Gram-manfiy, aerob, tuzga chidamli, faol, tayoqsimon va yirtqich bakteriyalarning yangi turi ASxL5T Angliyaning Nottingemshir shahridagi sigir goʻngi hovuzidan ajratib olingan va oʻlja sifatida Campylobacter ishlatilgan. Keyinchalik Campylobacterning boshqa turlari va Enterobacteriaceae oilasining a'zolari o'lja sifatida topildi. Xost hujayralarisiz subkulturadan so'ng, Brain Heart Infusion Agarda zaif aseptik o'sishga erishildi. Optimal o'sish sharoitlari 37 °C va pH 7. Transmissiya elektron mikroskopida o'ljaning mavjudligi bilan bog'liq juda noodatiy morfologik xususiyatlar aniqlandi. 16S rRNK gen ketma-ketligidan foydalangan holda filogenetik tahlil shuni ko'rsatdiki, bu izolat Marine Spirulina oilasining a'zosi bilan bog'liq, ammo ma'lum bo'lgan har qanday jinsning a'zosi sifatida aniq tasniflanishi mumkin emas. ASxL5T ning butun genom ketma-ketligi dengiz spiroketalari a'zolari bilan munosabatlarni tasdiqladi. Ma'lumotlar bazasini qidirish shuni ko'rsatdiki, bir nechta ASxL5Ts 16S rRNK gen ketma-ketligini okean, quruqlik yuzasi va er osti suvlaridan bir nechta madaniyatsiz bakteriyalar bilan bo'lishishadi. Biz ASxL5T shtammi yangi jinsdagi yangi turni ifodalaydi, deb taklif qilamiz. Venatorbacter cucullus gen nomini tavsiya qilamiz. Noyabr, sp. Noyabr oyida ASxL5T shtamm turi sifatida ishlatilgan.
Yirtqich bakteriyalar biosintetik materiallar va energiya olish uchun boshqa tirik bakteriyalarni ovlash va o'ldirish qobiliyatini namoyon qiluvchi bakteriyalardir. Bu o'lik mikroorganizmlardan ozuqa moddalarining umumiy tiklanishidan farq qiladi, shuningdek, parazitar o'zaro ta'sirlardan farq qiladi, bunda bakteriyalar o'z xo'jayini bilan ularni o'ldirmasdan yaqin aloqada bo'ladi. Yirtqich bakteriyalar o'zlari joylashgan joylarda (masalan, dengizda yashash joylari) mo'l-ko'l oziq-ovqat manbalaridan foydalanish uchun turli xil hayot davrlarini ishlab chiqdilar. Ular taksonomik jihatdan xilma-xil guruh bo'lib, ular faqat o'ziga xos sterilizatsiya hayot aylanishi bilan bog'langan1. Yirtqich bakteriyalarga misollar bir necha xil filalarda topilgan, jumladan: Proteobakteriyalar, Bacteroides va Chlorella.3. Biroq, eng yaxshi o'rganilgan yirtqich bakteriyalar Bdellovibrio va Bdellovibrio va shunga o'xshash organizmlardir (BALOs4). Yirtqich bakteriyalar yangi biologik faol birikmalar va antibakterial vositalarning istiqbolli manbai hisoblanadi5.
Yirtqich bakteriyalar mikroblarning xilma-xilligini oshiradi va ekotizim salomatligi, mahsuldorligi va barqarorligiga ijobiy ta'sir ko'rsatadi6. Ushbu ijobiy fazilatlarga qaramay, bakteriyalarni etishtirish qiyinligi va ularning murakkab hayot davrlarini tushunish uchun hujayra o'zaro ta'sirini diqqat bilan kuzatish zarurati tufayli yangi yirtqich bakteriyalar bo'yicha bir nechta tadqiqotlar mavjud. Ushbu ma'lumotni kompyuter tahlilidan olish oson emas.
Antimikrobiyal qarshilik kuchaygan davrda bakteriofaglar va yirtqich bakteriyalarni qo'llash kabi bakterial patogenlarni nishonga olishning yangi strategiyalari o'rganilmoqda7,8. ASxL5T bakteriyalari 2019-yilda Nottingemshir shtatidagi Nottingem universitetining Sutchilik markazidan yig‘ilgan sigir go‘ngidan fag izolyatsiyalash texnologiyasi yordamida ajratilgan. Tekshiruvning maqsadi biologik nazorat agenti sifatida potentsialga ega bo'lgan organizmlarni ajratishdir. Campylobacter hyointestinalis zoonoz qo'zg'atuvchi bo'lib, u tobora ko'proq odamning ichak kasalliklari bilan bog'liq10. U hamma joyda zardobda mavjud va maqsadli xost sifatida ishlatiladi.
ASxL5T bakteriyasi mol go‘shti jelesidan ajratib olingan, chunki u C. hyointestinalis maysazorida hosil bo‘lgan plastinkalar bakteriofaglar hosil qilganlarga o‘xshashligi kuzatilgan. Bu kutilmagan topilma, chunki faglarni izolyatsiya qilish jarayonining bir qismi bakterial hujayralarni olib tashlash uchun mo'ljallangan 0,2 mkm filtr orqali filtrlashni o'z ichiga oladi. Blyashkadan olingan materialning mikroskopik tekshiruvi kichik gramm-manfiy kavisli tayoq shaklidagi bakteriyalarda poligidroksibutirat (PHB) to'planmaganligini aniqladi. Yirtqich hujayralardan mustaqil aseptik madaniyat boy qattiq muhitda (masalan, miya yurak infuzion agar (BHI) va qonli agar (BA)) amalga oshiriladi va uning o'sishi zaifdir. U og'ir inokulyatsiya bilan subkulturadan keyin olinadi. U mikroaerob (7% v/v kislorod) va atmosfera kislorodi sharoitida teng darajada yaxshi o'sadi, lekin anaerob atmosferada emas. 72 soatdan keyin koloniyaning diametri juda kichik bo'lib, 2 mm ga yetdi va u bej, shaffof, yumaloq, konveks va porloq edi. Standart biokimyoviy sinovga to'sqinlik qiladi, chunki ASxL5T suyuq muhitda ishonchli tarzda etishtirish mumkin emas, bu uning biofilm shakllanishining murakkab hayot aylanishiga tayanishi mumkinligini ko'rsatadi. Biroq, plastinka suspenziyasi ASxL5T ning aerob ekanligini, oksidaza va katalaza uchun ijobiy ekanligini va 5% NaCl ga bardosh bera olishini ko'rsatdi. ASxL5T 10 mkg streptomitsinga chidamli, ammo sinovdan o'tgan barcha boshqa antibiotiklarga sezgir. ASxL5T bakterial hujayralari TEM tomonidan tekshirildi (1-rasm). BAda yirtqich hujayralarsiz o'stirilganda, ASxL5T hujayralari kichik Campylobacter bo'lib, o'rtacha uzunligi 1,63 mkm (± 0,4), kengligi 0,37 mkm (± 0,08) va bitta uzun (5 mkm gacha) qutbga ega. Jinsiy flagella. Taxminan 1,6% hujayralarning kengligi 0,2 mkm dan kam bo'lib ko'rinadi, bu filtr qurilmasi orqali o'tishga imkon beradi. Ba'zi hujayralarning tepasida pardaga (lotincha cucullus) o'xshash g'ayrioddiy strukturaviy kengaytma kuzatildi (1D, E, G dagi o'qlarga qarang). Bu ortiqcha tashqi membranadan iborat bo'lib ko'rinadi, bu periplazmatik konvert hajmining tez qisqarishi bilan bog'liq bo'lishi mumkin, tashqi membrana esa "bo'sh" ko'rinishni ko'rsatib, butunligicha qoladi. ASxL5T ni oziq moddalarsiz (PBSda) uzoq vaqt davomida 4 ° C da etishtirish ko'pchilik (lekin hammasi emas) hujayralarning kokkal morfologiyasini ko'rsatishiga olib keldi (1C-rasm). ASxL5T Campylobacter jejuni bilan o'lja sifatida 48 soat davomida o'sganda, o'rtacha hujayra hajmi xostsiz o'stirilgan hujayralarga qaraganda ancha uzunroq va torroq bo'ladi (1-jadval va 1E-rasm). Aksincha, ASxL5T 48 soat davomida E. coli bilan oʻlja sifatida oʻsganda, oʻrtacha hujayra kattaligi oʻljasiz oʻsgandan koʻra uzunroq va kengroq boʻladi (1-jadval), hujayra uzunligi esa oʻzgaruvchan boʻlib, odatda ipsimon shaklda boʻladi (1F-rasm). 48 soat davomida o'lja sifatida Campylobacter jejuni yoki E. coli bilan inkubatsiya qilinganida, ASxL5T hujayralarida flagella umuman yo'q. 1-jadvalda ASxL5T ning mavjudligi, yo'qligi va o'lja turiga asoslangan hujayra hajmidagi o'zgarishlar kuzatuvlari jamlangan.
