹائن 300 µg؛ Aztreonam 30 µg؛ امپیسیلن 10 µg؛ Cefpodoxime 10 µg؛ Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg نمک کی رواداری 37 ° C پر BHI آگر پلیٹوں پر ایروبک انکیوبیشن کے ذریعہ قائم کی گئی تھی۔ اضافی NaCl کو BHI آگر پلیٹوں میں 10% w/v تک حراستی کی حد فراہم کرنے کے لیے شامل کیا گیا تھا۔ پی ایچ رینج کا تعین BHI آگر پلیٹوں پر ایروبک کلچر سے 37°C پر کیا جاتا ہے، جہاں pH رینج کو جراثیم سے پاک HCl یا جراثیم سے پاک NaOH کے ساتھ 4 اور 9 کے درمیان ایڈجسٹ کیا گیا ہے، اور پلیٹ ڈالنے سے پہلے ہدف کی pH قدر کی تصدیق کی جاتی ہے۔ سیلولر فیٹی ایسڈ کے تجزیہ کے لیے، ASxL5T کو BHI آگر پر 3 دن اور ایروبک 37 ° C پر کلچر کیا گیا تھا۔ MIDI (Sherlock Microbial Identification System, version 6.10) FERA Science Ltd, (York, UK) کے معیاری پروٹوکول کے مطابق سیل فیٹی ایسڈز کو نکالا، تیار کیا اور تجزیہ کیا گیا۔
TEM کے لیے، ASxL5T کو 24 گھنٹے کے لیے 37 ° C پر BA پر یکساں طور پر پھیلا کر ایروبک بنایا گیا، اور پھر کمرے کے درجہ حرارت پر 0.1 M cacodylate بفر میں 1 ملی لیٹر 3% (v/v) glutaraldehyde میں کاٹ کر 1 گھنٹے کے لیے ٹھیک کریں، پھر سینٹری فیوج 3 منٹ کے لیے 10,000 گرام پر۔ پھر آہستہ سے گولی کو 600 μl 0.1 M cacodylate بفر میں دوبارہ بند کریں۔ فکسڈ ASxL5T سسپنشن کو 200 میش کاپر گرڈ پر فارمور/کاربن فلم میں منتقل کریں۔ بیکٹیریا کو 0.5٪ (w/v) uranyl acetate کے ساتھ 1 منٹ تک داغ دیا گیا تھا اور TEM نے TEI Tecnai G2 12 Biotwin مائکروسکوپ کا استعمال کرتے ہوئے اس کی جانچ کی تھی۔ جیسا کہ اوپر ذکر کیا گیا ہے، NZCYM شوربے (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) میں ایک ہی تعداد میں شکار اور شکاری کو یکجا کریں اور 37 ° C پر کیمپیلو بیکٹر یا کیمپیلو بیکٹر کے مائکرو ایروبک حالات میں 48 گھنٹے تک انکیوبیٹ کریں، شکاری اور شکاری کا تعامل۔ TEM کی طرف سے بھی جانچ کی گئی۔ Escherichia coli کے لیے ایروبک حالات۔ شکار اور شکاری بیکٹیریا کا آزادانہ طور پر جائزہ لیں تاکہ شکار کی وجہ سے خلیے کی شکل میں کسی تبدیلی کا تعین کیا جا سکے۔ سوڈان کا سیاہ طریقہ پی ایچ بی کے جمع ہونے کی آپٹیکل مائکروسکوپی کے لیے استعمال کیا گیا تھا۔
BHI یا BA پلیٹوں پر جراثیم سے پاک جھاڑو لگا کر راتوں رات ASxL5T کلچر اگائیں۔ ASxL5T خلیات کو جمع کریں اور انہیں MRD (CM0733، Oxoid) میں معطل کریں، اور پھر خلیات کو بھوکا مرنے کے لیے انہیں 7 دن کے لیے 4°C پر رکھیں۔ NCTC حوالہ یا لیبارٹری اسٹاک بیکٹیریل کلچر کو BHI شوربے یا نمبر 2 غذائی اجزاء کے شوربے (CM007، Oxoid) میں ٹیکہ لگایا گیا، راتوں رات انکیوبیٹ کیا گیا، 13,000g پر سینٹری فیوج کیا گیا اور OD600 0.4 ہونے تک MRD میں دوبارہ معطل کر دیا گیا۔ ثقافت: بیسیلس سبٹیلس NCTC 3610T، Citrobacter freundii NCTC 9750T، Enterobacter aerogenes NCTC 10006T، Enterococcus faecalis NCTC 775T، Escherichia coli NCTC 86، Klebnostoccacox14TC 10817، لیسٹریا اسپیشل بیکٹیریا NCTC 4885، Bacillus macerans NCTC 6355T، Providencia stuartsii NCTC 10318، Pseudomonas fluorescens SMDL، Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621 Monteellacteriatc. mucilage NCTC 10861، Staphylococcus aureus NCTC 8532T، Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T، Yersinia enterocolitica NCTC 10460۔ کیمپیلو بیکٹر میزبان BA °C اور BA 7 اسپیڈ 3 ایس پی ایس پی اینڈ 3 ایس پی اینڈ پر پلیٹس میں مائیکرو ایروبک طور پر انکیوبیٹڈ تھا۔ تجربہ شدہ کیمپائلوبیکٹر میزبان یہ ہیں: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C.5NCTC 11458, C.5NC4i. PT14, C... MRD میں خلیات جمع کریں، 13,000g پر سینٹری فیوج کریں اور MRD میں OD600 کے 0.4 ہونے تک دوبارہ معطل کریں۔ 5 ملی لیٹر پگھلے ہوئے NZCYM ٹاپ آگر (0.6% agar) میں 0.5 ملی لیٹر سسپنشن کا ایلی کوٹ شامل کریں اور اسے 1.2% NZCYM نیچے کی پلیٹ میں ڈالیں۔ ٹھیک کرنے اور خشک کرنے کے بعد، سلسلہ وار پتلا ہوا ASxL5T ہر لان بورڈ پر 20 µl قطروں کے طور پر تقسیم کیا گیا۔ ثقافت کا درجہ حرارت اور ماحول ٹیسٹ بیکٹیریا کی ضروریات پر منحصر ہے۔
GenElute™ بیکٹیریل جینومک DNA Kit (Sigma Aldridge) استعمال کریں تاکہ بیکٹیریل آئسولیٹس سے DNA تیار کریں۔ ڈائی ٹرمینیشن کیمسٹری (یوروفنز ویلیو ریڈ سروس، جرمنی) کا استعمال کرتے ہوئے 16S rRNA جین اور مصنوعات کی ترتیب کے تعین کے PCR پروردن کے لیے معیاری طریقے استعمال کیے گئے۔ قریب سے متعلقہ پرجاتیوں کی شناخت اور جمع کرنے کے لیے ان ترتیبوں کا دوسرے 16S rRNA جین کے سلسلے سے موازنہ کرنے کے لیے BLAST-N پروگرام کا استعمال کریں۔ یہ MEGA X پروگرام میں ClustalW کا استعمال کرتے ہوئے منسلک ہیں۔ فائیلوجنیٹک درخت کو MEGA X کا استعمال کرتے ہوئے Tamura-Nei ماڈل کی بنیاد پر زیادہ سے زیادہ امکان کے طریقہ کار کا استعمال کرتے ہوئے دوبارہ تعمیر کیا گیا تھا، جس میں 1000 گائیڈڈ کاپیاں تھیں۔ مکمل جینوم کی ترتیب کے لیے DNA نکالنے کے لیے PureLink™ جینومک ڈی این اے کٹ (فشر سائنٹیفک، لافبورو، یو کے) کا استعمال کریں۔ ASxL5T کے جینوم کی ترتیب کا تعین Illumina MiSeq امتزاج کا استعمال کرتے ہوئے کیا گیا، جس میں 250 bp ڈبل اینڈیڈ ریڈز شامل ہیں جو ایک لائبریری پر مشتمل ہے جو Nextera لیبلنگ کٹ کا استعمال کرتے ہوئے تیار کی گئی ہے اور PacBio پلیٹ فارم سے 2 سے 20 kb لمبی ریڈز ہیں۔ سیمبیا یونیورسٹی میں جینومکس ڈی این اے سیکوینسنگ ریسرچ کی سہولت۔ جینوم کو CLC جینومکس ورک بینچ 12.0.3 (کیجین، آرہس، ڈنمارک) کا استعمال کرتے ہوئے جمع کیا گیا تھا۔ ASxL5T ثقافتوں کو نیشنل ٹائپ کلچر کلیکشن (UK) اور نیدرلینڈز بیکٹیریل کلچر کلیکشن (NCCB) میں جمع کیا جاتا ہے۔ موازنہ کے لیے استعمال کیے جانے والے متعلقہ جانداروں کے جینوم ہیں: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (الحاق نمبر HF680312، مکمل)؛ Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (الحاق نمبر BMYY01000001، نامکمل)؛ Oceanobacter kriegii DSM 6294T (الحاق نمبر NZ_AUGV00000000، نامکمل)؛ Marinamonas community DSM 5604T (ASM436330v1 شامل کیا گیا، نامکمل)، Oceanospirullum linum ATCC 11336T (شامل کیا گیا MTSD02000001، نامکمل) اور Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 شامل کریں، نامکمل)۔ الائنمنٹ سکور (AF) اور اوسط نیوکلک ایسڈ شناخت (ANI) کا تعین کرنے کے لیے https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= پر JGI جینوم پورٹل36 استعمال کریں۔ جوڑوں میں۔ Rodriguez-R & Konstantinidis55 کا طریقہ امینو ایسڈ شناخت (AAI) کا تعین کرنے کے لیے استعمال کیا گیا تھا۔ GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 کا تخمینہ زیادہ سے زیادہ امکان فائیلوجنیٹک درخت پیدا کرنے کے لیے استعمال کریں۔ دستیاب حوالہ جینوم کی نمائندگی کرنے والے ان پٹ جینوم کو حوالہ جینرا سے منتخب کیا گیا ہے جس کی شناخت 16S rRNA فائیلوجنی سے ASxL5T سے ہے۔ انٹرایکٹو ٹری آف لائف آن لائن ٹول (https://itol.embl.de/) کا استعمال کرتے ہوئے درخت کی تشریح کی۔ ASxL5T جینوم کی فنکشنل تشریح اور تجزیہ BlastKOALA KEGG آن لائن ٹول کے ذریعے KEGG (کیوٹو انسائیکلوپیڈیا آف جینز اینڈ جینومز) ماڈیول افزودگی کی تقسیم کا استعمال کرتے ہوئے کیا جاتا ہے۔ COG زمرہ جات (آرتھولوجس گروپس) کی تقسیم کا تعین ایگ این او جی میپر آن لائن ٹول کے ذریعے کیا جاتا ہے۔
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ اور Muñoz-Dorado, J. بیکٹیریل شکار: 75 سال اور یہ جاری ہے! . ماحول مائکروجنزم 18، 766–779 (2016)۔
Linares-Otoya, L. وغیرہ۔ پیرو کے ساحل پر شکاری بیکٹیریا کی تنوع اور اینٹی بیکٹیریل صلاحیت۔ مارچ منشیات. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017)۔
Pasternak، Z. et al. ان کے جینز کے ذریعے، آپ ان کو سمجھیں گے: شکاری بیکٹیریا کی جینومک خصوصیات۔ ISME J. 7, 756–769 (2013)۔
ساکٹ، RE بیکٹیریوفیج Bdellovibrio کا شکاری طرز زندگی۔ انسٹال کریں پادری جرثومے. 63، 523–539 (2009)۔
کورپ، جے.، ویلا گوروک، ایم ایس اور نیٹ، ایم. شکاری بیکٹیریا سے اینٹی بائیوٹکس۔ بیلسٹین جے ہسٹو کیمسٹری 12، 594–607 (2016)۔
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio اور اسی طرح کے جاندار مختلف میزبان آبادیوں میں مائکرو بایوم تنوع کے پیش گو ہیں۔ مائکروجنزم ماحولیات۔ 79، 252–257 (2020)۔
Vila, J., Moreno-Morales, J. اور Balesté-Delpierre, C. نئے اینٹی بیکٹیریل ایجنٹوں کی موجودہ حالت دریافت کریں۔ طبی مائکروجنزم متاثر کرنا۔ https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019)۔
Hobley، L. et al. فیج اور فیج کی دوہری شکار E. کولی کے شکار کو بغیر کسی ایک شکار کے ختم کر سکتی ہے۔ J. بیکٹیریا۔ 202، e00629-19۔ https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020)۔
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF فری رینج اور نامیاتی مرغیوں کے فیڈنگ سائیکل کے دوران الگ تھلگ کیمپائلوبیکٹر اور بیکٹیریوفیجز کی گنتی اور تنوع۔ درخواست کا ماحول۔ مائکروجنزم 71، 1259–1266 (2005)۔
