א נייַע טיפּ פון גראַם-נעגאַטיוו, עראָוביק, זאַלץ-טאָלעראַנט, אַקטיוו, רוט-שייפּט און באַפאַלעריש באַקטיריאַ ASxL5T איז אפגעזונדערט פון אַ קו מיסט סטאַוו אין נאָטטינגהאַמשירע, ענגלאַנד, און געוויינט קאַמפּילאָבאַקטער ווי זיין רויב. דערנאָך, אנדערע קאַמפּילאָבאַקטער מינים און מיטגלידער פון די Enterobacteriaceae משפּחה זענען דיסקאַווערד ווי רויב. נאָך סאַבקאַלטשער אָן באַלעבאָס סעלז, אַ שוואַך אַסעפּטיק גראָוט איז אַטשיווד אויף בראַין הארץ ינפיוזשאַן אַגאַר. די אָפּטימאַל וווּקס טנאָים זענען 37 °C און ף איז 7. טראַנסמיסיע עלעקטראָן מיקראָסקאָפּי אנטפלעקט עטלעכע זייער ומגעוויינטלעך מאָרפאַלאַדזשיקאַל פֿעיִקייטן שייַכות צו די אַוויילאַבילאַטי פון רויב. פילאָגענעטיק אַנאַליסיס ניצן די 16S rRNA דזשין סיקוואַנס ינדיקייץ אַז די יזאָלאַטע איז שייך צו אַ מיטגליד פון דער מאַרינע ספּירולינאַ משפּחה, אָבער קענען ניט זיין קלאר קלאַסאַפייד ווי אַ מיטגליד פון קיין באַוווסט מין. גאַנץ דזשינאָום סיקוואַנסינג פון ASxL5T באשטעטיקט די שייכות מיט מיטגלידער פון די מאַרינע ספּיראָטשעטעס. א דאַטאַבייס זוכן אנטפלעקט אַז עטלעכע ASxL5Ts טיילן 16S rRNA דזשין סיקוואַנסיז מיט עטלעכע אַנקאַלטשערד באַקטיריאַ פון די אָקעאַן, לאַנד ייבערפלאַך און גראַונדוואָטער. מיר פֿאָרשלאָגן אַז די שפּאַנונג ASxL5T רעפּראַזענץ אַ נייַע מינים אין אַ נייַע מין. מיר רעקאָמענדירן די נאָמען Venatorbacter cucullus gen. נאוועמבער, ספּ. אין נאוועמבער, ASxL5T איז געניצט ווי די טיפּ שפּאַנונג.
באַפאַלעריש באַקטיריאַ זענען באַקטיריאַ וואָס ויסשטעלונג די פיייקייט צו גיינ אַף און טייטן אנדערע לעבעדיק באַקטיריאַ צו קריגן ביאָסינטעטיק מאַטעריאַלס און ענערגיע. דאָס איז אַנדערש פון דער אַלגעמיין אָפּזוך פון נוטריאַנץ פון טויט מייקראָואָרגאַניזאַמז, און עס איז אויך אַנדערש פון פּעראַסיטיק ינטעראַקשאַנז, אין וואָס באַקטיריאַ פאָרעם אַ נאָענט שייכות מיט זייער באַלעבאָס אָן מאָרד זיי. באַפאַלעריש באַקטיריאַ האָבן יוואַלווד פאַרשידענע לעבן סייקאַלז צו נוצן שעפעדיק עסנוואַרג קוואלן אין די ניטשיז ווו זיי זענען געפֿונען (אַזאַ ווי מאַרינע כאַבאַץ). זיי זענען אַ טאַקסאָנאָמיקאַללי דייווערס גרופּע, וואָס זענען בלויז פארבונדן דורך זייער יינציק סטעראַליזיישאַן לעבן ציקל1. ביישפילן פון באַפאַלעריש באַקטיריאַ האָבן שוין געפונען אין עטלעכע פאַרשידענע פילאַ, אַרייַנגערעכנט: פּראָטעאָבאַקטעריאַ, באַקטעראָידעס, און טשלאָרעללאַ.3. אָבער, די מערסט געזונט-געלערנט באַפאַלעריש באַקטיריאַ זענען די Bdellovibrio און Bdellovibrio-און-ווי אָרגאַניזאַמז (BALOs4). באַפאַלעריש באַקטיריאַ זענען אַ פּראַמאַסינג מקור פון נייַ בייאַלאַדזשיקלי אַקטיוו קאַמפּאַונדז און אַנטיבאַקטיריאַל אגענטן5.
באַפאַלעריש באַקטיריאַ זענען געגלויבט צו פאַרבעסערן מייקראָוביאַל דייווערסיטי און האָבן אַ positive פּראַל אויף יקאָוסיסטאַם געזונט, פּראָודאַקטיוויטי און פעסטקייַט6. טראָץ די positive אַטריביוץ, עס זענען ווייניק שטודיום אויף נייַ באַפאַלעריש באַקטיריאַ רעכט צו דער שוועריקייט פון קולטורינג באַקטיריאַ און די נויט צו קערפאַלי אָבסערווירן צעל ינטעראַקשאַנז צו פֿאַרשטיין זייער קאָמפּלעקס לעבן סייקאַלז. די אינפֿאָרמאַציע איז נישט גרינג צו באַקומען פֿון קאָמפּיוטער אַנאַליסיס.
אין אַ תקופה פון ינקריסינג אַנטימיקראָביאַל קעגנשטעל, נייַע סטראַטעגיעס פֿאַר טאַרגאַטינג באַקטיריאַל פּאַטאַדזשאַנז זענען געלערנט, אַזאַ ווי די נוצן פון באַקטעריאָפאַגעס און באַפאַלעריש באַקטיריאַ7,8. ASxL5T באַקטיריאַ זענען אפגעזונדערט אין 2019 מיט פאַגע אפגעזונדערטקייט טעכנאָלאָגיע פֿון קו מיסט געזאמלט פֿון די מילכיק צענטער פון אוניווערסיטעט פון נאָטטינגהאַם, נאָטטינגהאַמשירע. דער ציל פון די ויספאָרשונג איז צו יזאָלירן אָרגאַניזאַמז מיט פּאָטענציעל ווי בייאַלאַדזשיקאַל קאָנטראָל אגענטן. Campylobacter hyointestinalis איז אַ זאָאָנאָטיק פּאַטאַדזשאַן, וואָס איז ינקריסינגלי פֿאַרבונדן מיט מענטש ינטעסטאַנאַל חולאתן10. עס איז ומעטומיק אין סערום און געניצט ווי אַ ציל באַלעבאָס.