ASx5LT ning TEM displeyi: (A) ASx5LT uzun qamchini ko'rsatadi; (B) odatiy ASx5LT batareyasi; (C) oziq moddalarsiz uzoq vaqt inkubatsiyadan so'ng kokklar ASx5LT hujayralari; (D) ASx5LT hujayralari guruhi anormallikni ko'rsatadi (E) Campylobacter o'ljasi bilan inkubatsiya qilingan ASx5LT hujayralar guruhi o'lja o'sishi bo'lmaganlar bilan solishtirganda hujayra uzunligini ko'rsatdi (D) apikal tuzilishni ham ko'rsatdi; (F) Yirik filamentli flagella, ASx5LT hujayralari, E. coli o'ljasi bilan inkubatsiyadan keyin; (G) E. coli bilan inkubatsiyadan so'ng, g'ayrioddiy yuqori tuzilishni ko'rsatadigan bitta ASx5LT hujayrasi. Bar 1 mkm ni bildiradi.
16S rRNK gen ketma-ketligini aniqlash (kirish raqami MT636545.1) maʼlumotlar bazasini qidirishga Gammaproteobakteriyalar sinfiga oʻxshash ketma-ketliklarni oʻrnatish imkonini beradi va dengiz spirillum oilasidagi dengiz bakteriyalariga eng yaqin boʻladi (2-rasm) va Thalassolituus jinsiga mansub. Marine Bacillusning eng yaqin qarindoshi. 16S rRNK gen ketma-ketligi Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) oilasiga mansub yirtqich bakteriyalardan aniq farq qiladi. B. bacteriovorus HD100T (turi, DSM 50701) va B. bakteriovorus DM11A ni juftlik bilan solishtirish 48,4% va 47,7%, B. exovorus JSS uchun esa 46,7% ni tashkil etdi. ASxL5T bakteriyalarida 16S rRNK genining 3 ta nusxasi mavjud bo'lib, ulardan ikkitasi bir-biriga o'xshash, uchinchisi esa bir-biridan 3 ta asosda joylashgan. Xuddi shu joylashuvdan o'xshash morfologik va fenotipik xususiyatlarga ega bo'lgan ikkita boshqa yirtqich bakterial izolatlar (ASx5S va ASx5O; 16S rRNK gen qo'shilish raqamlari mos ravishda MT636546.1 va MT636547.1) bir xil emas, lekin ular ASxL5T va madaniyatsiz Bakteriallardan farq qiladi. ma'lumotlar bazasi ketma-ketligi boshqalar bilan birga klasterlangan Oceanospirillaceae turkumidagi avlod (2-rasm). ASxL5T ning butun genom ketma-ketligi aniqlangan va NCBI ma'lumotlar bazasida saqlangan va kirish raqami CP046056. ASxL5T genomi G + C nisbati 56,1% bo'lgan 2 831 152 bp doiraviy xromosomadan iborat. Genom ketma-ketligi 2653 CDS (jami) o'z ichiga oladi, ulardan 2567 tasi oqsillarni kodlashi mumkin, ulardan 1596 tasi taxminiy funktsiyalar sifatida tayinlanishi mumkin (60,2%). Genomda 67 ta RNK kodlovchi genlar, jumladan, 9 ta rRNK (5S, 16S va 23S uchun 3 tasi) va 57 ta tRNK mavjud. ASxL5T ning genomik xususiyatlari 16S rRNK gen ketma-ketligidan aniqlangan eng yaqin nisbiy turdagi shtammlarning mavjud genomlari bilan solishtirildi (2-jadval). Barcha mavjud Thalassolituus genomlarini ASxL5T bilan solishtirish uchun aminokislota identifikatoridan (AAI) foydalaning. AAI tomonidan aniqlangan eng yaqin mavjud (to'liq bo'lmagan) genom ketma-ketligi Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 qo'shing). Ushbu shtamm Mariana xandaqining chuqur dengiz cho'kindilaridan ajratilgan, ammo hozirda taqqoslash uchun bu shtamm haqida fenotipik ma'lumot yo'q. ASxL5T ning 2,82 Mb bilan solishtirganda, organizm genomi 4,36 Mb kattaroqdir. Dengiz spiroketalarining o'rtacha genom hajmi taxminan 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 ta to'liq mos yozuvlar genomlari https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly saytida o'rganilgan), shuning uchun ASxL5T genomi bilan mos keladi. buyurtma Boshqa a'zolar bilan solishtirganda, u juda kichik. Gammaproteobakteriyalar 11,12,13,14,15,16 ga xos 172 ta bitta nusxali genlarning moslashtirilgan va bog‘langan aminokislotalar ketma-ketligidan foydalanib, genomga asoslangan taxminiy maksimal ehtimollik filogenetik daraxtini yaratish uchun GToTree 1.5.54 dan foydalaning, 17 , 18. Tahlil shuni ko'rsatdiki, u Thalassolituus, Bakteriya tekisligi va Dengiz bakteriyasi bilan chambarchas bog'liq. Biroq, bu ma'lumotlar shuni ko'rsatadiki, ASxL5T Marine Spirulinadagi qarindoshlaridan farq qiladi va uning genom ketma-ketligi ma'lumotlari mavjud.
