Một loại vi khuẩn gram âm, hiếu khí, chịu mặn, hoạt động, hình que và săn mồi mới ASxL5T đã được phân lập từ một ao phân bò ở Nottinghamshire, Anh và sử dụng Campylobacter làm con mồi. Sau đó, các loài Campylobacter khác và các thành viên thuộc họ Enterobacteriaceae được phát hiện là con mồi. Sau khi cấy chuyền không có tế bào chủ, đạt được sự tăng trưởng vô trùng yếu trên Brain Heart Infusion Agar. Điều kiện tăng trưởng tối ưu là 37°C và độ pH là 7. Kính hiển vi điện tử truyền qua cho thấy một số đặc điểm hình thái rất bất thường liên quan đến sự sẵn có của con mồi. Phân tích phát sinh loài bằng cách sử dụng trình tự gen 16S rRNA chỉ ra rằng chủng phân lập này có liên quan đến một thành viên của họ Marine Spirulina, nhưng không thể phân loại rõ ràng là thành viên của bất kỳ chi nào đã biết. Trình tự toàn bộ bộ gen của ASxL5T đã xác nhận mối quan hệ với các thành viên của xoắn khuẩn biển. Một tìm kiếm cơ sở dữ liệu cho thấy một số ASxL5T có chung trình tự gen 16S rRNA với một số vi khuẩn không được nuôi cấy từ đại dương, mặt đất và nước ngầm. Chúng tôi cho rằng chủng ASxL5T đại diện cho một loài mới trong một chi mới. Chúng tôi khuyên bạn nên đặt tên gen Venatorbacter cucullus. Tháng 11, sp. Vào tháng 11, ASxL5T đã được sử dụng làm chủng điển hình.
Vi khuẩn săn mồi là vi khuẩn thể hiện khả năng săn lùng và tiêu diệt các vi khuẩn sống khác để lấy vật liệu và năng lượng sinh tổng hợp. Điều này khác với sự phục hồi chung các chất dinh dưỡng từ vi sinh vật đã chết và nó cũng khác với các tương tác ký sinh, trong đó vi khuẩn hình thành mối quan hệ chặt chẽ với vật chủ mà không giết chết chúng. Vi khuẩn săn mồi đã tiến hóa các vòng đời khác nhau để tận dụng nguồn thức ăn dồi dào trong các hốc nơi chúng được tìm thấy (chẳng hạn như môi trường sống ở biển). Chúng là một nhóm đa dạng về mặt phân loại, chỉ được kết nối bởi vòng đời khử trùng duy nhất của chúng1. Ví dụ về vi khuẩn săn mồi đã được tìm thấy ở một số ngành khác nhau, bao gồm: Proteobacteria, Bacteroides và Chlorella.3. Tuy nhiên, vi khuẩn săn mồi được nghiên cứu kỹ lưỡng nhất là các sinh vật Bdellovibrio và Bdellovibrio-and-like (BALOs4). Vi khuẩn săn mồi là nguồn cung cấp đầy hứa hẹn các hợp chất có hoạt tính sinh học và chất kháng khuẩn mới5.
Vi khuẩn săn mồi được cho là có tác dụng tăng cường sự đa dạng của vi sinh vật và có tác động tích cực đến sức khỏe, năng suất và sự ổn định của hệ sinh thái6. Bất chấp những đặc tính tích cực này, có rất ít nghiên cứu về vi khuẩn săn mồi mới do khó nuôi cấy vi khuẩn và cần phải quan sát cẩn thận các tương tác tế bào để hiểu vòng đời phức tạp của chúng. Thông tin này không dễ dàng có được từ phân tích máy tính.
Trong thời đại tình trạng kháng kháng sinh ngày càng gia tăng, các chiến lược mới nhằm nhắm mục tiêu mầm bệnh vi khuẩn đang được nghiên cứu, chẳng hạn như sử dụng thực khuẩn và vi khuẩn săn mồi7,8. Vi khuẩn ASxL5T được phân lập vào năm 2019 bằng công nghệ phân lập thể thực khuẩn từ phân bò được thu thập từ Trung tâm Sữa của Đại học Nottingham, Nottinghamshire. Mục đích của việc điều tra là để phân lập các sinh vật có tiềm năng làm tác nhân phòng trừ sinh học. Campylobacter hyointestinalis là một mầm bệnh lây từ động vật sang người, ngày càng liên quan đến các bệnh đường ruột ở người10. Nó có mặt khắp nơi trong huyết thanh và được sử dụng làm vật chủ đích.
Vi khuẩn ASxL5T được phân lập từ thạch thịt bò vì người ta quan sát thấy các mảng bám nó hình thành trên bãi cỏ của C. hyointestinalis tương tự như các mảng bám do vi khuẩn tạo ra. Đây là một phát hiện bất ngờ vì một phần của quá trình phân lập thể thực khuẩn bao gồm việc lọc qua bộ lọc 0,2 µm, được thiết kế để loại bỏ các tế bào vi khuẩn. Kiểm tra bằng kính hiển vi vật liệu chiết xuất từ ​​mảng bám cho thấy vi khuẩn hình que cong gram âm nhỏ không tích lũy polyhydroxybutyrate (PHB). Nuôi cấy vô trùng độc lập với tế bào con mồi được thực hiện trên môi trường đặc giàu dinh dưỡng (như thạch truyền tim não (BHI) và thạch máu (BA)), và sự phát triển của nó yếu. Nó thu được sau khi cấy chuyền với chất cấy nặng. Nó phát triển tốt như nhau trong điều kiện vi hiếu khí (7% v/v oxy) và oxy trong khí quyển, nhưng không phát triển trong môi trường kỵ khí. Sau 72 giờ, khuẩn lạc có đường kính rất nhỏ, đạt 2 mm, có màu be, mờ, tròn, lồi và sáng bóng. Thử nghiệm sinh hóa tiêu chuẩn bị cản trở vì ASxL5T không thể được nuôi cấy một cách đáng tin cậy trong môi trường lỏng, điều này cho thấy rằng nó có thể phụ thuộc vào vòng đời phức tạp của quá trình hình thành màng sinh học. Tuy nhiên, huyền phù đĩa cho thấy ASxL5T hiếu khí, dương tính với oxidase và catalase và có thể chịu được 5% NaCl. ASxL5T kháng với 10 µg streptomycin nhưng nhạy cảm với tất cả các loại kháng sinh khác được thử nghiệm. Các tế bào vi khuẩn ASxL5T được kiểm tra bằng TEM (Hình 1). Khi phát triển mà không có tế bào con mồi trên BA, tế bào ASxL5T là Campylobacter nhỏ, có chiều dài trung bình 1,63 μm (± 0,4), chiều rộng 0,37 μm (± 0,08) và một cực dài (lên đến 5 μm). Flagella tình dục. Khoảng 1,6% tế bào dường như có chiều rộng nhỏ hơn 0,2 μm, điều này sẽ cho phép đi qua thiết bị lọc. Một phần mở rộng cấu trúc bất thường đã được quan sát thấy trên đỉnh của một số tế bào, tương tự như một tấm chắn (cucullus trong tiếng Latinh) (xem các mũi tên trong hình 1D, E, G). Điều này dường như được tạo thành từ màng ngoài dư thừa, có thể là do kích thước của lớp vỏ ngoại chất giảm nhanh chóng, trong khi màng ngoài vẫn còn nguyên vẹn, cho thấy vẻ ngoài "lỏng lẻo". Nuôi cấy ASxL5T trong điều kiện không có chất dinh dưỡng (trong PBS) trong thời gian dài ở 4°C dẫn đến hầu hết (nhưng không phải tất cả) tế bào đều biểu hiện hình thái cầu khuẩn (Hình 1C). Khi ASxL5T phát triển với Campylobacter jejuni làm con mồi trong 48 giờ, kích thước tế bào trung bình dài hơn và hẹp hơn đáng kể so với các tế bào phát triển không có vật chủ (Bảng 1 và Hình 1E). Ngược lại, khi ASxL5T phát triển với E. coli làm con mồi trong 48 giờ, kích thước tế bào trung bình sẽ dài hơn và rộng hơn so với khi nó phát triển mà không có con mồi (Bảng 1) và chiều dài tế bào có thể thay đổi, thường có dạng sợi (Hình 1F). Khi được ủ với Campylobacter jejuni hoặc E. coli làm con mồi trong 48 giờ, các tế bào ASxL5T không có vi khuẩn tiên mao nào cả. Bảng 1 tóm tắt các quan sát về sự thay đổi kích thước tế bào dựa trên sự hiện diện, vắng mặt và loại con mồi của ASxL5T.