די ASxL5T באַקטיריאַ איז אפגעזונדערט פון רינדערנס דזשעלי ווייַל עס איז באמערקט אַז די פּלאַקס עס געשאפן אויף די לאָנקע פון ​​C. hyointestinalis זענען ענלעך צו די געשאפן דורך באַקטעריאָפאַגעס. דאָס איז אַן אומגעריכט דערגייונג, ווייַל טייל פון די פאַגע אפגעזונדערטקייט פּראָצעס ינוואַלווז פֿילטרירונג דורך אַ 0.2 μם פילטער, וואָס איז דיזיינד צו באַזייַטיקן באַקטיריאַל סעלז. מיקראָסקאָפּיק דורכקוק פון די מאַטעריאַל יקסטראַקטיד פון די פּלאַק אנטפלעקט אַז די קליין גראַם-נעגאַטיוו קערווד רוט-שייפּט באַקטיריאַ האָבן נישט אַקיומיאַלייטיד פּאָליהידראָקסיבוטיראַטע (PHB). די אַסעפּטיק קולטור אומאָפּהענגיק פון רויב סעלז איז איינגעזען אויף רייַך האַרט מיטל (אַזאַ ווי מאַרך האַרץ ינפיוזשאַן אַגאַר (בהי) און בלוט אַגאַר (באַ)), און זייַן וווּקס איז שוואַך. עס איז באקומען נאָך סאַבקאַלטשער מיט שווער ינאָקולום פֿאַרבעסערן. עס וואקסט גלייך אונטער מיקראָעראָביק (7% וו / וו זויערשטאָף) און אַטמאַספעריק זויערשטאָף טנאָים, אָבער נישט אין אַן אַנעראָוביק אַטמאָספער. נאָך 72 שעה, דער דיאַמעטער פון די קאַלאַני איז געווען זייער קליין, ריטשט 2 מם, און עס איז געווען בייזש, טראַנסלוסאַנט, קייַלעכיק, קאַנוועקס און בלאַנק. נאָרמאַל בייאָוקעמיקאַל טעסטינג איז כאַמפּערד ווייַל ASxL5T קענען ניט זיין קאַלטשערד רילייאַבלי אין פליסיק מעדיע, וואָס סאַגדזשעסץ אַז עס קען פאַרלאָזנ זיך די קאָמפּלעקס לעבן ציקל פון ביאָפילם פאָרמירונג. אָבער, די טעלער סאַספּענשאַן געוויזן אַז ASxL5T איז עראָוביק, positive פֿאַר אָקסידאַסע און קאַטאַלאַסע און קענען דערלאָזן 5% נאַקל. ASxL5T איז קעגנשטעליק צו 10 μג סטרעפּטאָמיסין, אָבער איז שפּירעוודיק צו אַלע אנדערע טעסטעד אַנטיביאַטיקס. די ASxL5T באַקטיריאַל סעלז זענען יגזאַמאַנד דורך TEM (פיגורע 1). ווען דערוואַקסן אָן רויב סעלז אויף די BA, ASxL5T סעלז זענען קליין קאַמפּילאָבאַקטער, מיט אַ דורכשניטלעך לענג פון 1.63 μm (± 0.4), אַ ברייט פון 0.37 μm (± 0.08), און אַ איין לאַנג (אַרויף צו 5 μm) פלאָקן. געשלעכט פלאַגעללאַ. בעערעך 1.6% פון די סעלז דערשייַנען צו האָבן אַ ברייט פון ווייניקער ווי 0.2 μם, וואָס וועט לאָזן דורכפאָר דורך די פילטער מיטל. אַ ומגעוויינטלעך סטראַקטשעראַל פאַרלענגערונג איז באמערקט אויף די שפּיץ פון עטלעכע סעלז, ענלעך צו אַ פאַירינג (לאַטייַן cucullus) (זען די אַראָוז אין 1D, E, G). דא ס אי ז באשטאנע ן פו ן איבעריק ע דרויסנדיק ע מעמבראַנע , װא ס קע ן זײ ן צולי ב דע ר שנעלע ר רעדוקציע ם אי ן דע ר גרויםע ר פו ן דע ר פעריפלאסמישע ר קאנװערט , װײ ל ד י דרויסנדיק ע מעמבראנ ע בלײב ט בעשאָלעם , װײז ט א ן ״לויזע ״ אויסזע ן . קולטור פון ASxL5T אין דער אַוועק פון נוטריאַנץ (אין פּבס) פֿאַר אַ לאַנג צייַט ביי 4 ° C ריזאַלטיד אין רובֿ (אָבער ניט אַלע) סעלז ווייזונג אַ קאָקקאַל מאָרפאָלאָגי (פיגורע 1 ק). ווען ASxL5T וואקסט מיט Campylobacter jejuni ווי רויב פֿאַר 48 שעה, די דורכשניטלעך צעל גרייס איז באטייטיק מער און נעראָוער ווי סעלז דערוואַקסן אָן אַ באַלעבאָס (טאַבלע 1 און פיגורע 1E). אין קאַנטראַסט, ווען ASxL5T וואקסט מיט E. קאָלי ווי רויב פֿאַר 48 שעה, די דורכשניטלעך צעל גרייס איז מער און ברייט ווי ווען עס וואקסט אָן רויב (טאַבלע 1), און די צעל לענג איז וועריאַבאַל, יוזשאַוואַלי ווייזן פילאַמענטאַס (פיגורע 1F). ווען ינקובייטיד מיט Campylobacter jejuni אָדער E. קאָלי ווי רויב פֿאַר 48 שעה, ASxL5T סעלז געוויזן קיין פלאַגעללאַ בייַ אַלע. טיש 1 סאַמערייזיז די אַבזערוויישאַנז פון ענדערונגען אין צעל גרייס באזירט אויף דעם בייַזייַן, אַוועק און רויב טיפּ פון ASxL5T.