16S rRNK gen ketma-ketligidan foydalanadigan filogenetik daraxt ASxL5T, ASxO5 va ASxS5 shtammlarining (ichaklar bilan) Dengiz Spirulinaceaedagi ekilmagan va dengiz bakteriyalari shtammlariga nisbatan o'rnini ta'kidlaydi. Genbank qo'shilish raqami qavslar ichidagi shtamm nomidan keyin keladi. Ketma-ketlikni tekislash uchun ClustalW dan foydalaning va filogenetik munosabatlarni aniqlash uchun maksimal ehtimollik usuli va Tamura-Nei modelidan foydalaning va MEGA X dasturida 1000 ta boshqariladigan replikatsiyalarni bajaring. Filialdagi raqam boshqariladigan nusxaning qiymati 50% dan katta ekanligini ko'rsatadi. Tashqi guruh sifatida Escherichia coli U/541T ishlatilgan.
(A) Dengiz Spirospiraceae bakteriyasi ASxL5T va uning yaqin qarindoshlari, E. coli U 5/41T oʻrtasidagi munosabatni tashqi guruh sifatida koʻrsatuvchi, genomga asoslangan filogenetik daraxt. (B) T. oleivorans MIL-1T bilan taqqoslaganda, genlarning funktsional toifasi taqsimoti ASx5LT oqsilining ortologik guruh (COG) klasteri asosida bashorat qilinadi. Chapdagi rasmda har bir genomdagi har bir funktsional COG toifasidagi genlar soni ko'rsatilgan. O'ngdagi grafik har bir funktsional COG guruhidagi genomlarning foizini ko'rsatadi. (C) T. oleiverans MIL-1T bilan solishtirganda, ASxL5T ning to'liq KEGG (Kyoto entsiklopediyasi genlar va genomlar) modulli yo'lini tahlil qilish.
ASxL5T genomida mavjud bo'lgan komponent genlarini tekshirish uchun KEGG ma'lumotlar bazasidan foydalanish aerob gamma Proteusning odatiy metabolik yo'lini aniqladi. ASxL5T bakterial motor oqsillariga tayinlangan jami 75 ta genni o'z ichiga oladi, shu jumladan kemotaksis, flagella birikmasi va IV turdagi fimbriyalar tizimida ishtirok etadigan genlar. Oxirgi toifadagi 10 gendan 9 tasi boshqa bir qator organizmlarning tebranish harakati uchun javobgardir. ASxL5T genomida tetrahidropirimidinning to'liq biosintetik yo'li mavjud bo'lib, u galofillar uchun kutilgandek osmotik stressga20 himoya reaktsiyasida ishtirok etadi. Genom shuningdek, kofaktorlar va vitaminlar uchun ko'plab to'liq yo'llarni, shu jumladan riboflavin sintezi yo'llarini ham o'z ichiga oladi. ASxL5Tda alkan 1-monoksigenaza (alkB2) geni mavjud bo'lsa-da, uglevodoroddan foydalanish yo'li to'liq emas. ASxL5T genom ketma-ketligida T. oleiverans MIL-1T21 da uglevodorodlar degradatsiyasi uchun asosan mas'ul bo'lgan genlarning TOL_2658 (alkB) va TOL_2772 (alkogol dehidrogenaza) kabi homologlari aniq yo'q. Shakl 3B ASxL5T va zaytun moyi MIL-1T o'rtasidagi COG toifasida gen taqsimotini taqqoslashni ko'rsatadi. Umuman olganda, kichikroq ASxL5T genomi kattaroq bog'liq genomga nisbatan har bir COG toifasidan mutanosib ravishda kamroq genlarni o'z ichiga oladi. Har bir funktsional toifadagi genlar soni genomning ulushi sifatida ifodalanganda, farqlar translatsiya, ribosoma tuzilishi va biogenez toifalaridagi genlar foizida, shuningdek, kattaroq ASxL5T ni tashkil etuvchi energiya ishlab chiqarish va konversiya funktsiyasi toifalarida qayd etiladi. genom Foiz T. oleiverans MIL-1T genomidagi bir xil guruh bilan solishtiriladi. ASxL5T genomidan farqli o'laroq, T. oleivorans MIL-1T replikatsiya, rekombinatsiya va ta'mirlash va transkripsiya toifalarida genlarning yuqori foiziga ega. Qizig'i shundaki, ikkita genomning har bir funktsional toifasi tarkibidagi eng katta farq ASxL5Tda mavjud bo'lgan noma'lum genlar sonidir (3B-rasm). KEGG modullarini boyitish tahlili o'tkazildi, bunda har bir KEGG moduli genom ketma-ketligi ma'lumotlarini izohlash va biologik talqin qilish uchun qo'lda belgilangan funktsional birliklar to'plamini ifodalaydi. ASxL5T va zaytun MIL-1T ning to'liq KOG modul yo'lida gen taqsimotini taqqoslash 3C-rasmda ko'rsatilgan. Ushbu tahlil shuni ko'rsatadiki, ASxL5T to'liq oltingugurt va azot almashinuvi yo'liga ega bo'lsa-da, T. oleiverans MIL-1T yo'q. Bundan farqli o'laroq, T. oleiverans MIL-1T to'liq sistein va metionin almashinuvi yo'liga ega, ammo ASxL5Tda u to'liq emas. Shuning uchun ASxL5T sulfat assimilyatsiyasi uchun xarakterli modulga ega (metabolik imkoniyatlar yoki patogenlik kabi fenotipik belgilar sifatida ishlatilishi mumkin bo'lgan genlar to'plami sifatida aniqlanadi; https://www.genome.jp/kegg/module.html) T. oleiverans MIL-1T. ASxL5T gen tarkibini yirtqich turmush tarzini ko'rsatadigan genlar ro'yxati bilan solishtirish noaniq. ASxL5T genomida O antijeni polisakkarid bilan bog'langan ligazani kodlovchi waaL geni mavjud bo'lsa-da (lekin u ko'plab gram-manfiy bakteriyalarda keng tarqalgan), triptofan 2,3-dioksigenaza (TDO) genlari 60 ta aminoni o'z ichiga olishi mumkin. odatda mavjud bo'lmagan yirtqich bakteriyalarda uchraydigan kislotali hududlar. ASxL5T genomida boshqa yirtqich xarakterli genlar, shu jumladan mevalonat yo'lida izoprenoid biosintezida ishtirok etadigan kodlovchi fermentlar mavjud emas. E'tibor bering, tekshirilgan yirtqichlar guruhida gntR transkripsiyani tartibga soluvchi gen yo'q, ammo ASxL5Tda uchta gntRga o'xshash genlarni aniqlash mumkin.