ولکنسن، ڈی اے وغیرہ۔ کیمپیلو بیکٹر سوائن کی جینومک درجہ بندی اور وبائی امراض کو اپ ڈیٹ کریں۔ سائنس نمائندہ 8، 2393۔ https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018)۔
لی، MD GToTree: سسٹمز جینومکس کے لیے صارف دوست ورک فلو۔ بایو انفارمیٹکس 35، 4162–4164 (2019)۔
ایڈگر، آر سی مسل: ایک سے زیادہ ترتیب سیدھ کا طریقہ جو وقت اور جگہ کی پیچیدگی کو کم کرتا ہے۔ بی ایم سی حیاتیاتی معلومات۔ 5، 113 (2004)۔
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: بڑے پیمانے پر فائیلوجنیٹک تجزیہ میں خودکار سیدھ اور تراشنے کا ایک ٹول۔ بایو انفارمیٹکس 25، 1972–1973 (2009)۔
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC جین اور میٹاجینومک ترتیب ترجمہ شروع سائٹ کی پیشن گوئی. بایو انفارمیٹکس 28، 2223-2230 (2012)۔
شین، ڈبلیو اور زیونگ، جے ٹیکسن کٹ: کراس پلیٹ فارم اور موثر NCBI درجہ بندی ٹول کٹ۔ Bio Rxiv. (1 جون 2021 کو رسائی حاصل کی گئی) https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019)۔
قیمت، MN، Dehal، PS & Arkin، AP FastTree 2-تقریبا زیادہ سے زیادہ امکان کا درخت بڑی سیدھ کے ساتھ۔ PLOS One 5, e9490 (2010)۔
ٹینگ، O. GNU متوازی۔ (1 جون 2021 کو رسائی حاصل کی گئی) https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018)۔
کنہیسا، ایم اینڈ گوٹو، ایس کے ای جی جی: کیوٹو انسائیکلوپیڈیا آف جینز اینڈ جینوم۔ نیوکلک ایسڈ ریسرچ۔ 28، 27-30 (2000)۔
چیک ریپبلک، L. وغیرہ۔ ایکسٹریمولائٹس ایکٹوئین اور ہائیڈروکسی ایکٹوئن کا کردار تناؤ کے محافظ اور غذائی اجزاء کے طور پر: جینیات، نظام جینومکس، بائیو کیمسٹری، اور ساختی تجزیہ۔ جین (بیسل)۔ 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018)۔
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA متفرق پروٹین کا اظہار واجب سمندری ہائیڈرو کاربن کو تباہ کرنے والے بیکٹیریم تھیلاسولیٹیوس اولیووران MIL-1 کی نشوونما کے دوران درمیانے اور لمبی زنجیر والے الکنیز کی نشوونما کے دوران۔ سامنے مائکروجنزم 9، 3130 (2018)۔
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., اور Jurkevitch, E. فینوٹائپک مخصوص اشارے کی وضاحت کے لیے ایک نیا تقابلی جینومکس طریقہ شکاری بیکٹیریا کے نشان میں مخصوص وراثت کو ظاہر کرتا ہے۔ پبلک سائنس لائبریری ایک۔ 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015)۔
یاکیموف، ایم ایم، وغیرہ تھیلاسولیٹیوس اولیووران جین۔ نومبر، ایس پی. nov.، سمندری بیکٹیریا کی ایک نئی قسم جو ہائیڈرو کاربن کے استعمال میں مہارت رکھتی ہے۔ بین الاقوامیت جے سسٹم ارتقاء مائکروجنزم 54، 141–148 (2004)۔
وانگ، وائی، یو، ایم، لیو، وائی، یانگ، ایکس اور ژانگ، ایکس ایچ بیکٹیریوپلانائیڈز پیسیفک جین۔ نومبر، ایس پی. نومبر میں، یہ جنوبی بحرالکاہل میں گردش کرنے والے سمندری پانی سے الگ ہو گیا۔ بین الاقوامیت جے سسٹم ارتقاء مائکروجنزم 66، 5010–5015 (2016)۔