TEM אַרויסווייַזן פון ASx5LT: (א) ASx5LT ווייזט לאַנג בייַטש; (ב) טיפּיש ASx5LT באַטאַרייע; (C) קאָקסי ASx5LT סעלז נאָך לאַנג ינגקיוביישאַן אָן נוטריאַנץ; (ד) אַ גרופּע פון ​​ASx5LT סעלז ווייַזן אַבנאָרמאַלאַטי (E) ASx5LT צעל גרופּע ינקובייטיד מיט Campylobacter רויב געוויזן געוואקסן צעל לענג קאַמפּערד מיט יענע אָן רויב וווּקס (ד) אויך געוויזן אַפּיקאַל סטרוקטור; (F) גרויס פילאַמענטאָוס פלאַגעללאַ, ASx5LT סעלז, נאָך ינגקיוביישאַן מיט י קאָלי רויב; (ג) א איין ASx5LT צעל נאָך ינגקיוביישאַן מיט E. קאָלי, ווייַזונג אַ ומגעוויינטלעך שפּיץ סטרוקטור. די באַר רעפּראַזענץ 1 μם.
דיטערמאַנינג די 16S rRNA דזשין סיקוואַנס (אַקסעשאַן נומער MT636545.1) ינייבאַלז דייטאַבייס אָנפֿרעגן צו פאַרלייגן סיקוואַנסיז ענלעך צו די אין די גאַמאַפּראָטעאָבאַקטעריאַ קלאַס, און זענען נאָענט צו מאַרינע באַקטיריאַ אין די מאַרינע ספּיריללום משפּחה (פיגורע 2), און זענען מיטגלידער פון די Thalassolituus מין. די קלאָוסאַסט קאָרעוו צו מאַרינע באַסיללוס. די 16S rRNA דזשין סיקוואַנס איז קלאר אַנדערש פון די באַפאַלעריש באַקטיריאַ וואָס געהערן צו די Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) משפּחה. די פּאָרוויסע קאַמפּעראַסאַנז פון B. bacteriovorus HD100T (טיפּ שפּאַנונג, DSM 50701) און B. bacteriovorus DM11A זענען 48.4% און 47.7%, און פֿאַר B. exovorus JSS עס איז געווען 46.7%. ASxL5T באַקטיריאַ האָבן 3 קאפיעס פון די 16S rRNA דזשין, צוויי פון וואָס זענען יידעניקאַל צו יעדער אנדערער, ​​און די דריט איז 3 באַסעס באַזונדער. צוויי אנדערע באַפאַלעריש באַקטיריאַל ייסאַלייץ (ASx5S און ASx5O; 16S rRNA דזשין אַקסעשאַן נומערן זענען MT636546.1 און MT636547.1, ריספּעקטיוולי) מיט ענלעך מאָרפאַלאַדזשיקאַל און פענאָטיפּיק קעראַקטעריסטיקס פון דער זעלביקער אָרט זענען נישט די זעלבע, אָבער זיי זענען אַנדערש פון ASxL5T און אַנקולטורעד באַקטעריאַל. דאַטאַבייס סיקוואַנסיז זענען קלאַסטערד צוזאַמען מיט אנדערע גענעראַ אין Oceanospirillaceae (פיגורע 2). די גאנצע גענאָמע סיקוואַנס פון ASxL5T איז באשלאסן און געראטעוועט אין די NCBI דאַטאַבייס, און די אַקסעשאַן נומער איז CP046056. די גענאָמע פון ​​ASxL5T באשטייט פון אַ קייַלעכיק כראָמאָסאָם פון 2,831,152 בפּ מיט אַ G + C פאַרהעלטעניש פון 56.1%. די גענאָמע סיקוואַנס כּולל 2653 קדס (גאַנץ), פון וואָס 2567 זענען פּרעדיקטעד צו ענקאָוד פּראָטעינס, פון וואָס 1596 קענען זיין אַסיינד ווי פּאָטאַטיווע פאַנגקשאַנז (60.2%). די גענאָמע כּולל 67 רנאַ-קאָדינג גענעס, אַרייַנגערעכנט 9 רנאַס (3 יעדער פֿאַר 5S, 16S און 23S) און 57 טרנאַס. די גענאָמיק קעראַקטעריסטיקס פון ASxL5T זענען קאַמפּערד מיט די בנימצא גענאָמעס פון סטריינז פון די ניראַסט קאָרעוו טיפּ יידענאַפייד פֿון די 16S רRNA דזשין סיקוואַנס (טאַבלע 2). ניצן אַמינאָ זויער אידענטיטעט (AAI) צו פאַרגלייַכן אַלע בנימצא Thalassolituus גענאָמעס צו ASxL5T. די קלאָוסאַסט בנימצא (דערענדיקט) גענאָמע סיקוואַנס באשלאסן דורך אַאַי איז Thalassolituus sp. C2-1 (לייג NZ_VNIL01000001). דער שפּאַנונג איז געווען אפגעזונדערט פון די טיף-ים סעדימענץ פון די מאַריאַנאַ טרענטש, אָבער עס איז דערווייַל קיין פענאָטיפּיק אינפֿאָרמאַציע וועגן דעם שפּאַנונג פֿאַר פאַרגלייַך. קאַמפּערד מיט ASxL5T ס 2.82 מב, די דזשינאָום פון דער אָרגאַניזם איז גרעסער מיט 4.36 מב. די דורכשניטלעך גענאָמע גרייס פון מאַרינע ספּיראָטשעטעס איז וועגן 4.16 מב (± 1.1; n = 92 גאַנץ רעפֿערענץ גענאָמעס ינוועסטאַגייטאַד פֿון https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), אַזוי די גענאָמע פון ​​ASxL5T איז אין שורה מיט די סדר קאַמפּערד צו די אנדערע מיטגלידער, עס איז גאַנץ קליין. ניצן GToTree 1.5.54 צו דזשענערייט אַ גענאָמע-באזירט עסטימאַטעד מאַקסימום ליקעליהאָאָד פילאָגענעטיק בוים (פיגורע 3A), ניצן די אַליינד און לינגקט אַמינאָ זויער סיקוואַנסיז פון 172 איין-קאָפּיע גענעס ספּעציפיש צו Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18 . די אַנאַליסיס געוויזן אַז עס איז ענג שייַכות צו טהאַלאַססאָליטווס, באַקטיריאַל פלאַך און מאַרינע באַקטעריום. אָבער, די דאַטן אָנווייַזן אַז ASxL5T איז אַנדערש פון זיין קרובים אין מאַרינע ספּירולינאַ און זיין גענאָמע סיקוואַנס דאַטן זענען בארעכטיגט.