ASxL5T ning fenotipik xarakteristikalari 3-jadvalda jamlangan va adabiyotda ma'lum qilingan tegishli 23, 24, 25, 26 va 27 avlodlarning fenotipik xususiyatlari bilan solishtirilgan. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis va Oceanobacter kriegii izolatlari faol, tuzga chidamli, oksidaza musbat tayoqchasimon tanachalardir, lekin ASxL5T bilan deyarli boshqa fenotipik belgilarga ega emas. Okeanning oʻrtacha pH qiymati 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), bu T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis va O. kriegii. ASxL5T dengiz bo'lmagan turlarga xos bo'lgan kattaroq pH diapazoniga (4-9) mos keladi. Thalassolituus sp.ning fenotipik xususiyatlari. C2-1. Noma'lum. ASxL5T ning oʻsish harorati oraligʻi odatda dengiz shtammlarinikidan (4–42 °C) kengroqdir, garchi T. marinus izolatlarining hammasi emas, balki baʼzilari issiqlikka chidamli. Bulyon muhitida ASxL5T o'stira olmaslik keyingi fenotipik xarakteristikaga to'sqinlik qildi. BA plitasi, ONPG, arginin dihidrolaza, lizin dekarboksilaza, ornitin dekarboksilaza, sitratdan foydalanish, ureaza, triptofan deaminaza, jelatin gidroliz fermentidan olingan materiallarni sinab ko'rish uchun API 20E dan foydalaning, test natijalari manfiy bo'ldi, ammo indol va H2S yo'q. ishlab chiqarilgan. Achitilmagan uglevodlarga quyidagilar kiradi: glyukoza, mannoz, inositol, sorbitol, ramnoz, saxaroza, melibioza, amigdalin va arabinoza. Nashr qilingan tegishli mos yozuvlar shtammlari bilan solishtirganda, ASxL5T shtammining hujayrali yog 'kislotalari profili 4-jadvalda ko'rsatilgan. Asosiy hujayrali yog' kislotalari C16:1ō6c va/yoki C16:1ō7c, C16:0 va C18:1ō9. C12:0 3-OH va C10:0 3-OH gidroksi yog' kislotalari ham mavjud. ASxL5T da C16:0 nisbati tegishli nasllarning xabar qilingan qiymatidan yuqori. Aksincha, xabar qilingan T. marinus IMCC1826TT bilan solishtirganda, ASxL5T da C18:1ō7c va/yoki C18:1ō6c nisbati kamayadi. oleivorans MIL-1T va O. kriegii DSM 6294T, lekin B. sanyensis KCTC 32220T da aniqlanmagan. ASxL5T va ASxLS ning yog 'kislotalari profillarini solishtirish ikkita shtamm o'rtasidagi individual yog' kislotalari miqdorida bir xil turdagi genomik DNK ketma-ketligiga mos keladigan nozik farqlarni aniqladi. Sudan qora testi yordamida poli-3-gidroksibutirat (PHB) zarralari aniqlanmadi.
Yirtqichlar oralig'ini aniqlash uchun ASxL5T bakteriyalarining yirtqich faolligi o'rganildi. Bu bakteriya Campylobacter turlarida blyashka hosil qilishi mumkin, jumladan: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 va C. upsaliensis NCTC 11541T. Gram-manfiy va gramm-musbat bakteriyalarning kengroq diapazonini sinash uchun usulning xost diapazonini aniqlash bo‘limida sanab o‘tilgan madaniyatlardan foydalaning. Natijalar shuni ko'rsatadiki, ASxL5T Escherichia coli NCTC 86 va Citrobacter freundii NCTC 9750T da ham qo'llanilishi mumkin. Klebsiella oxytoca 11466 da hosil bo'lgan plitalar. E. coli NCTC 86 bilan TEM o'zaro ta'siri 4A-D-rasmda, Campylobacter jejuni PT14 va Campylobacter suis S12 bilan o'zaro ta'siri 4E-H o'rtada ko'rsatilgan. Hujum mexanizmi sinovdan o'tgan o'lja turlari o'rtasida farq qiladi, har bir ASxL5T hujayrasiga bir yoki bir nechta E. coli hujayralari biriktirilgan va adsorbsiyadan oldin kengaytirilgan hujayra bo'ylab lateral joylashtirilgan. Bundan farqli o'laroq, ASxL5T Campylobacterga bitta aloqa nuqtasi orqali, odatda, yirtqich hujayraning cho'qqisiga va Campylobacter hujayrasi tepasiga yaqin aloqada bo'lgan ko'rinadi (4H-rasm).
ASx5LT va o'lja o'rtasidagi o'zaro ta'sirni ko'rsatadigan TEM: (AD) va E. coli o'ljasi; (EH) va C. jejuni o'ljasi. (A) bitta E. coli (EC) hujayra bilan bog'langan odatiy ASx5LT hujayra; (B) bitta EK hujayraga biriktirilgan ipsimon ASx5LT; (C) Bir nechta EC hujayralariga ulangan filamentli ASx5LT hujayra; (D) Bitta E. coli (EK) hujayradagi kichikroq ASx5LT hujayralari biriktirilishi; (E) Campylobacter jejuni (CJ) hujayrasiga ulangan bitta ASx5LT hujayra; (F) ASx5LT C. hyointestinalis (CH) hujayralariga hujum qiladi; (G) ikkita Bitta ASx5LT hujayra CJ hujayrasiga hujum qildi; (H) ASx5LT biriktirma nuqtasining yaqindan ko'rinishi, CJ hujayrasi cho'qqisiga yaqin (bar 0,2 mkm). Bar 1 mkm (A–G) ni bildiradi.
Yirtqich bakteriyalar yirtqichlarning ko'p manbalaridan foydalanish uchun rivojlangan. Shubhasiz, ular turli xil muhitlarda keng tarqalgan. Populyatsiya a'zolarining hajmi tor bo'lganligi sababli, ASxL5T bakteriyalarini faglarni ajratish usuli yordamida ataladan ajratib olish mumkin. ASxL5T ning dengiz bakteriyalarining oceanospirillaceae oilasi vakillari uchun genomik ahamiyati hayratlanarli, garchi organizm tuzga chidamli va tarkibida 5% tuz bo'lgan muhitda o'sishi mumkin. Atamaning suv sifati tahlili natriy xlorid miqdori 0,1% dan kam ekanligini ko'rsatdi. Shu sababli, loy ham geografik, ham kimyoviy jihatdan dengiz muhitidan uzoqda joylashgan. Bitta manbadan uchta o'zaro bog'liq, ammo turli xil izolyatsiyalarning mavjudligi bu yirtqichlarning dengiz bo'lmagan muhitda ko'payib borayotganidan dalolat beradi. Bundan tashqari, mikrobioma tahlili (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 saytida mavjud ma'lumotlar fayllari) bir xil 16S rRNK gen ketma-ketligi 50 ta eng keng tarqalgan operatsion taksonlar (OTU) ichida joylashganligini ko'rsatdi. ) Loyning bir necha namuna olish oralig'ida. Genbank ma'lumotlar bazasida ASxL5T bakteriyalariga o'xshash 16S rRNK gen ketma-ketligiga ega bo'lgan bir nechta madaniyatsiz bakteriyalar topildi. Ushbu ketma-ketliklar ASxL5T, ASxS5 va ASxO5 ketma-ketliklari bilan birgalikda Thalassolituus va Oceanobacter dan ajratilgan turli xil guruhlarni ifodalaydi (2-rasm). 2009 yilda Janubiy Afrika oltin konida 1,3 kilometr chuqurlikdagi yoriq suvidan uch xil madaniyatsiz bakteriyalar (GQ921362, GQ921357 va GQ921396), qolgan ikkitasi (DQ256320 va DQ337) Janubiy Afrikadagi yer osti suvlaridan (DQ337) ajratilgan. ichida 2005). ASxL5T bilan eng yaqin bog'liq bo'lgan 16S rRNK gen ketma-ketligi 2006 yilda shimoliy Frantsiya plyajlaridan olingan qumli cho'kindilarni boyitish madaniyatidan olingan 16S rRNK gen ketma-ketligining bir qismidir (kirish raqami AM29240828). Madaniyatsiz HQ183822.1 bakteriyasidan yana bir chambarchas bog'liq bo'lgan 16S rRNK gen ketma-ketligi Xitoydagi shahar poligonidan yuvilgan yig'ish idishidan olingan. Shubhasiz, ASxL5T bakteriyalari taksonomik ma'lumotlar bazalarida yuqori darajada vakili emas, ammo madaniyatsiz bakteriyalardan olingan bu ketma-ketliklar butun dunyo bo'ylab, odatda qiyin muhitda tarqalgan ASxL5Tga o'xshash organizmlarni ifodalaydi. Butun genom filogenetik tahlilidan ASxL5T ga eng yaqin qarindoshi Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Va O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus dengiz va quruqlik muhitida keng tarqalgan dengiz majburiy uglevodorod parchalanish bakteriyalarining (OHCB) a'zosi bo'lib, odatda uglevodorodlarning ifloslanishi hodisalaridan keyin dominantga aylanadi30,31. Dengiz bakteriyalari OHCB guruhiga kirmaydi, lekin dengiz muhitidan ajratilgan.