Màn hình TEM của ASx5LT: (A) ASx5LT hiển thị roi dài; (B) pin ASx5LT điển hình; (C) tế bào cocci ASx5LT sau thời gian dài ủ không có chất dinh dưỡng; (D) một nhóm tế bào ASx5LT cho thấy sự bất thường (E) Nhóm tế bào ASx5LT được ủ với con mồi Campylobacter cho thấy chiều dài tế bào tăng lên so với những tế bào không có con mồi phát triển (D) cũng cho thấy cấu trúc đỉnh; (F) Tiên mao dạng sợi lớn, tế bào ASx5LT, sau khi ủ với con mồi E. coli; (G) Một tế bào ASx5LT sau khi ủ với E. coli, cho thấy cấu trúc đỉnh bất thường. Thanh đại diện cho 1 m.
Việc xác định trình tự gen 16S rRNA (số đăng nhập MT636545.1) cho phép tìm kiếm cơ sở dữ liệu để thiết lập các trình tự tương tự như các trình tự trong lớp Gammaproteobacteria và gần nhất với vi khuẩn biển trong họ tảo xoắn biển (Hình 2) và là thành viên của chi Thalassolituus Họ hàng gần nhất với Marine Bacillus. Trình tự gen 16S rRNA khác biệt rõ ràng với vi khuẩn săn mồi thuộc họ Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). So sánh theo cặp giữa B. bacteriovorus HD100T (chủng loại, DSM 50701) và B. bacteriovorus DM11A là 48,4% và 47,7%, và đối với B. exovorus JSS là 46,7%. Vi khuẩn ASxL5T có 3 bản sao của gen 16S rRNA, trong đó có 2 bản sao giống hệt nhau và bản thứ 3 cách nhau 3 base. Hai chủng vi khuẩn săn mồi khác (ASx5S và ASx5O; số lượng gen 16S rRNA lần lượt là MT636546.1 và MT636547.1) có đặc điểm hình thái và kiểu hình tương tự từ cùng một vị trí, nhưng chúng khác với ASxL5T và vi khuẩn không được nuôi cấy. trình tự cơ sở dữ liệu được nhóm lại cùng với các chi khác trong Oceanopirillaceae (Hình 2). Toàn bộ trình tự bộ gen của ASxL5T đã được xác định và lưu trong cơ sở dữ liệu NCBI và số đăng nhập là CP046056. Bộ gen của ASxL5T bao gồm nhiễm sắc thể tròn có kích thước 2.831.152 bp với tỷ lệ G + C là 56,1%. Trình tự bộ gen chứa 2653 CDS (tổng cộng), trong đó 2567 được dự đoán sẽ mã hóa protein, trong đó 1596 có thể được chỉ định làm chức năng giả định (60,2%). Bộ gen chứa 67 gen mã hóa RNA, bao gồm 9 rRNA (3 rRNA cho mỗi loại 5S, 16S và 23S) và 57 tRNA. Các đặc điểm bộ gen của ASxL5T được so sánh với bộ gen có sẵn của các chủng thuộc loại họ hàng gần nhất được xác định từ trình tự gen 16S rRNA (Bảng 2). Sử dụng nhận dạng axit amin (AAI) để so sánh tất cả các bộ gen Thalassolituus có sẵn với ASxL5T. Trình tự bộ gen gần nhất (chưa hoàn chỉnh) được xác định bởi AAI là Thalassolituus sp. C2-1 (thêm NZ_VNIL01000001). Chủng này được phân lập từ trầm tích biển sâu của rãnh Mariana, nhưng hiện tại không có thông tin kiểu hình về chủng này để so sánh. So với 2,82 Mb của ASxL5T, bộ gen của sinh vật này lớn hơn ở mức 4,36 Mb. Kích thước bộ gen trung bình của xoắn khuẩn biển là khoảng 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 bộ gen tham chiếu hoàn chỉnh được nghiên cứu từ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), do đó bộ gen của ASxL5T phù hợp với order So với các thành viên khác thì khá nhỏ. Sử dụng GToTree 1.5.54 để tạo cây phát sinh gen có khả năng phát sinh gen tối đa ước tính dựa trên bộ gen (Hình 3A), sử dụng các chuỗi axit amin liên kết và liên kết của 172 gen sao chép đơn đặc trưng cho Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17, 18. Phân tích cho thấy nó có liên quan chặt chẽ với Thalassolituus, Vi khuẩn Plane và Vi khuẩn biển. Tuy nhiên, những dữ liệu này chỉ ra rằng ASxL5T khác với họ hàng của nó trong Marine Spirulina và dữ liệu trình tự bộ gen của nó có sẵn.