די פילאָגענעטיק בוים ניצן די 16S rRNA דזשין סיקוואַנס כיילייץ די שטעלע פון ​​די ASxL5T, ASxO5 און ASxS5 סטריינז (מיט די גאַץ) קאָרעוו צו די אַנקאַלטיווייטיד און מאַרינע באַקטיריאַ סטריינז אין די מאַרינע ספּירולינאַסעאַע. די Genbank אַקסעשאַן נומער גייט די שפּאַנונג נאָמען אין קלאַמערן. ניצן ClustalW צו ייַנרייען סיקוואַנסיז, און נוצן די מאַקסימום ליקעליהאָאָד אופֿן און די Tamura-Nei מאָדעל צו אָנפירן פילאָגענעטיק שייכות, און דורכפירן 1000 גיידיד רעפּלאַקיישאַנז אין די MEGA X פּראָגראַם. די נומער אויף די צווייַג ינדיקייץ אַז די גיידיד קאָפּיע ווערט איז גרעסער ווי 50%. Escherichia coli U/541T איז געניצט ווי אַ אַוטגראָופּ.
(א) א פילאָגענעטיק בוים באזירט אויף די גענאָמע, ווייַזונג די שייכות צווישן די מאַרינע Spirospiraceae באַקטיריאַ ASxL5T און זייַן נאָענט קרובים, E. coli U 5/41T ווי אַ אַוטגראָופּ. (ב) קאַמפּערד מיט T. oleivorans MIL-1T, די פאַנגקשאַנאַל קאַטעגאָריע פאַרשפּרייטונג פון גענעס איז פּרעדיקטעד באזירט אויף די אָרטהאָלאָגיס גרופּע (COG) קנויל פון ASx5LT פּראָטעין. די פיגור אויף די לינקס ווייזט די נומער פון גענעס אין יעדער פאַנגקשאַנאַל קאָג קאַטעגאָריע אין יעדער גענאָמע. די גראַפיק אויף די רעכט ווייזט די פּראָצענט פון גענאָמעס קאַנטיינד אין יעדער פאַנגקשאַנאַל קאָג גרופּע. (C) קאַמפּערד מיט T. oleiverans MIL-1T, די אַנאַליסיס פון די פולשטענדיק KEGG (קיאָטאָ ענציקלאָפּעדיע פון ​​גענעס און גענאָמעס) מאַדזשאַלער פּאַטוויי פון ASxL5T.
ניצן די KEGG דאַטאַבייס צו ונטערזוכן די קאָמפּאָנענט גענעס פאָרשטעלן אין די ASxL5T גענאָמע אנטפלעקט די טיפּיש מעטאַבאַליק פּאַטוויי פון עראָוביק גאַמאַ פּראָטעוס. ASxL5T כּולל אַ גאַנץ פון 75 גענעס אַסיינד צו באַקטיריאַל מאָטאָר פּראָטעינס, אַרייַנגערעכנט גענעס ינוואַלווד אין טשעמאָטאַקסיס, פלאַגעללאַ פֿאַרזאַמלונג און טיפּ יוו פימבריאַע סיסטעם. אין די לעצטע קאַטעגאָריע, 9 פון 10 גענעס זענען פאַראַנטוואָרטלעך פֿאַר די טוויטשינג באַוועגונג פון אַ קייט פון אנדערע אָרגאַניזאַמז. די גענאָמע פון ​​ASxL5T כּולל אַ פולשטענדיק טעטראַהידראָפּירימידינע ביאָסינטהעטיק פּאַטוויי וואָס פּאַרטיסאַפּייץ אין די פּראַטעקטיוו ענטפער צו אָסמאָטיק דרוק20, ווי דערוואַרט פֿאַר האַלאָפילעס. די גענאָמע אויך כּולל פילע גאַנץ פּאַטווייז פֿאַר קאָפאַקטערז און וויטאַמינס, אַרייַנגערעכנט ריבאָפלאַווין סינטעז פּאַטווייז. כאָטש די אַלקאַן 1-מאָנאָאָקסיגענאַסע (אַלקב2) דזשין איז פאָרשטעלן אין ASxL5T, די כיידראָוקאַרבאַן יוטאַלאַזיישאַן וועג איז נישט גאַנץ. אין די גענאָמע סיקוואַנס פון ASxL5T, האָמאָלאָגועס פון גענעס יידענאַפייד ווי דער הויפּט פאַראַנטוואָרטלעך פֿאַר די דערנידעריקונג פון כיידראָוקאַרבאַנז אין T. oleiverans MIL-1T21, אַזאַ ווי TOL_2658 (alkB) און TOL_2772 (אַלקאָהאָל דעהידראָגענאַסע) זענען דאָך ניטאָ. פיגורע 3B ווייזט די פאַרגלייַך פון דזשין פאַרשפּרייטונג אין די קאָג קאַטעגאָריע צווישן ASxL5T און Olive Oil MIL-1T. קוילעלדיק, דער קלענערער