Fenotipik ma'lumotlar shuni ko'rsatadiki, ASxL5T yangi tur va dengiz spirospiraceae oilasida ilgari tan olinmagan jinsning a'zosi. Hozirgi vaqtda yangi izolyatsiya qilingan shtammlarni yangi jinsga tasniflashning aniq standarti yo'q. Umumjahon nasl chegaralarini aniqlashga urinishlar qilingan, masalan, konservativ oqsil (POCP) genomining foiziga asoslanib, chegara qiymati mos yozuvlar shtammi bilan 50% bir xil bo'lishi tavsiya etiladi33. Boshqalar esa POCPga nisbatan afzalliklarga ega bo'lgan AAI qiymatlaridan foydalanishni taklif qilishadi, chunki ularni to'liq bo'lmagan genomlardan olish mumkin34. Muallifning fikricha, agar AAI qiymati namunaviy turning model shtammi bilan solishtirganda 74% dan kam bo'lsa, shtamm boshqa avlod vakili hisoblanadi. Dengiz spirillaceaedagi model jinsi dengiz spirillumi va model shtammi O. linum ATCC 11336T. ASxL5T va O. linum ATCC 11336T o'rtasidagi AAI qiymati 54,34% ni, ASxL5T va T. oleivorans MIL-1T (turdagi shtammlar) o'rtasidagi AAI qiymati 67,61% ni tashkil etadi, bu ASxL5T Thalasdan farq qiladigan yangi jinsni ifodalaydi. Tasniflash standarti sifatida 16S rRNK gen ketma-ketligidan foydalanib, tavsiya etilgan jinsni chegaralash chegarasi 94,5%35 ni tashkil qiladi. ASxL5T Thalassolituus jinsiga joylashtirilishi mumkin, T. oleivorans MIL-1T va 96,17% bilan 95,03% 16S rRNK ketma-ketligini ko'rsatadi. marinus IMCC1826T. Biroq, u B. sanyensis NV9 bilan 94,64% 16S rRNK gen identifikatoriga ega bo'lgan Bacteroides jinsiga ham joylashtiriladi, bu 16S rRNK geni kabi bitta gendan foydalanish o'zboshimchalik bilan tasniflash va tayinlashga olib kelishi mumkinligini ko'rsatadi. Yana bir tavsiya etilgan usul mavjud nasllarning barcha turlari va tur bo'lmagan shtammlaridan ma'lumotlar nuqtalarining klasterlanishini tekshirish uchun ANI va Genom Alignment Score (AF) dan foydalanadi. Muallif jins chegarasini tahlil qilinayotgan taksonlarga xos bo‘lgan taxminiy jinsning burilish nuqtasi bilan birlashtirishni tavsiya qiladi. Biroq, Thalassolituus izolatlarining to'liq genom ketma-ketligi etarli bo'lmasa, ASxL5T ning Thalassolituus jinsiga tegishli yoki yo'qligini bu usul bilan aniqlash mumkin emas. Tahlil qilish uchun to'liq genom ketma-ketligi cheklanganligi sababli, butun genom filogenetik daraxti ehtiyotkorlik bilan talqin qilinishi kerak. Ikkinchidan, butun genomlarni taqqoslash usullari taqqoslangan genomlar hajmidagi sezilarli farqlarni hisobga olmaydi. Ular o'zaro bog'liq avlodlar o'rtasida saqlanib qolgan yadroli bir nusxali genlarning o'xshashligini o'lchadilar, ammo ASxL5T ning ancha kichik genomida mavjud bo'lmagan ko'p sonli genlarni hisobga olishmadi. Shubhasiz, ASxL5T va Thalassolituus, Oceanobacter va Bacterioplanes kabi guruhlar umumiy ajdodga ega, ammo evolyutsiya boshqa yo'lni bosib o'tdi va bu genomning qisqarishiga olib keldi, bu esa yirtqich turmush tarziga moslashishi mumkin. Bu T. oleivorans MIL-1T dan farqli o'laroq, 28% kattaroq va uglevodorodlardan foydalanish uchun turli xil muhit bosimi ostida rivojlangan23,30. Rickettsia, Chlamydia va Buchnera kabi majburiy hujayra ichidagi parazitlar va simbiontlar bilan qiziqarli taqqoslash mumkin. Ularning genom hajmi taxminan 1 Mb. Xost hujayra metabolitlaridan foydalanish qobiliyati gen yo'qolishiga olib keladi, shuning uchun muhim evolyutsion genomik degradatsiyaga uchradi. Dengiz kimyoviy ozuqa organizmlaridan yirtqich hayot tarziga evolyutsion o'zgarishlar genom hajmining xuddi shunday qisqarishiga olib kelishi mumkin. COG va KEGG tahlili muayyan funktsiyalar uchun ishlatiladigan genlar sonini va ASxL5T va T. oleivorans MIL-1T o'rtasidagi genomik yo'llardagi global farqlarni ta'kidlaydi, bu mobil genetik elementlarning keng tarqalganligi bilan bog'liq emas. ASxL5T ning butun genomining G+S nisbatidagi farq 56,1%, T. oleivorans MIL-1T niki esa 46,6% ni tashkil etadi, bu ham uning ajratilganligini ko‘rsatadi.