Cây phát sinh chủng loại sử dụng trình tự gen 16S rRNA làm nổi bật vị trí của các chủng ASxL5T, ASxO5 và ASxS5 (có ruột) so với các chủng vi khuẩn biển và vi khuẩn biển trong tảo Spirulinaceae biển. Số gia nhập Genbank theo sau tên chủng trong ngoặc đơn. Sử dụng ClustalW để căn chỉnh các trình tự, đồng thời sử dụng phương pháp khả năng tối đa và mô hình Tamura-Nei để suy ra các mối quan hệ phát sinh gen và thực hiện 1000 lần sao chép có hướng dẫn trong chương trình MEGA X. Số trên nhánh cho biết giá trị sao chép được hướng dẫn lớn hơn 50%. Escherichia coli U/541T được sử dụng làm nhóm ngoài.
(A) Cây phát sinh chủng loại dựa trên bộ gen, cho thấy mối quan hệ giữa vi khuẩn Spirospiraceae ở biển ASxL5T và họ hàng gần của nó, E. coli U 5/41T với tư cách là một nhóm bên ngoài. (B) So với T. oleivorans MIL-1T, sự phân bố loại chức năng của gen được dự đoán dựa trên cụm protein ASx5LT nhóm chỉnh hình (COG). Hình bên trái hiển thị số lượng gen trong từng loại COG chức năng trong mỗi bộ gen. Biểu đồ bên phải hiển thị tỷ lệ phần trăm bộ gen có trong mỗi nhóm COG chức năng. (C) So với T. oleiverans MIL-1T, phân tích lộ trình mô-đun KEGG (Bách khoa toàn thư về gen và bộ gen ở Kyoto) hoàn chỉnh của ASxL5T.
Việc sử dụng cơ sở dữ liệu KEGG để kiểm tra các gen thành phần có trong bộ gen ASxL5T đã tiết lộ con đường trao đổi chất điển hình của gamma hiếu khí Proteus. ASxL5T chứa tổng cộng 75 gen được gán cho protein vận động của vi khuẩn, bao gồm các gen liên quan đến hóa hướng động, tập hợp tiên mao và hệ thống fimbriae loại IV. Ở loại cuối cùng, 9 trong số 10 gen chịu trách nhiệm về chuyển động co giật của một loạt sinh vật khác. Bộ gen của ASxL5T chứa một con đường sinh tổng hợp tetrahydropyrimidine hoàn chỉnh tham gia vào phản ứng bảo vệ đối với stress thẩm thấu20, như mong đợi đối với cá ưa mặn. Bộ gen cũng chứa nhiều con đường hoàn chỉnh cho các đồng yếu tố và vitamin, bao gồm cả con đường tổng hợp riboflavin. Mặc dù gen ankan 1-monooxygenase (alkB2) có mặt trong ASxL5T, nhưng quá trình sử dụng hydrocarbon vẫn chưa hoàn chỉnh. Trong trình tự bộ gen của ASxL5T, rõ ràng là không có sự tương đồng của các gen được xác định là chịu trách nhiệm chính cho sự phân hủy hydrocarbon ở T. oleiverans MIL-1T21, chẳng hạn như TOL_2658 (alkB) và TOL_2772 (alcohol dehydrogenase). Hình 3B cho thấy sự so sánh về sự phân bố gen trong loại COG giữa ASxL5T và dầu ô liu MIL-1T. Nhìn chung, bộ gen ASxL5T nhỏ hơn chứa ít gen hơn từ mỗi loại COG so với bộ gen liên quan lớn hơn. Khi số lượng gen trong mỗi loại chức năng được biểu thị bằng phần trăm của bộ gen, sự khác biệt được ghi nhận ở tỷ lệ phần trăm gen trong dịch mã, cấu trúc ribosome và các loại sinh học cũng như các loại chức năng chuyển đổi và sản xuất năng lượng, tạo thành ASxL5T lớn hơn bộ gen Tỷ lệ phần trăm được so sánh với cùng một nhóm có trong bộ gen T. oleiverans MIL-1T. Ngược lại, so với bộ gen ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T có tỷ lệ gen trong các loại sao chép, tái tổ hợp và sửa chữa và phiên mã cao hơn. Điều thú vị là, sự khác biệt lớn nhất về nội dung của từng loại chức năng của hai bộ gen là số lượng gen chưa biết có trong ASxL5T (Hình 3B). Một phân tích phong phú về các mô-đun KEGG đã được thực hiện, trong đó mỗi mô-đun KEGG đại diện cho một tập hợp các đơn vị chức năng được xác định thủ công để chú thích và giải thích sinh học dữ liệu trình tự bộ gen. Việc so sánh sự phân bố gen trong con đường mô-đun KOG hoàn chỉnh của ASxL5T và ô liu MIL-1T được thể hiện trong Hình 3C. Phân tích này cho thấy rằng mặc dù ASxL5T có con đường trao đổi chất lưu huỳnh và nitơ hoàn chỉnh, nhưng T. oleiverans MIL-1T thì không. Ngược lại, T. oleiverans MIL-1T có con đường trao đổi chất cysteine ​​và methionine hoàn chỉnh, nhưng nó không hoàn chỉnh ở ASxL5T. Do đó, ASxL5T có một mô-đun đặc trưng cho quá trình đồng hóa sunfat (được định nghĩa là một tập hợp gen có thể được sử dụng làm dấu hiệu kiểu hình, chẳng hạn như khả năng trao đổi chất hoặc khả năng gây bệnh; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Ở T .oleiveran MIL-1T. So sánh hàm lượng gen của ASxL5T với danh sách các gen gợi ý lối sống săn mồi là không thuyết phục. Mặc dù gen waaL mã hóa ligase liên kết với polysaccharide kháng nguyên O vào lõi có mặt trong bộ gen ASxL5T (nhưng nó phổ biến ở nhiều vi khuẩn gram âm), gen tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) có thể bao gồm 60 amino các vùng axit thường thấy ở vi khuẩn săn mồi không có mặt. Không có gen đặc trưng săn mồi nào khác trong bộ gen ASxL5T, bao gồm cả những enzyme mã hóa liên quan đến sinh tổng hợp isoprenoid trong con đường mevalonate. Lưu ý rằng không có gen điều hòa phiên mã gntR trong nhóm động vật ăn thịt được kiểm tra, nhưng có thể xác định được ba gen giống gntR trong ASxL5T.