ASxL5T גענאָמע כּולל פּראַפּאָרשנאַלי ווייניקערע גענעס פון יעדער קאָג קאַטעגאָריע קאַמפּערד מיט די גרעסערע פֿאַרבונדענע גענאָמע. ווען די נומער פון גענעס אין יעדער פאַנגקשאַנאַל קאַטעגאָריע איז אויסגעדריקט ווי אַ פּראָצענט פון די גענאָמע, דיפעראַנסיז זענען באמערקט אין דער פּראָצענט פון גענעס אין די איבערזעצונג, ריבאָסאָמאַל סטרוקטור און ביאָגענעסיס קאַטעגאָריעס, און די קאַטעגאָריעס פון ענערגיע פּראָדוקציע און קאַנווערזשאַן פונקציע, וואָס קאַנסטאַטוט די גרעסערע ASxL5T גענאָמע דער פּראָצענט איז קאַמפּערד מיט דער זעלביקער גרופּע פאָרשטעלן אין די T. oleiverans MIL-1T גענאָמע. אין קאַנטראַסט, קאַמפּערד מיט די ASxL5T גענאָמע, T. oleivorans MIL-1T האט אַ העכער פּראָצענט פון גענעס אין די רעפּלאַקיישאַן, רעקאָמבינאַטיאָן און פאַרריכטן און טראַנסקריפּציע קאַטעגאָריעס. ינטערעסטינגלי, די ביגאַסט חילוק אין די אינהאַלט פון יעדער פאַנגקשאַנאַל קאַטעגאָריע פון ​​די צוויי גענאָמעס איז די נומער פון אומבאַקאַנט גענעס פאָרשטעלן אין ASxL5T (פיגורע 3 ב). אַן ענריטשמענט אַנאַליסיס פון KEGG מאַדזשולז איז דורכגעקאָכט, ווו יעדער KEGG מאָדולע רעפּראַזענץ אַ סכום פון מאַניואַלי דיפיינד פאַנגקשאַנאַל וניץ פֿאַר אַנאַטיישאַן און בייאַלאַדזשיקאַל ינטערפּריטיישאַן פון גענאָמע סיקוואַנס דאַטן. דער פאַרגלייַך פון דזשין פאַרשפּרייטונג אין די גאַנץ KOG מאָדולע פּאַטוויי פון ASxL5T און מאַסלינע MIL-1T איז געוויזן אין פיגורע 3C. די אַנאַליסיס ווייזט אַז כאָטש ASxL5T האט אַ גאַנץ שוועבל און ניטראָגען מעטאַבאַליק פּאַטוויי, T. oleiverans MIL-1T טוט נישט. אין קאַנטראַסט, T. oleiverans MIL-1T האט אַ פולשטענדיק סיסטינע און מעטהיאָנינע מעטאַבאַליק וועג, אָבער עס איז דערענדיקט אין ASxL5T. דעריבער, ASxL5T האט אַ כאַראַקטעריסטיש מאָדולע פֿאַר סאַלפייט אַסימילאַטיאָן (דיפיינד ווי אַ גאַנג פון גענעס וואָס קענען זיין געוויינט ווי פענאָטיפּיק מאַרקערס, אַזאַ ווי מעטאַבאַליק קאַפּאַציטעט אָדער פּאַטאַדזשעניק; https://www.genome.jp/kegg/module.html) אין ט. אָליוועראַנס MIL-1T. קאַמפּערינג די דזשין אינהאַלט פון ASxL5T מיט דער רשימה פון גענעס וואָס פֿאָרשלאָגן אַ באַפאַלעריש לייפסטייל איז ינקאַנקלוסיוו. כאָטש די וואַאַל דזשין קאָדירונג די ליגאַסע פֿאַרבונדן מיט די אָ אַנטיגען פּאַליסאַקערייד צו די האַרץ איז פאָרשטעלן אין די ASxL5T גענאָמע (אָבער עס איז פּראָסט אין פילע גראַם-נעגאַטיוו באַקטיריאַ), טריפּטאָפאַן 2,3-דיאָקסיגענאַסע (טדאָ) גענעס קען אַרייַננעמען די 60 אַמינאָ. זויער מקומות אָפט געפֿונען אין באַפאַלעריש באַקטיריאַ וואָס זענען נישט פאָרשטעלן. עס זענען קיין אנדערע באַפאַלעריש כאַראַקטעריסטיש גענעס אין די ASxL5T גענאָמע, אַרייַנגערעכנט די קאָדירונג ענזימעס ינוואַלווד אין יסאָפּרענאָיד ביאָסינטהעסיס אין די מעוואַלאָנאַטע פּאַטוויי. באַמערקונג אַז עס איז קיין טראַנסקריפּטיאָנאַל רעגולאַטאָרי דזשין גנטר אין די פּרעדאַטער גרופּע יגזאַמאַנד, אָבער דריי גנטר-ווי גענעס קענען זיין יידענאַפייד אין ASxL5T.