ASxL5T genomining kodlash tarkibini tekshirish fenotipik xususiyatlar haqida funktsional tushunchalarni beradi. IV tipdagi fimbrialarni (Tfp) kodlovchi genlarning mavjudligi alohida qiziqish uyg'otadi, chunki ular hujayralar harakatini rag'batlantiradi, ular ijtimoiy siljish yoki konvulsiyalar deb ataladi, yuzasida flagellasiz. Ma'lumotlarga ko'ra, Tfp boshqa funktsiyalarga ega, jumladan, yirtqichlar, patogenez, biofilm shakllanishi, tabiiy DNKni qabul qilish, hujayralarni avtomatik yig'ish va rivojlantirish38. ASxL5T genomida diguanilatsiklazani (2 guanozin trifosfatning guanozin 2 fosfat va siklik diGMPga aylanishini katalizlovchi ferment) kodlovchi 18 ta gen va tegishli diguanilatsiklazani kodlovchi 6 ta gen mavjud. Esteraza uchun geni (siklik di-GMP ning guanozin monofosfatga parchalanishini katalizlovchi) qiziqarli, chunki sikl-di-GMP biofilm rivojlanishi va ajralish, harakat, hujayra biriktirilishi va virulentlik 39, 40 jarayonida ishtirok etadigan muhim ikkinchi xabarchidir. Shuni ham ta'kidlash kerakki, Bdellovibrio bakteriovorida tsiklik qo'sh GMP erkin hayot va yirtqich turmush tarzi o'rtasidagi o'tishni nazorat qilishini ko'rsatdi41.
Yirtqich bakteriyalar bo'yicha ko'plab tadqiqotlar Bdellovibrio, Bdellovibrioga o'xshash organizmlar va Myxococcus turlariga qaratilgan. Yirtqich bakteriyalarning bu va boshqa ma'lum misollari turli guruhni tashkil qiladi. Bu xilma-xillikka qaramasdan, 11 ta ma'lum bo'lgan yirtqich bakteriyalarning fenotiplarini aks ettiruvchi xarakterli oqsil oilalari to'plami aniqlangan3,22. Biroq, faqat O antigen ligazasini (waaL) kodlovchi genlar aniqlangan, bu ayniqsa gram-manfiy bakteriyalarda keng tarqalgan. Tahlilning ushbu shakli ASxL5T ni yirtqich sifatida belgilashda yordam bermaydi, chunki u yangi hujum strategiyasidan foydalanadi. Turli xil yirtqich bakterial genomlarning mavjudligi guruh a'zolari o'rtasidagi funktsional va ekologik farqlarning dalillarini hisobga oladigan aniqroq tahlillarni ishlab chiqishga yordam beradi. Ushbu tahlilga kiritilmagan yirtqich bakteriyalarga misollar Cupriavidus necator42 va Bradymonabacteria43 a'zolarini o'z ichiga oladi, chunki tadqiqotchilar turli mikrobial jamoalarni o'rganishlari natijasida ko'proq yirtqich taksonlar o'rnatiladi.
TEM tasviri orqali olingan ASxL5T bakteriyalarining eng e'tiborga molik xususiyati uning o'ziga xos va moslashuvchan morfologiyasi bo'lib, u yirtqich bakteriyalar bilan o'zaro ta'sirga yordam beradi. Kuzatilgan o'zaro ta'sir turi boshqa yirtqich bakteriyalardan farq qiladi va ilgari aniqlanmagan yoki xabar qilinmagan. Tavsiya etilgan ASxL5T yirtqich hayot aylanishi 5-rasmda ko'rsatilgan. Adabiyotda apikal tuzilmalarga o'xshash bir nechta misollar mavjud, ammo bu misollar Terasakiispira papahanaumokuakeensis, cho'qqisining vaqti-vaqti bilan kengayishi 44 bo'lgan dengiz spirillum bakteriyasi va Alphaproteobacteria, Terasakiispira papahanaumokuakeensisni o'z ichiga oladi. , ilgari turkumga mansub Oceanospirillum, ko'rgazma "Polar plyonka" deb ataladigan 45. Kokklar shakllari ko'pincha eski madaniyatlarda kuzatiladi, ayniqsa Vibrio, Campylobacter va Helicobacter 46, 47, 48 kabi egri shaklga ega bakteriyalar uchun, ular buzilgan holatni ifodalashi mumkin. ASxL5T bakteriyalarining aniq hayot aylanishini aniqlashtirish uchun qo'shimcha ish talab etiladi. U qanday tutishi va ovlashini va uning genomi tibbiy yoki biotexnologik maqsadlarda ishlatilishi mumkin bo'lgan biologik faol birikmalarni kodlashini aniqlash.
Venatorbacter genining tavsifi. Noyabr Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. L. n. venator, 'ovchi' va Gr. n. bakter,'tayoq'. Venatorbacter,'ovchi Rod' Hujayralar aerob, tuzga chidamli, egri Gram bo'yoqlari salbiy, katalaza va oksidaza faolligi ijobiydir. PHB 4 dan 42 °C gacha bo'lgan harorat oralig'ida to'planmaydi. 4-9 pH oralig'i dengiz salyangozlarida, ko'pchilik kislotali pHga toqat qilmaydilar :1ō7c, C16:0 va C18:1ō9 C12:0 3-OH va C10:0 3-OH gidroksi yog 'kislotalari sifatida topiladi, ular bulonda o'smaydi G + C tarkibi 56,1 mol% Ushbu jinsning a'zolari Campylobacter va Enterobacteriaceae a'zolarining yirtqich xatti-harakatlarini ko'rsatadi. Bu turning filogenetik holati oilada.
Venatorbacter cucullus sp. tavsifi. Noyabr Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus yarrak degan ma'noni anglatadi).
Bundan tashqari, ushbu jinsning tavsiflovchi xususiyati shundaki, BA yoki BHI da o'stirilganda hujayralar uzunligi 1,63 mkm va kengligi 0,37 mkm. BHI agardagi koloniyalar juda kichik bo'lib, 72 soatdan keyin diametri 2 mm ga etadi. Ular bej, shaffof, yumaloq, konveks va porloq. Ushbu turning vakillari Escherichia coli va Klebsiella dan foydalanishlari mumkin. Campylobacter va boshqa bir qancha gramm-manfiy bakteriyalar o'lja bo'lib xizmat qiladi.
ASxL5T tipik shtammi Buyuk Britaniyaning Nottingemshir shahrida mol go‘shti sutidan ajratilgan va Milliy turdagi madaniyat to‘plamiga (Buyuk Britaniya) joylashtirilgan: kirish raqami NCTC 14397 va Niderlandiya bakterial madaniyati to‘plamiga (NCCB) kirish raqami NCCB 100775. To‘liq genom ketma-ketligi ASxL5T. qo'shilishi bo'yicha Genbankda depozitga qo'yilgan CP046056.