Các đặc điểm kiểu hình của ASxL5T được tóm tắt trong Bảng 3 và được so sánh với các đặc điểm kiểu hình của các chi liên quan 23, 24, 25, 26 và 27 được báo cáo trong tài liệu. Các chủng phân lập từ T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis và Oceanobacter kriegii là các thể hình que hoạt động, chịu mặn, dương tính với oxidase, nhưng hầu như không có đặc điểm kiểu hình nào khác với ASxL5T. Độ pH trung bình của đại dương là 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-cidification#section_77), được phản ánh ở T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis và O. kriegii. ASxL5T phù hợp với phạm vi pH lớn hơn (4-9) điển hình của các loài không phải sinh vật biển. Đặc điểm kiểu hình của Thalassolituus sp. C2-1. Không rõ. Phạm vi nhiệt độ tăng trưởng của ASxL5T nhìn chung rộng hơn so với các chủng vi khuẩn biển (4–42 °C), mặc dù một số (nhưng không phải tất cả) các chủng T. marinus phân lập đều có khả năng chịu nhiệt. Việc không thể phát triển ASxL5T trong môi trường nước canh đã ngăn cản việc mô tả thêm đặc điểm kiểu hình. Sử dụng API 20E để kiểm tra các vật liệu được cạo từ tấm BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, sử dụng citrate, urease, tryptophan deaminase, enzyme thủy phân gelatin, kết quả xét nghiệm đều âm tính, nhưng không có indole, acetoin và H2S đã được sản xuất. Carbohydrate chưa lên men bao gồm: glucose, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin và arabinose. So với các chủng tham chiếu có liên quan đã được công bố, đặc tính axit béo tế bào của chủng ASxL5T được thể hiện trong Bảng 4. Các axit béo tế bào chính là C16:1ω6c và/hoặc C16:1ω7c, C16:0 và C18:1ω9. Axit béo hydroxy C12:0 3-OH và C10:0 3-OH cũng tồn tại. Tỷ lệ C16:0 trong ASxL5T cao hơn giá trị được báo cáo của các chi liên quan. Ngược lại, so với T. marinus IMCC1826TT được báo cáo, tỷ lệ C18:1ω7c và/hoặc C18:1ω6c trong ASxL5T lại giảm. oleivorans MIL-1T và O. kriegii DSM 6294T, nhưng không được phát hiện ở B. sanyensis KCTC 32220T. So sánh cấu hình axit béo của ASxL5T và ASxLS cho thấy sự khác biệt tinh tế về lượng axit béo riêng lẻ giữa hai chủng, phù hợp với trình tự DNA bộ gen của cùng một loài. Không phát hiện thấy hạt poly-3-hydroxybutyrate (PHB) nào bằng thử nghiệm đen Sudan.
Hoạt động săn mồi của vi khuẩn ASxL5T được nghiên cứu để xác định phạm vi săn mồi. Vi khuẩn này có thể hình thành mảng bám trên các loài Campylobacter, bao gồm: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 và C. upsaliensis NCTC 11541T. Sử dụng các chủng cấy được liệt kê trong phần xác định phạm vi vật chủ của phương pháp để kiểm tra phạm vi vi khuẩn Gram âm và Gram dương rộng hơn. Kết quả cho thấy ASxL5T cũng có thể được sử dụng trong Escherichia coli NCTC 86 và Citrobacter freundii NCTC 9750T. Các mảng hình thành trên Klebsiella oxytoca 11466. Tương tác TEM với E. coli NCTC 86 được thể hiện trong Hình 4A-D, và sự tương tác với Campylobacter jejuni PT14 và Campylobacter suis S12 được thể hiện trong Hình 4E-H ở giữa. Cơ chế tấn công dường như khác nhau giữa các loại con mồi được thử nghiệm, với một hoặc nhiều tế bào E. coli được gắn vào mỗi tế bào ASxL5T và được định vị dọc theo tế bào mở rộng trước khi bị hấp phụ. Ngược lại, ASxL5T dường như gắn vào Campylobacter thông qua một điểm tiếp xúc duy nhất, thường tiếp xúc với đỉnh của tế bào săn mồi và gần đỉnh của tế bào Campylobacter (Hình 4H).
TEM cho thấy sự tương tác giữa ASx5LT và con mồi: (AD) và con mồi E. coli; (EH) và con mồi C. jejuni. (A) Một tế bào ASx5LT điển hình được kết nối với một tế bào E. coli (EC); (B) ASx5LT dạng sợi được gắn vào một ô EC; (C) Một tế bào ASx5LT dạng sợi được kết nối với nhiều tế bào EC; (D) Tệp đính kèm Các ô ASx5LT nhỏ hơn trên một ô E. coli (EC); (E) một tế bào ASx5LT duy nhất được kết nối với một tế bào Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT tấn công tế bào C. hyointestinalis (CH); (G) hai ô Một ASx5LT đã tấn công một ô CJ; (H) Ảnh cận cảnh của điểm gắn ASx5LT, gần đỉnh của ô CJ (thanh 0,2 μm). Thanh đại diện cho 1 μm trong (A G G).
Vi khuẩn săn mồi đã tiến hóa để tận dụng nguồn con mồi dồi dào. Rõ ràng, chúng có mặt rộng rãi ở nhiều môi trường khác nhau. Do quy mô quần thể hẹp nên có thể phân lập vi khuẩn ASxL5T khỏi bùn bằng phương pháp tách phage. Mối liên quan về bộ gen của ASxL5T với các thành viên thuộc họ vi khuẩn biển Oceanospirrillaceae là đáng ngạc nhiên, mặc dù sinh vật này có khả năng chịu mặn và có thể phát triển trên môi trường chứa 5% muối. Phân tích chất lượng nước của bùn cho thấy hàm lượng natri clorua nhỏ hơn 0,1%. Vì vậy, bùn cách xa môi trường biển cả về mặt địa lý lẫn hóa học. Sự hiện diện của ba chủng phân lập có liên quan nhưng khác nhau từ cùng một nguồn cung cấp bằng chứng cho thấy những kẻ săn mồi này đang phát triển mạnh trong môi trường phi biển này. Ngoài ra, phân tích hệ vi sinh vật (các tệp dữ liệu có sẵn từ https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) cho thấy trình tự gen 16S rRNA tương tự nằm trong top 50 đơn vị phân loại hoạt động phong phú nhất (OTU). ) Trong một vài khoảng thời gian lấy mẫu bùn. Một số vi khuẩn chưa được nuôi cấy đã được tìm thấy trong cơ sở dữ liệu Genbank, có trình tự gen 16S rRNA tương tự như vi khuẩn ASxL5T. Các trình tự này, cùng với các trình tự ASxL5T, ASxS5 và ASxO5, dường như đại diện cho các nhánh khác nhau được tách ra khỏi Thalassolituus và Oceanobacter (Hình 2). Ba loại vi khuẩn không được nuôi cấy (GQ921362, GQ921357 và GQ921396) được phân lập từ nước khe nứt ở độ sâu 1,3 km tại mỏ vàng Nam Phi năm 2009, và hai loại còn lại (DQ256320 và DQ337006) là từ nước ngầm (cũng ở Nam Phi). vào năm 2005). Trình tự gen 16S rRNA có liên quan chặt chẽ nhất với ASxL5T là một phần của trình tự gen 16S rRNA thu được từ quá trình nuôi cấy làm giàu trầm tích cát thu được từ các bãi biển phía bắc nước Pháp năm 2006 (số gia nhập AM29240828). Một trình tự gen 16S rRNA có liên quan chặt chẽ khác từ vi khuẩn chưa được nuôi cấy HQ183822.1 được lấy từ bể thu gom được lọc từ bãi rác thành phố ở Trung Quốc. Rõ ràng, vi khuẩn ASxL5T không có tính đại diện cao trong cơ sở dữ liệu phân loại, nhưng những trình tự này từ vi khuẩn không được nuôi cấy có khả năng đại diện cho các sinh vật tương tự ASxL5T, được phân bố trên toàn thế giới, thường là trong các môi trường đầy thách thức. Từ toàn bộ phân tích phát sinh gen của bộ gen, họ hàng gần nhất với ASxL5T là Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Và O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus là thành viên của vi khuẩn phân mảnh hydrocarbon bắt buộc ở biển (OHCB), phổ biến rộng rãi trong môi trường biển và trên cạn và thường trở nên chiếm ưu thế sau các sự cố ô nhiễm hydrocarbon30,31. Vi khuẩn biển không thuộc nhóm OHCB nhưng được phân lập từ môi trường biển.