די פענאָטיפּיק קעראַקטעריסטיקס פון ASxL5T זענען סאַמערייזד אין טאַבלע 3 און קאַמפּערד מיט די פענאָטיפּיק קעראַקטעריסטיקס פון פֿאַרבונדענע גענעראַ 23, 24, 25, 26 און 27 רעפּאָרטעד אין דער ליטעראַטור. יסאָלאַטעס פון T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, און Oceanobacter kriegii זענען אַקטיוו, זאַלץ-טאָלעראַנט, אָקסידאַסע-positive רוט-שייפּט ללבער, אָבער האָבן כּמעט קיין אנדערע פענאָטיפּיק קעראַקטעריסטיקס מיט ASxL5T. די דורכשניטלעך ף פון די אָקעאַן איז 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), וואָס איז שפיגלט אין T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis און אָ. קריעגיי. ASxL5T איז פּאַסיק פֿאַר די גרעסערע ף קייט (4-9) טיפּיש פֿאַר ניט-מאַרינע מינים. פענאָטיפּיק טשאַראַקטעריסטיקס פון Thalassolituus sp. C2-1. אומבאַקאַנט. די גראָוט טעמפּעראַטור קייט פון ASxL5T איז בכלל ברייטער ווי די פון מאַרינע סטריינז (4-42 °C), כאָטש עטלעכע אָבער ניט אַלע טי מאַרינוס ייסאַלייץ זענען היץ-טאָלעראַנט. די ינאַביליטי צו וואַקסן ASxL5T אין יויך מעדיע פּריווענטיד ווייַטער פענאָטיפּיק כאַראַקטעריזיישאַן. ניצן API 20E צו פּרובירן די מאַטעריאַלס סקריפּט פון די BA טעלער, ONPG, אַרגינינע דיהידראָלאַסע, ליסינע דעקאַרבאָקסילאַסע, אָרניטהינע דעקאַרבאָקסילאַסע, סיטראַטע יוטאַלאַזיישאַן, ורעאַסע, טריפּטאָפאַן דעאַמינאַסע, דזשעלאַטאַן כיידראַלאַסאַס ענזיים, די פּראָבע רעזולטאַטן זענען אַלע נעגאַטיוו, אָבער קיין ינדאָלע, אַסאַטאָין און ה2ס. זענען געשאפן. ונפערמענטעד קאַרבאָוכיידרייץ אַרייַננעמען: גלוקאָוס, מאַננאָסע, ינאָסיטאָל, סאָרביטאָל, רהאַמנאָסע, סוקראָוס, מעליביאָסע, אַמיגדאַלין און אַראַבינאָסע. קאַמפּערד מיט די ארויס פֿאַרבונדענע רעפֿערענץ סטריינז, די סעליאַלער פאַטי זויער פּראָפיל פון די ASxL5T שפּאַנונג איז געוויזן אין טאַבלע 4. די הויפּט סעליאַלער פאַטי אַסאַדז זענען C16:1ω6c און / אָדער C16:1ω7c, C16:0 און C18:1ω9. הידראָקסי פאַטי אַסאַדז C12:0 3-OH און C10:0 3-OH אויך עקסיסטירן. די פאַרהעלטעניש פון C16:0 אין ASxL5T איז העכער ווי די רעפּאָרטעד ווערט פון פֿאַרבונדענע גענעראַ. אין קאַנטראַסט, קאַמפּערד מיט די רעפּאָרטעד T. marinus IMCC1826TT, די פאַרהעלטעניש פון C18:1ω7c און / אָדער C18:1ω6c אין ASxL5T איז רידוסט. אָלעיוואָראַנס מיל-1ט און אָ. קריעגיי דסם 6294ט, אָבער ניט דיטעקטאַד אין בי סאַניענסיס קקטק 32220ט. קאַמפּערינג די פאַטי זויער פּראָופיילז פון ASxL5T און ASxLS אנטפלעקט סאַטאַל דיפעראַנסיז אין די סומע פון ​​יחיד פאַטי אַסאַדז צווישן די צוויי סטריינז, וואָס זענען קאָנסיסטענט מיט די גענאָמיק דנאַ סיקוואַנס פון דער זעלביקער מינים. קיין פּאָלי-3-כיידראָקסיבוטיראַטע (PHB) פּאַרטיקאַלז זענען דיטעקטאַד מיט די סודאַן שוואַרץ פּרובירן.
די פּרעדאַטיאָן טעטיקייט פון ASxL5T באַקטיריאַ איז געלערנט צו באַשטימען די קייט פון רויב. דעם באַקטיריאַ קענען פאָרעם פּלאַקס אויף קאַמפּילאָבאַקטער מינים, אַרייַנגערעכנט: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; קלאַרי NCTC 11458 און C. upsaliensis NCTC 11541T. ניצן די קאַלטשערז ליסטעד אין דער באַלעבאָס קייט באַשטימונג אָפּטיילונג פון דעם אופֿן צו פּרובירן אַ ברייט קייט פון גראַם-נעגאַטיוו און גראַם-positive באַקטיריאַ. די רעזולטאַטן ווייַזן אַז ASxL5T קענען אויך זיין געוויינט אין Escherichia coli NCTC 86 און Citrobacter freundii NCTC 9750T. פּלאַקס געשאפן אויף Klebsiella oxytoca 11466. די TEM ינטעראַקשאַן מיט E. coli NCTC 86 איז געוויזן אין פיגורע 4A-D, און די ינטעראַקשאַן מיט Campylobacter jejuni PT14 און Campylobacter suis S12 איז געוויזן אין פיגורע 4E-H מיטן. די באַפאַלן מעקאַניזאַם סימז צו זיין אַנדערש צווישן די רויב טייפּס טעסטעד, מיט איינער אָדער מער E. קאָלי סעלז אַטאַטשט צו יעדער ASxL5T צעל און פּאַזישאַנד לאַטעראַל צוזאמען די עקסטענדעד צעל איידער אַדסאָרפּטיאָן. אין קאַנטראַסט, ASxL5T איז צוטשעפּען צו קאַמפּילאָבאַקטער דורך אַ איין פונט פון קאָנטאַקט, יוזשאַוואַלי אין קאָנטאַקט מיט די שפּיץ פון די פּרעדאַטער צעל און לעבן די שפּיץ פון די קאַמפּילאָבאַקטער צעל (פיגורע 4 ה).
TEM ווייזונג די ינטעראַקשאַן צווישן ASx5LT און רויב: (אַד) און E. קאָלי רויב; (עה) און סי דזשעדזשוני רויב. (א) א טיפּיש ASx5LT צעל פארבונדן צו אַ איין E. קאָלי (עק) צעל; (ב) א פאָדעם אַסקס 5לט אַטאַטשט צו אַ איין עק צעל; (C) א פאָדעם אַסקס5לט צעל פארבונדן צו קייפל עק סעלז; (ד) אַטאַטשמאַנט קלענערער ASx5LT סעלז אויף אַ איין E. קאָלי (עק) צעל; (E) אַ איין ASx5LT צעל פארבונדן צו אַ Campylobacter jejuni (CJ) צעל; (F) ASx5LT אַטאַקס C. hyointestinalis (CH) סעלז; (ג) צוויי איין ASx5LT צעל אַטאַקירט אַ CJ צעל; (ה) אַ נאָענט-אַרויף מיינונג פון די ASx5LT אַטאַטשמאַנט פונט, לעבן די שפּיץ פון די CJ צעל (באַר 0.2 μm). דער באַר רעפּראַזענץ 1 μם אין (א-ג).