ASxL5T bakteriyalari sigir sutidan fag izolyatsiyasi texnologiyasidan foydalangan holda ajratilgan9,49. Bulyon SM tamponida (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4,7H2O va 0,01% jelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, Buyuk Britaniya) 1:9 nisbatda suyultirildi, keyin inkubatsiya qilindi. 24 soat davomida 4°C da, sekin aylantirib, elutatsiya qilish uchun yirtqichlar buferga kiradi. Suspenziya 3 minut davomida 3000 g da santrifüj qilindi. Supernatant yig'ildi va 13000 g da ikkinchi marta 5 daqiqa davomida santrifüj qilindi. Keyin supernatant qolgan bakterial hujayralarni olib tashlash uchun 0,45 mkm membranali filtrdan (Minisart; Sartorius, Gottingen, Germaniya) va 0,2 mkm membranali filtrdan (Minisart) o'tkazildi. ASxL5T ushbu filtrlardan o'tishi mumkin. Xuddi shu ataladan Campylobacter enterosus S12 (NCBI kirish raqami CP040464) ning yumshoq agar maysazori standart usullardan foydalangan holda tayyorlangan. Filtrlangan atala ushbu xost hujayra plitalarining har biriga 10 µl tomchilarga uch nusxada taqsimlandi va quritishga ruxsat berildi. Plastinka mikroaerobik sharoitda (5% O2, 5% H2, 10% CO2 va 80% N2) 48 soat davomida 37 ° C da mikroaerofil idishda inkubatsiya qilindi. Olingan ko'rinadigan blyashka SM buferiga ajratildi va parchalangan organizmlarni yanada ko'paytirish uchun C. hyointestinalis S12 ning yangi maysazoriga o'tkazildi. Bakteriyalar fag emas, balki litik blyashka sababi ekanligi aniqlangandan so'ng, organizmni xostdan mustaqil ravishda o'stirishga harakat qiling va uni yanada xarakterlang. Aerob madaniyati 37 °C da 5% v/v defibrinlangan ot qoni bilan amalga oshirildi (TCS Biosciences Lt, Bukingem, Buyuk Britaniya, qo'shimcha). Milliy Klinik Standartlar Qo'mitasining ko'rsatmalariga ko'ra, antibakterial sezuvchanlik testi uchun disk diffuziya usuli qo'llaniladi. BHI agar aerob ekish uchun quyidagi antibiotiklar (Oksoid) bo'lgan disk yordamida 37 ° C da ekilgan: amoksitsillin va klavulan kislotasi 30 mkg; sefotaksim 30 mkg; streptomitsin 10 mkg; siprofloksatsin 5 mkg; Seftazidim 30 mkg Nalidiksik kislota 30 mkg; Imipenem 10 mkg; Azitromitsin 15 mkg; xloramfenikol 30 mkg; sefoksitin 30 mkg; tetratsiklin 30 mkg; nitrofurantoin 300 mkg; Aztreonam 30 mkg; ampitsillin 10 mkg; sefpodoksim 10 mkg; Trimetoprim-Sulfametoksazol 25 mkg. Tuzga chidamlilik BHI agar plastinkalarida 37 °C da aerobik inkubatsiya orqali o'rnatildi. BHI agar plitalariga qo'shimcha NaCl 10% gacha bo'lgan konsentratsiya oralig'ini ta'minlash uchun qo'shildi. PH diapazoni 37°C da BHI agar plastinkalarida aerob madaniyati bilan aniqlanadi, bu erda pH diapazoni steril HCl yoki steril NaOH bilan 4 dan 9 gacha sozlangan va plastinka quyishdan oldin maqsadli pH qiymati tekshiriladi. Hujayra yog 'kislotalarini tahlil qilish uchun ASxL5T BHI agarida 3 kun davomida va 37 ° C da aerob holda ekilgan. FERA Science Ltd (York, Buyuk Britaniya) kompaniyasining MIDI (Sherlock Microbial Identification System, 6.10 versiyasi) standart protokoliga muvofiq hujayra yog 'kislotalari ekstraksiya qilingan, tayyorlangan va tahlil qilingan.
TEM uchun ASxL5T 24 soat davomida 37°C da BA ga bir tekis tarqalish yoʻli bilan aerob holda yetishtirildi, soʻngra xona haroratida 0,1 M kakodilat tamponida 1 ml 3% (v/v) glutaraldegidga yigʻildi. 1 soat davomida mahkamlang, soʻngra sentrifuga qiling. 10000 g da 3 daqiqa davomida. Keyin pelletni 600 mkl 0,1 M kakodilat tamponida muloyimlik bilan qayta suspenziya qiling. Ruxsat etilgan ASxL5T suspenziyasini 200 ko'zli mis to'rga Formvar/uglerod plyonkasiga o'tkazing. Bakteriyalar 1 daqiqa davomida 0,5% (w/v) uranil asetat bilan bo'yalgan va TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroskopi yordamida TEM tomonidan tekshirilgan. Yuqorida aytib o'tilganidek, NZCYM buloniga (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) bir xil miqdordagi yirtqich va yirtqichlarni birlashtiring va 37 ° C da Campylobacter yoki Campylobacter mikroaerobik sharoitlarida 48 soat davomida inkubatsiya qiling, yirtqich va yirtqichlarning o'zaro ta'siri TEM tomonidan ham tekshirildi. Escherichia coli uchun aerob sharoitlar. Yirtqich va yirtqich bakteriyalarni mustaqil ravishda tekshirib, yirtqichlar tufayli hujayra morfologiyasidagi har qanday o'zgarishlarni aniqlang. PHB to'planishining optik mikroskopiyasi uchun Sudan qora usuli ishlatilgan.
Steril tampon bilan BHI yoki BA plastinkalarida o'sishni surtish orqali ASxL5T kulturalarini bir kechada o'stiring. ASxL5T hujayralarini to'plang va ularni MRDda (CM0733, Oksoid) to'xtatib turing va keyin hujayralarni och qoldirish uchun ularni 7 kun davomida 4 ° C da joylashtiring. NCTC ma'lumotnomasi yoki laboratoriya zahirasining bakterial madaniyati BHI buloniga yoki № 2 ozuqaviy bulonga (CM007, Oksoid) inokulatsiya qilindi, bir kechada inkubatsiya qilindi, 13000 g da santrifüj qilindi va OD600 0,4 bo'lguncha MRDda qayta suspenziya qilindi. Madaniyat: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella NCTCoxy1, Lebsiella 10817, Listeria Maxsus bakteriyalar NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus suv osti gamburgeri NCTC 1621T, Salmonella NCTC74 bakteriya testi NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter xosti BA plitalarida mikroaerobik inkubatsiya qilingan va 37°C va to'xtatib turilgan. Sinov qilingan Campylobacter xostlari: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458NC, C. jejuni, C. PT14, C... MRDda hujayralarni to'plang, 13000g da santrifüj qiling va OD600 0,4 bo'lguncha MRDda qayta suspenziya qiling. 5 ml eritilgan NZCYM yuqori agariga (0,6% agar) 0,5 ml suspenziyadan alikvot qo'shing va uni 1,2% NZCYM li pastki plastinkaga quying. Quritgandan va quritgandan so'ng, ketma-ket suyultirilgan ASxL5T uch nusxada har bir maysazor taxtasida 20 µl tomchilar shaklida tarqatildi. Madaniyat harorati va atmosferasi sinov bakteriyalarining talablariga bog'liq.