Dữ liệu kiểu hình chỉ ra rằng ASxL5T là một loài mới và là thành viên của một chi trước đây chưa được công nhận trong họ spirospiraceae ở biển. Hiện chưa có tiêu chuẩn rõ ràng để phân loại các chủng mới phân lập vào chi mới. Các nỗ lực đã được thực hiện để xác định ranh giới các chi phổ biến, ví dụ, dựa trên tỷ lệ phần trăm bộ gen của protein bảo thủ (POCP), người ta khuyến nghị rằng giá trị giới hạn giống 50% với chủng tham chiếu33. Những người khác đề xuất sử dụng các giá trị AAI, có lợi thế hơn POCP vì chúng có thể thu được từ các bộ gen chưa hoàn chỉnh34. Tác giả cho rằng nếu giá trị AAI nhỏ hơn 74% so với chủng mô hình của loài mô hình thì chủng đó là đại diện của một chi khác. Chi mô hình trong họ tảo biển biển là tảo xoắn biển và chủng mô hình là O. linum ATCC 11336T. Giá trị AAI giữa ASxL5T và O. linum ATCC 11336T là 54,34% và giá trị AAI giữa ASxL5T và T. oleivorans MIL-1T (chủng loại chi) là 67,61%, cho thấy ASxL5T đại diện cho một chi mới khác với Thalassolituus. Sử dụng trình tự gen 16S rRNA làm tiêu chuẩn phân loại, ranh giới phân định chi được đề xuất là 94,5%35. ASxL5T có thể được đặt trong chi Thalassolituus, thể hiện 95,03% trình tự 16S rRNA giống với T. oleivorans MIL-1T và 96,17%. bến tàu IMCC1826T. Tuy nhiên, nó cũng sẽ được xếp vào chi Bacteroides có 94,64% gen 16S rRNA giống với B. sanyensis NV9, cho thấy rằng việc sử dụng một gen duy nhất như gen 16S rRNA có thể dẫn đến việc phân loại và chỉ định tùy ý. Một phương pháp được đề xuất khác sử dụng ANI và Điểm sắp xếp bộ gen (AF) để kiểm tra việc phân cụm các điểm dữ liệu từ tất cả các loại và các chủng không thuộc loại của các chi hiện có. Tác giả khuyến nghị kết hợp ranh giới chi với điểm uốn của chi ước tính cụ thể cho đơn vị phân loại đang được phân tích. Tuy nhiên, nếu không có đủ trình tự bộ gen hoàn chỉnh từ các chủng Thalassolituus phân lập thì không thể xác định liệu ASxL5T có thuộc chi Thalassolituus hay không bằng phương pháp này. Do sự sẵn có hạn chế của trình tự bộ gen hoàn chỉnh để phân tích, toàn bộ cây phát sinh gen của bộ gen cần được giải thích một cách thận trọng. Thứ hai, các phương pháp so sánh toàn bộ bộ gen không thể giải thích được sự khác biệt đáng kể về kích thước của bộ gen được so sánh. Họ đã đo lường sự giống nhau của các gen sao chép đơn cốt lõi được bảo tồn giữa các chi liên quan, nhưng không tính đến số lượng lớn gen không có trong bộ gen nhỏ hơn nhiều của ASxL5T. Rõ ràng, ASxL5T và các nhóm bao gồm Thalassolituus, Oceanobacter và Bacterioplanes có một tổ tiên chung, nhưng quá trình tiến hóa đã đi theo một con đường khác, dẫn đến sự suy giảm bộ gen, có thể là để thích nghi với lối sống săn mồi. Điều này trái ngược với T. oleivorans MIL-1T, lớn hơn 28% và đã phát triển dưới các áp lực môi trường khác nhau để sử dụng hydrocarbon23,30. Một sự so sánh thú vị có thể được thực hiện với các ký sinh trùng nội bào bắt buộc và các loài cộng sinh, chẳng hạn như Rickettsia, Chlamydia và Buchnera. Kích thước bộ gen của chúng là khoảng 1 Mb. Khả năng sử dụng các chất chuyển hóa của tế bào chủ dẫn đến mất gen, do đó đã trải qua quá trình suy thoái bộ gen tiến hóa đáng kể. Những thay đổi tiến hóa từ các sinh vật dinh dưỡng hóa học biển sang lối sống săn mồi có thể dẫn đến sự giảm kích thước bộ gen tương tự. Phân tích COG và KEGG nêu bật số lượng gen được sử dụng cho các chức năng cụ thể và sự khác biệt toàn cầu trong quá trình di truyền giữa ASxL5T và T. oleivorans MIL-1T, điều này không phải do sự phổ biến rộng rãi của các yếu tố di truyền di động. Sự khác biệt về tỷ lệ G + C của toàn bộ bộ gen của ASxL5T là 56,1% và của T. oleivorans MIL-1T là 46,6%, điều này cũng cho thấy rằng nó được phân tách.