באַפאַלעריש באַקטיריאַ האָבן יוואַלווד צו נוצן שעפעדיק קוואלן פון רויב. דאָך, זיי זענען וויידלי פאָרשטעלן אין פילע פאַרשידענע ינווייראַנמאַנץ. רעכט צו דער שמאָל גרייס פון די באַפעלקערונג מיטגלידער, עס איז מעגלעך צו יזאָלירן ASxL5T באַקטיריאַ פון די סלערי מיט די פאַג צעשיידונג אופֿן. די גענאָמיק שייכות פון ASxL5T צו מיטגלידער פון די אָסעאַנאָספּיריללאַסעאַע משפּחה פון מאַרינע באַקטיריאַ איז חידוש, כאָטש דער אָרגאַניזם איז זאַלץ-טאָלעראַנט און קענען וואַקסן אויף אַ מיטל מיט 5% זאַלץ. וואַסער קוואַליטעט אַנאַליסיס פון די סלערי געוויזן אַז די סאָדיום קלאָרייד אינהאַלט איז ווייניקער ווי 0.1%. דעריבער, בלאָטע איז ווייַט אַוועק פון די מאַרינע סוויווע - סיי געאָגראַפֿיש און כעמישער. די בייַזייַן פון דריי פֿאַרבונדענע אָבער פאַרשידענע ייסאַלייץ פון דער זעלביקער מקור גיט זאָגן אַז די פּרעדאַטערז זענען טרייווינג אין דעם ניט-מאַרין סוויווע. אין אַדישאַן, מיקראָביאָמע אַנאַליסיס (דאַטאַ טעקעס בנימצא פֿון https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) געוויזן אַז דער זעלביקער 16S rRNA דזשין סיקוואַנס איז ליגן אין די שפּיץ 50 מערסט שעפעדיק אַפּעריישאַנאַל טאַקסיז (OTU) ) אין אַ ביסל מוסטערונג ינטערוואַלז פון די בלאָטע. עטלעכע אַנקאַלטשערד באַקטיריאַ זענען געפֿונען אין די Genbank דאַטאַבייס, וואָס האָבן 16S rRNA דזשין סיקוואַנסיז ענלעך צו ASxL5T באַקטיריאַ. די סיקוואַנסיז, צוזאַמען מיט די סיקוואַנסיז פון ASxL5T, ASxS5 און ASxO5, ויסקומען צו פאָרשטעלן פאַרשידענע קליידז אפגעשיידט פון Thalassolituus און Oceanobacter (פיגורע 2). דריי מינים פון אַנקאַלטשערד באַקטיריאַ (GQ921362, GQ921357 און GQ921396) זענען אפגעזונדערט פון די פיסורע וואַסער אין אַ טיפעניש פון 1.3 קילאָמעטערס אין די דרום אפריקאנער גאָלד מייַן אין 2009, און די אנדערע צוויי (DQ256320 און DQ337006 זענען פֿון דרום אפריקע) אין 2005). די 16S rRNA דזשין סיקוואַנס מערסט ענג שייַכות צו ASxL5T איז טייל פון די 16S rRNA דזשין סיקוואַנס באקומען פון די ענריטשמענט קולטור פון זאַמדיק סעדאַמאַנץ באקומען פון די ביטשיז פון צאָפנדיק פֿראַנקרייַך אין 2006 (אַקסעשאַן נומער AM29240828). אן אנדער ענג פֿאַרבונדענע 16S rRNA דזשין סיקוואַנס פון די אַנקאַלטשערד באַקטיריאַ HQ183822.1 איז באקומען פון אַ זאַמלונג טאַנק ליקט פון אַ שטאָטיש לאַנדפיל אין טשיינאַ. דאָך, ASxL5T באַקטיריאַ זענען נישט העכסט רעפּריזענאַטיוו אין טאַקסאָנאָמיק דאַטאַבייסיז, אָבער די סיקוואַנסיז פון אַנקאַלטשערד באַקטיריאַ זענען מסתּמא צו פאָרשטעלן אָרגאַניזאַמז ענלעך צו ASxL5T, וואָס זענען פונאנדערגעטיילט איבער די וועלט, יוזשאַוואַלי אין טשאַלאַנדזשינג ינווייראַנמאַנץ. פון די גאנצע גענאָמע פילאָגענעטיק אַנאַליסיס, די קלאָוסאַסט קאָרעוו צו ASxL5T איז Thalassolituus sp. C2-1, טי מאַרינוס, טי אָלעיוואָראַנס. און אָ. קריעגיי 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus איז אַ מיטגליד פון מאַרינע אַבליידזשד כיידראָוקאַרבאַן פראַגמאַנטיישאַן באַקטיריאַ (OHCB), וואָס איז וויידספּרעד אין מאַרינע און ערדישע ינווייראַנמאַנץ, און יוזשאַוואַלי ווערט די דאָמינאַנט נאָך כיידראָוקאַרבאַן פאַרפּעסטיקונג ינסאַדאַנץ30,31. מאַרינע באַקטיריאַ זענען נישט מיטגלידער פון דער OHCB גרופּע, אָבער זענען אפגעזונדערט פון די מאַרינע סוויווע.