Bakterial izolatlardan DNK tayyorlash uchun GenElute™ bakterial genomik DNK to'plamidan (Sigma Aldridge) foydalaning. Standart usullar 16S rRNK genini PCR bilan kuchaytirish va bo'yoqni tugatish kimyosi (Eurofins Value Read Service, Germaniya) yordamida mahsulot ketma-ketligini aniqlash uchun ishlatilgan. BLAST-N dasturidan ushbu ketma-ketliklarni boshqa 16S rRNK gen ketma-ketliklari bilan solishtirish uchun yaqin turlarni aniqlash va to'plash uchun foydalaning. Ular MEGA X dasturida ClustalW yordamida hizalanadi. Filogenetik daraxt MEGA X yordamida Tamura-Nei modeliga asoslangan maksimal ehtimollik usulidan foydalanib, 1000 ta boshqariladigan nusxalar bilan qayta tiklandi54. Butun genom ketma-ketligi uchun DNKni ajratib olish uchun PureLink™ Genomik DNK to'plamidan (Fisher Scientific, Loughborough, Buyuk Britaniya) foydalaning. ASxL5T genom ketma-ketligi Illumina MiSeq kombinatsiyasi yordamida aniqlandi, u Nextera markalash to'plamidan foydalangan holda tayyorlangan kutubxonadan va PacBio platformasidan 2 dan 20 kbgacha uzunlikdagi o'qishlardan tashkil topgan 250 bp ikki tomonlama o'qishlardan iborat. Sembia universitetining genomik DNK ketma-ketligi tadqiqot markazi. Genom CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Orxus, Daniya) yordamida yig'ilgan. ASxL5T madaniyatlari Milliy turdagi madaniyatlar to'plamida (Buyuk Britaniya) va Niderlandiya bakterial madaniyati to'plamida (NCCB) saqlanadi. Taqqoslash uchun ishlatiladigan tegishli organizmlarning genomlari quyidagilardir: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (kirish raqami HF680312, to'liq); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (ro'yxatdan o'tish raqami BMYY01000001, to'liq emas); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (qo'shilish raqami NZ_AUGV00000000, to'liq emas); Marinamonas jamoasi DSM 5604T (qo'shilgan ASM436330v1, to'liq emas), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (qo'shilgan MTSD02000001, to'liq emas) va Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 qo'shing, to'liq emas). JGI Genome Portal36 dan https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= dan foydalanib, moslashish ballini (AF) va o‘rtacha nuklein kislota identifikatorini (ANI) aniqlang. Juftlikda. Aminokislota identifikatorini (AAI) aniqlash uchun Rodriguez-R & Konstantinidis55 usuli ishlatilgan. Taxminiy maksimal ehtimollik filogenetik daraxtini yaratish uchun GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 dan foydalaning. Mavjud mos yozuvlar genomini ifodalovchi kirish genomi 16S rRNK filogeniyasidan ASxL5T bilan bogʻliqligi aniqlangan mos yozuvlar avlodlaridan tanlanadi. Interaktiv hayot daraxti onlayn vositasi (https://itol.embl.de/) yordamida daraxtga izoh qo'shing. ASxL5T genomining funktsional izohi va tahlili BlastKOALA KEGG onlayn vositasi yordamida KEGG (Kyoto Encyclopedia of Gens and Genomes) modulini boyitish taqsimoti yordamida amalga oshiriladi. COG toifalari (orfologik guruhlar) taqsimoti eggNOG-mapper onlayn vositasi yordamida aniqlanadi.
Peres, J., Moraleda-Muñoz, A., Markos-Torres, FJ va Muñoz-Dorado, J. Bakterial yirtqichlar: 75 yil va u davom etmoqda! . muhit. mikroorganizm. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. va boshqalar. Peru sohilidagi yirtqich bakteriyalarning xilma-xilligi va antibakterial salohiyati. Mart dorilari. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. va boshqalar. Ularning genlari orqali siz ularni tushunasiz: yirtqich bakteriyalarning genomik xususiyatlari. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE. Bdellovibrio bakteriofagining yirtqich turmush tarzi. o'rnatish. Pastor mikroblar. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Yirtqich bakteriyalardan antibiotiklar. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio va shunga o'xshash organizmlar turli xost populyatsiyalarida mikrobioma xilma-xilligining prognozi hisoblanadi. mikroorganizm. Ekologiya. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. va Balleste-Delpierre, C. Yangi antibakterial vositalarning hozirgi holatini o'rganing. klinik. mikroorganizm. Yuqtirish. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. va boshqalar. Fag va fagning ikki tomonlama yirtqichligi E. coli yirtqichlarini bitta yirtqichsiz yo'q qilishi mumkin. J. Bakteriyalar. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF. Erkin va organik tovuqlarning oziqlanish siklida ajratilgan Campylobacter va bakteriofaglarning soni va xilma-xilligi. Ilova muhiti. mikroorganizm. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA va boshqalar. Campylobacter cho'chqasining genomik taksonomiyasi va epidemiologiyasini yangilang. fan. Vakil 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Li, MD GToTree: Tizim genomikasi uchun foydalanuvchilarga qulay ish oqimi. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Vaqt va makon murakkabligini kamaytiradigan bir nechta ketma-ketlikni moslashtirish usuli. BMC biologik ma'lumotlar. 5, 113 (2004).
Capella-Gutierrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: keng miqyosli filogenetik tahlilda avtomatik tekislash va kesish uchun vosita. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC geni va metagenomik ketma-ketlikni tarjima qilishni boshlash saytini bashorat qilish. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: O'zaro platformalar va samarali NCBI tasnifi asboblar to'plami. Bio Rxiv. (2021-yil 1-iyunda kirish mumkin); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Narx, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-taxminan maksimal ehtimollik daraxti katta tekislash bilan. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU parallel. (2021-yil 1-iyunda kirish mumkin); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Genlar va genomlarning Kioto entsiklopediyasi. Nuklein kislotalarni o'rganish. 28, 27-30 (2000).
Chexiya, L. va boshqalar. Ektoin va gidroksyektoinning ekstremolitlarning stressdan himoya qiluvchi va ozuqa moddalari sifatida roli: genetika, tizim genomikasi, biokimyo va strukturaviy tahlil. Gen (Bazel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA. O'rta va uzoq zanjirli alkanlarning o'sishi jarayonida majburiy dengiz uglevodorodlarini parchalovchi bakteriya Thalassolituus oleivorans MIL-1 o'sishi jarayonida differensial oqsil ifodasi . old. mikroorganizm. 9, 3130 (2018 yil).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Koen, Y., Segev, E. va Jurkevich, E. Fenotipik-maxsus ko'rsatkichlarni aniqlash uchun yangi qiyosiy genomika usuli yirtqich bakteriyalar belgisida o'ziga xos merosni ochib beradi. Jamoat ilmiy kutubxonasi 1. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM va boshqalar Thalassolituus oleivorans geni. Noyabr, sp. nov., uglevodorodlardan foydalanishga ixtisoslashgan dengiz bakteriyalarining yangi turi. baynalmilallik. J. Tizim. evolyutsiya. mikroorganizm. 54, 141–148 (2004).
Vang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Noyabr, sp. Noyabr oyida u Tinch okeanining janubida aylanib yuruvchi dengiz suvidan ajralib chiqdi. baynalmilallik. J. Tizim. evolyutsiya. mikroorganizm. 66, 5010–5015 (2016).