Việc kiểm tra nội dung mã hóa của bộ gen ASxL5T cung cấp những hiểu biết sâu sắc về chức năng về các đặc điểm kiểu hình. Sự hiện diện của các gen mã hóa fimbriae loại IV (Tfp) được đặc biệt quan tâm vì chúng thúc đẩy sự di chuyển của tế bào, được gọi là sự trượt xã hội hoặc co giật, không có roi trên bề mặt. Theo báo cáo, Tfp có các chức năng khác, bao gồm săn mồi, sinh bệnh học, hình thành màng sinh học, hấp thu DNA tự nhiên, tổng hợp và phát triển tế bào tự động38. Bộ gen ASxL5T chứa 18 gen mã hóa diguanylate cyclase (một loại enzyme xúc tác quá trình chuyển đổi 2 guanosine triphosphate thành guanosine 2 phosphate và cycl diGMP) và 6 gen mã hóa diguanylate cyclase phosphate diguanylate tương ứng. Gen esterase (xúc tác sự thoái biến của di-GMP tuần hoàn thành guanosine monophosphate) rất thú vị vì cycl-di-GMP là chất truyền tin thứ hai quan trọng liên quan đến sự phát triển và phân tách, di chuyển, gắn tế bào và độc lực của màng sinh học trong quá trình này. Cũng cần lưu ý rằng ở Bdellovibrio bacteriovorus, GMP kép theo chu kỳ đã được chứng minh là có tác dụng kiểm soát quá trình chuyển đổi giữa lối sống tự do và lối sống săn mồi41.
Hầu hết các nghiên cứu về vi khuẩn săn mồi đều tập trung vào Bdellovibrio, các sinh vật giống Bdellovibrio và các loài Myxococcus. Những ví dụ này và những ví dụ khác đã biết về vi khuẩn săn mồi tạo thành một nhóm đa dạng. Bất chấp sự đa dạng này, một tập hợp các họ protein đặc trưng phản ánh kiểu hình của 11 loại vi khuẩn săn mồi đã biết đã được xác định3,22. Tuy nhiên, người ta chỉ xác định được các gen mã hóa kháng nguyên O ligase (waaL), đặc biệt phổ biến ở vi khuẩn gram âm. Hình thức phân tích này không hữu ích trong việc chỉ định ASxL5T là kẻ săn mồi, có thể vì nó sử dụng chiến lược tấn công mới. Sự sẵn có của các bộ gen vi khuẩn săn mồi đa dạng hơn sẽ giúp phát triển các phân tích có độ phân giải tốt hơn, có tính đến bằng chứng về sự khác biệt về chức năng và môi trường giữa các thành viên trong nhóm. Ví dụ về vi khuẩn săn mồi không được đưa vào phân tích này bao gồm các thành viên của Cupriavidus necator42 và Bradymonabacteria43, bởi vì khi các nhà nghiên cứu điều tra các cộng đồng vi sinh vật khác nhau, nhiều loài săn mồi hơn được thiết lập.
Đặc điểm đáng chú ý nhất của vi khuẩn ASxL5T được chụp bởi ảnh TEM là hình thái độc đáo và linh hoạt, có thể thúc đẩy sự tương tác với vi khuẩn con mồi. Loại tương tác được quan sát thấy khác với các loại vi khuẩn săn mồi khác và chưa được phát hiện hoặc báo cáo trước đó. Vòng đời săn mồi ASxL5T được đề xuất được hiển thị trong Hình 5. Có một số ví dụ trong tài liệu có cấu trúc đỉnh tương tự như chúng tôi báo cáo ở đây, nhưng những ví dụ này bao gồm Terasakiispira papahanaumokuakeensis, một loại vi khuẩn xoắn khuẩn biển thỉnh thoảng mở rộng đỉnh 44 và Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , trước đây thuộc chi Oceanospirillum, trưng bày Cái gọi là "màng cực" 45. Hình thức cầu khuẩn thường được quan sát thấy ở các nền văn hóa cũ, đặc biệt đối với các vi khuẩn có dạng cong, chẳng hạn như Vibrio, Campylobacter và Helicobacter 46, 47, 48, có thể biểu hiện trạng thái thoái hóa. Cần nghiên cứu thêm để làm rõ vòng đời chính xác của vi khuẩn ASxL5T. Để xác định cách nó bắt và săn mồi cũng như liệu bộ gen của nó có mã hóa các hợp chất có hoạt tính sinh học có thể được sử dụng cho mục đích y tế hoặc công nghệ sinh học hay không.
Mô tả gen Venatorbacter. Tháng 11 Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. bao gồm các venator từ L. n. venator, 'hunter' và Gr. n. bacter, 'a rod'. Venatorbacter, 'a Hunting Rod' Tế bào hiếu khí, chịu mặn, nhuộm Gram âm, hoạt tính Catalase và oxidase không tích lũy ở nhiệt độ từ 4 đến 42 °C. 4-9 là không phổ biến ở ốc biển, hầu hết đều không dung nạp được độ pH axit. Các axit béo chính là C16:1ω6c và/hoặc C16:1ω7c, C16:0 và C18:1ω9 ; 3-OH được tìm thấy dưới dạng axit béo hydroxy Chúng không phát triển trong môi trường nước canh. Hàm lượng DNA G + C là 56,1 mol. đối với Campylobacter Và hành vi săn mồi của các thành viên trong họ Enterobacteriaceae. Vị trí phát sinh gen của chi này là trong họ.
Mô tả của Venatorbacter cucullus sp. Tháng 11 Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus có nghĩa là fairing).
Ngoài ra, đặc điểm mô tả của chi này là khi trồng trên môi trường BA hoặc BHI, tế bào dài 1,63 µm và rộng 0,37 µm. Các khuẩn lạc trên thạch BHI rất nhỏ, đạt đường kính 2 mm sau 72 giờ. Chúng có màu be, mờ, tròn, lồi và sáng bóng. Các thành viên của loài này có thể sử dụng Escherichia coli và Klebsiella. Campylobacter và một số vi khuẩn gram âm khác đóng vai trò là con mồi.
Chủng ASxL5T điển hình đã được phân lập từ sữa bò ở Nottinghamshire, Vương quốc Anh và được gửi vào Bộ sưu tập Văn hóa Loại Quốc gia (Anh): số đăng nhập NCTC 14397 và số đăng nhập của Bộ sưu tập Văn hóa Vi khuẩn Hà Lan (NCCB) NCCB 100775. Trình tự bộ gen hoàn chỉnh của ASxL5T đã được gửi vào Genbank theo bổ sung CP046056.
Vi khuẩn ASxL5T được phân lập từ sữa bò bằng công nghệ phân lập thể thực khuẩn9,49. Huyền phù đặc được pha loãng theo tỷ lệ 1:9 (w/v) trong dung dịch đệm SM (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], NaCl 0,1 M, 8 mM MgSO4.7H2O và 0,01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Sau đó ủ ở 4°C trong 24 giờ, quay chậm để rửa giải các động vật ăn thịt vào đệm. Huyền phù được ly tâm ở 3000g trong 3 phút. Chất nổi phía trên được thu thập và ly tâm ở mức 13.000 g lần thứ hai trong 5 phút. Sau đó, chất nổi phía trên được đưa qua bộ lọc màng 0,45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Đức) và bộ lọc màng 0,2 µm (Minisart) để loại bỏ mọi tế bào vi khuẩn còn sót lại. ASxL5T có thể vượt qua các bộ lọc này. Một bãi thạch mềm chứa Campylobacter enterosus S12 (số gia nhập NCBI CP040464) từ cùng một loại bùn đã được chuẩn bị bằng cách sử dụng các kỹ thuật tiêu chuẩn. Huyền phù đặc đã lọc được phân bố trên mỗi tấm tế bào chủ này thành 10 µl giọt ba lần và để khô. Đĩa được ủ trong bể vi hiếu khí ở 37°C trong 48 giờ trong điều kiện vi hiếu khí (5% O2, 5% H2, 10% CO2 và 80% N2). Mảng bám nhìn thấy được được chiết vào đệm SM và chuyển đến bãi cỏ tươi của C. hyointestinalis S12 để tiếp tục nhân giống các sinh vật bị ly giải. Một khi đã xác định được rằng vi khuẩn là nguyên nhân gây ra mảng bám chứ không phải thể thực khuẩn, hãy cố gắng phát triển sinh vật độc lập với vật chủ và xác định thêm đặc điểm của nó. Nuôi cấy hiếu khí được thực hiện ở 37 ° C với máu ngựa đã khử 5% v/v (TCS Bioscatics Lt, Buckingham, UK, phần bổ sung). Theo hướng dẫn của Ủy ban Tiêu chuẩn Lâm sàng Quốc gia, phương pháp khuếch tán đĩa được sử dụng để kiểm tra độ nhạy cảm với kháng khuẩn. Thạch BHI được nuôi cấy ở 37°C bằng cách sử dụng đĩa chứa các loại kháng sinh (Oxoid) sau đây để nuôi cấy hiếu khí: amoxicillin và axit clavulanic 30 µg; cefotaxim 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Axit nalidixic 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; cloramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg ; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25µg. Khả năng chịu mặn được thiết lập bằng cách ủ hiếu khí trên đĩa thạch BHI ở 37°C. NaCl bổ sung được thêm vào các đĩa thạch BHI để tạo ra khoảng nồng độ lên tới 10% w/v. Khoảng pH được xác định bằng nuôi cấy hiếu khí trên đĩa thạch BHI ở 37°C, trong đó khoảng pH được điều chỉnh trong khoảng từ 4 đến 9 bằng HCl vô trùng hoặc NaOH vô trùng và giá trị pH mục tiêu được xác minh trước khi đổ đĩa. Để phân tích axit béo tế bào, ASxL5T được nuôi cấy trên môi trường thạch BHI trong 3 ngày và hiếu khí ở 37°C. Theo giao thức chuẩn MIDI (Hệ thống nhận dạng vi khuẩn Sherlock, phiên bản 6.10) của FERA Science Ltd, (York, Vương quốc Anh), axit béo tế bào được chiết xuất, điều chế và phân tích.
Đối với TEM, ASxL5T được nuôi cấy hiếu khí bằng cách trải đều trên BA ở 37°C trong 24 giờ, sau đó được thu hoạch thành 1 ml glutaraldehyde 3% (v/v) trong đệm cacodylate 0,1 M ở nhiệt độ phòng. Cố định trong 1 giờ, sau đó ly tâm. ở mức 10.000 g trong 3 phút. Sau đó nhẹ nhàng hòa lại viên này trong dung dịch đệm cacodylate 600 μl 0,1 M. Chuyển hệ thống treo ASxL5T cố định sang màng Formvar/carbon trên lưới đồng 200 lưới. Vi khuẩn được nhuộm bằng uranyl acetate 0,5% (w/v) trong 1 phút và được kiểm tra bằng TEM bằng kính hiển vi TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Như đã đề cập ở trên, kết hợp cùng số lượng con mồi và động vật ăn thịt trong môi trường NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) và ủ trong 48 giờ trong điều kiện vi hiếu khí của Campylobacter hoặc Campylobacter ở 37°C. cũng đã được TEM kiểm tra. Điều kiện hiếu khí của Escherichia coli. Kiểm tra độc lập con mồi và vi khuẩn săn mồi để xác định bất kỳ thay đổi nào về hình thái tế bào do bị săn mồi. Phương pháp đen Sudan được sử dụng cho kính hiển vi quang học tích lũy PHB.
Nuôi cấy ASxL5T qua đêm bằng cách bôi lên đĩa BHI hoặc BA bằng tăm bông vô trùng. Thu thập các tế bào ASxL5T và huyền phù chúng trong MRD (CM0733, Oxoid), sau đó đặt chúng ở 4°C trong 7 ngày để làm chết tế bào. Môi trường nuôi cấy vi khuẩn dự trữ trong phòng thí nghiệm hoặc tham chiếu NCTC được cấy vào môi trường canh thang BHI hoặc môi trường canh thang dinh dưỡng số 2 (CM007, Oxoid), ủ qua đêm, ly tâm ở mức 13.000 g và tái huyền phù trong MRD cho đến khi OD600 là 0,4. Nuôi cấy: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Listeria Vi khuẩn đặc biệt NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, bánh hamburger tàu ngầm Rhodococcus NCTC 1621T, vi khuẩn đường ruột Salmonella Mondeville NCTC 5747, chất nhầy NCTC 10861, Staphylococcus Aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enteratioitica NCTC 10460. Vật chủ Campylobacter được ủ vi sinh hiếu khí trên các đĩa BA ở 37°C và lơ lửng trong canh thang NZCYM. Các vật chủ Campylobacter được thử nghiệm là: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14 , C... Thu tế bào ở MRD, ly tâm ở mức 13.000g và phân tán lại ở MRD cho đến khi OD600 là 0,4. Thêm một lượng 0,5 ml huyền phù vào 5 ml thạch NZCYM tan chảy (thạch 0,6%) và đổ lên đĩa đáy NZCYM 1,2%. Sau khi đóng rắn và làm khô, ASxL5T được pha loãng theo thứ tự được phân phối ba lần dưới dạng 20 µl giọt trên mỗi tấm thảm cỏ. Nhiệt độ và không khí nuôi cấy phụ thuộc vào yêu cầu của vi khuẩn thử nghiệm.
Sử dụng Bộ DNA bộ gen vi khuẩn GenElute™ (Sigma Aldridge) để chuẩn bị DNA từ các chủng vi khuẩn phân lập. Các phương pháp tiêu chuẩn đã được sử dụng để khuếch đại PCR gen 16S rRNA và xác định trình tự sản phẩm bằng cách sử dụng hóa chất kết thúc thuốc nhuộm (Dịch vụ đọc giá trị Eurofins, Đức). Sử dụng chương trình BLAST-N để so sánh các trình tự này với các trình tự gen 16S rRNA khác nhằm xác định và thu thập các loài có quan hệ gần gũi. Chúng được căn chỉnh bằng ClustalW trong chương trình MEGA X. Cây phát sinh gen được xây dựng lại bằng MEGA X bằng phương pháp khả năng tối đa dựa trên mô hình Tamura-Nei, với 1000 bản sao được hướng dẫn54. Sử dụng Bộ DNA bộ gen PureLink™ (Fisher Scientific, Loughborough, Vương quốc Anh) để trích xuất DNA để giải trình tự toàn bộ bộ gen. Trình tự bộ gen của ASxL5T được xác định bằng cách sử dụng kết hợp Illumina MiSeq, bao gồm 250 bp lượt đọc hai đầu bao gồm một thư viện được chuẩn bị bằng bộ nhãn Nextera và các lượt đọc dài từ 2 đến 20 kb từ nền tảng PacBio. Cơ sở nghiên cứu trình tự DNA bộ gen tại Đại học Sembia. Bộ gen được tập hợp bằng CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Đan Mạch). Các nền văn hóa ASxL5T được lưu giữ trong Bộ sưu tập văn hóa loại quốc gia (Anh) và Bộ sưu tập văn hóa vi khuẩn Hà Lan (NCCB). Bộ gen của các sinh vật liên quan được sử dụng để so sánh là: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (số đăng nhập HF680312, đầy đủ); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (số gia nhập BMYY01000001, chưa đầy đủ); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (số gia nhập NZ_AUGV00000000, chưa đầy đủ); Cộng đồng Marinamonas DSM 5604T (đã thêm ASM436330v1, chưa đầy đủ), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (đã thêm MTSD02000001, chưa đầy đủ) và Thalassolituus sp. C2-1 (thêm NZ_VNIL01000001, chưa đầy đủ). Sử dụng JGI Genome Portal36 tại https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= để xác định điểm căn chỉnh (AF) và nhận dạng axit nucleic trung bình (ANI). Theo cặp. Phương pháp của Rodriguez-R & Konstantinidis55 đã được sử dụng để xác định danh tính axit amin (AAI). Sử dụng GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 để tạo cây phát sinh gen có khả năng tối đa ước tính. Bộ gen đầu vào đại diện cho bộ gen tham chiếu sẵn có được chọn từ các giống tham chiếu được xác định là có liên quan đến ASxL5T từ bộ phát sinh chủng loại 16S rRNA. Chú thích cây bằng công cụ tương tác trực tuyến về cây sự sống (https://itol.embl.de/). Việc chú thích và phân tích chức năng của bộ gen ASxL5T được thực hiện bằng công cụ trực tuyến BlastKOALA KEGG bằng cách sử dụng phân phối làm giàu mô-đun KEGG (Từ điển bách khoa toàn thư về gen và bộ gen của Kyoto). Việc phân phối các danh mục COG (nhóm chỉnh hình) được xác định bằng cách sử dụng công cụ trực tuyến eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ và Muñoz-Dorado, J. Sự ăn thịt của vi khuẩn: 75 năm và nó vẫn tiếp tục! . môi trường. vi sinh vật. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. v.v. Sự đa dạng và khả năng kháng khuẩn của vi khuẩn săn mồi trên bờ biển Peru. Thuốc tháng ba. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. và cộng sự. Thông qua gen của chúng, bạn sẽ hiểu được chúng: đặc điểm gen của vi khuẩn săn mồi. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Lối sống săn mồi của thực khuẩn Bdellovibrio. cài đặt. Mục sư vi khuẩn. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Thuốc kháng sinh từ vi khuẩn săn mồi. Beilstein J. Mô hóa học 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio và các sinh vật tương tự là những yếu tố dự báo về sự đa dạng hệ vi sinh vật ở các quần thể vật chủ khác nhau. vi sinh vật. Sinh thái. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. và Ballesté-Delpierre, C. Khám phá hiện trạng của các chất kháng khuẩn mới. lâm sàng. vi sinh vật. Lây nhiễm. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. và cộng sự. Sự săn mồi kép của thể thực khuẩn và thể thực khuẩn có thể tiêu diệt con mồi E. coli mà không cần một sự săn mồi nào. J. Vi khuẩn. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Số lượng và tính đa dạng của Campylobacter và thể thực khuẩn được phân lập trong chu kỳ cho ăn của gà thả rông và gà hữu cơ. Môi trường ứng dụng. vi sinh vật. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA, v.v. Cập nhật phân loại gen và dịch tễ học của Campylobacter lợn. khoa học. Đại diện 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Quy trình làm việc thân thiện với người dùng đối với hệ gen hệ thống. Tin sinh học 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Một phương pháp căn chỉnh nhiều chuỗi giúp giảm độ phức tạp về thời gian và không gian. Thông tin sinh học BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Một công cụ để căn chỉnh và cắt tỉa tự động trong phân tích phát sinh gen quy mô lớn. Tin sinh học 25, 1972–1973 (2009).
Dự đoán địa điểm bắt đầu dịch mã trình tự metagenomic và Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher. Tin sinh học 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Bộ công cụ phân loại NCBI đa nền tảng và hiệu quả. Bio Rxiv. (Truy cập vào ngày 1 tháng 6 năm 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-cây có khả năng tối đa gần đúng với căn chỉnh lớn. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU song song. (Truy cập vào ngày 1 tháng 6 năm 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Bách khoa toàn thư về gen và bộ gen ở Kyoto. Nghiên cứu axit nucleic. 28, 27-30 (2000).
Cộng hòa Séc, L. v.v. Vai trò của extremolytes ectoine và hydroxyectoine như chất bảo vệ căng thẳng và chất dinh dưỡng: di truyền, gen hệ thống, hóa sinh và phân tích cấu trúc. Gen (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Biểu hiện protein khác biệt trong quá trình phát triển của vi khuẩn phân hủy hydrocarbon biển bắt buộc Thalassolituus oleivorans MIL-1 trong quá trình phát triển của ankan chuỗi trung bình và dài. đằng trước. vi sinh vật. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E. và Jurkevitch, E. Một phương pháp genom so sánh mới để xác định các chỉ số đặc trưng về kiểu hình cho thấy sự di truyền cụ thể ở dấu hiệu vi khuẩn săn mồi. Thư viện khoa học công cộng số 1. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, v.v. Gen Thalassolituus oleivorans. Tháng 11, sp. nov., một loại vi khuẩn biển mới chuyên sử dụng hydrocarbon. tính quốc tế. J. Hệ thống. sự tiến hóa. vi sinh vật. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Tháng 11, sp. Vào tháng 11, nó tách khỏi dòng nước biển lưu thông ở Nam Thái Bình Dương. tính quốc tế. J. Hệ thống. sự tiến hóa. vi sinh vật. 66, 5010–5015 (2016).