פענאָטיפּיק דאַטן אָנווייַזן אַז ASxL5T איז אַ נייַע מינים און אַ מיטגליד פון אַ ביז אַהער אַנרעקאַגנייזד מין אין די מאַרינע ספּיראָספּיראַסעאַע משפּחה. עס איז דערווייַל קיין קלאָר נאָרמאַל צו קלאַסיפיצירן ניי אפגעזונדערט סטריינז אין אַ נייַע מין. פּרווון האָבן שוין געמאכט צו באַשטימען וניווערסאַל גענעראַ באַונדריז, פֿאַר בייַשפּיל, באזירט אויף די פּראָצענט פון די גענאָמע פון ​​אַ קאָנסערוואַטיווע פּראָטעין (POCP), עס איז רעקאַמענדיד אַז די אָפּשניט ווערט איז 50% יידעניקאַל צו די רעפֿערענץ שפּאַנונג 33. אנדערע פֿאָרשלאָגן ניצן אַאַי וואַלועס, וואָס האָבן אַדוואַנטידזשיז איבער POCP ווייַל זיי קענען זיין באקומען פֿון דערענדיקט גענאָמעס34. דער מחבר גלויבט אַז אויב די AAI ווערט איז ווייניקער ווי 74% קאַמפּערד מיט די מאָדעל שפּאַנונג פון די מאָדעל מינים, די שפּאַנונג איז אַ פארשטייער פון אַ אַנדערש גענעראַ. די מאָדעל מין אין די מאַרינע ספּיריללאַסעאַע איז מאַרינע ספּיריללום, און די מאָדעל שפּאַנונג איז אָ. לינום אַטקק 11336ט. די אַאַי ווערט צווישן ASxL5T און O. linum ATCC 11336T איז 54.34%, און די אַאַי ווערט צווישן ASxL5T און T. oleivorans MIL-1T (מין טיפּ סטריינז) איז 67.61%, וואָס ינדיקייץ אַז ASxL5T רעפּראַזענץ אַ נייַע מין אַנדערש פון Thalassolituus. ניצן די 16S rRNA דזשין סיקוואַנס ווי די קלאַסאַפאַקיישאַן נאָרמאַל, די סאַגדזשעסטיד דילימיטיישאַן גרענעץ פון די מין איז 94.5% 35. ASxL5T קען זיין געשטעלט אין די Thalassolituus מין, מיט 95.03% 16S רRNA סיקוואַנס אידענטיטעט מיט T. oleivorans MIL-1T און 96.17%. מאַרינוס IMCC1826T. אָבער, עס וועט אויך זיין געשטעלט אין די Bacteroides מין וואָס האט 94.64% 16S rRNA דזשין אידענטיטעט מיט B. sanyensis NV9, וואָס ינדיקייץ אַז די נוצן פון אַ איין דזשין אַזאַ ווי די 16S rRNA דזשין קענען פירן צו אַרביטראַריש קלאַסאַפאַקיישאַן און אַסיינמאַנט. אן אנדער סאַגדזשעסטיד אופֿן ניצט ANI און גענאָמע אַליינמאַנט כעזשבן (AF) צו ונטערזוכן די קלאַסטערינג פון דאַטן פונקטן פון אַלע טייפּס און ניט-טיפּ סטריינז פון יגזיסטינג גענעראַ. דער מחבר רעקאַמענדז קאַמביינינג די מין גרענעץ מיט די ינפלעקשאַן פונט פון די עסטימאַטעד מין ספּעציפיש צו די טאַקסאַ וואָס איז אַנאַלייזד. אָבער, אויב עס זענען נישט גענוג גאַנץ גענאָמע סיקוואַנסיז פון טהאַלאַססאָליטווס ייסאַלייץ, עס איז אוממעגלעך צו באַשליסן צי ASxL5T געהערט צו די Thalassolituus מין מיט דעם אופֿן. רעכט צו דער לימיטעד אַוויילאַבילאַטי פון גאַנץ גענאָמע סיקוואַנסיז פֿאַר אַנאַליסיס, די גאנצע גענאָמע פילאָגענעטיק בוים זאָל זיין ינטערפּראַטאַד מיט וואָרענען. צווייטנס, גאַנץ גענאָמע פאַרגלייַך מעטהאָדס קענען נישט אַקאַונץ פֿאַר היפּש דיפעראַנסיז אין די גרייס פון די קאַמפּערד גענאָמעס. זיי געמאסטן די ענלעכקייט פון קאַנסערווד האַרץ איין-קאָפּיע גענעס צווישן פֿאַרבונדענע גענעראַ, אָבער האָבן נישט גענומען אין חשבון די גרויס נומער פון גענעס וואָס זענען נישט פאָרשטעלן אין די פיל קלענערער גענאָמע פון ​​ASxL5T. דאָך, ASxL5T און גרופּעס אַרייַנגערעכנט Thalassolituus, Oceanobacter און Bacterioplanes האָבן אַ פּראָסט אָוועס, אָבער עוואָלוציע האט גענומען אַ אַנדערש וועג, לידינג צו אַ רעדוקציע אין די גענאָמע, וואָס קען זיין צו אַדאַפּט צו אַ באַפאַלעריש לייפסטייל. דאָס איז אין קאַנטראַסט צו T. oleivorans MIL-1T, וואָס איז 28% גרעסערע און האט יוואַלווד אונטער פאַרשידענע ינווייראַנמענאַל פּרעשערז צו נוצן כיידראָוקאַרבאַנז23,30. אַ טשיקאַווע פאַרגלייַך קענען זיין געמאכט מיט אַבליגייטיד ינטראַסעללולאַר פּעראַסייץ און סימביאָנץ, אַזאַ ווי ריקעטציאַ, טשלאַמידיאַ, און בוכנעראַ. זייער גענאָמע גרייס איז וועגן 1 מב. די פיייקייט צו נוצן באַלעבאָס צעל מעטאַבאָליטעס פירט צו דזשין אָנווער, אַזוי אַנדערווענט באַטייטיק עוואָלוטיאָנאַרי גענאָמיק דערנידעריקונג. עוואָלוטיאָנאַרי ענדערונגען פון מאַרינע כעמישער נוטריאַנט אָרגאַניזאַמז צו באַפאַלעריש לייפסטיילז קען רעזולטאַט אין אַ ענלעך רעדוקציע אין גענאָמע גרייס. די COG און KEGG אַנאַליסיס כיילייץ די נומער פון גענעס געניצט פֿאַר ספּעציפיש פאַנגקשאַנז און די גלאבאלע דיפעראַנסיז אין די גענאָמיק פּאַטווייז צווישן ASxL5T און T. oleivorans MIL-1T, וואָס זענען נישט רעכט צו דער וויידספּרעד אַוויילאַבילאַטי פון רירעוודיק גענעטיק עלעמענטן. דער חילוק אין די G + C פאַרהעלטעניש פון די גאנצע דזשינאָום פון ASxL5T איז 56.1%, און אַז פון T. oleivorans MIL-1T איז 46.6%, וואָס אויך ינדיקייץ אַז עס איז סעגרעגאַטעד.
דורכקוק פון די קאָדירונג אינהאַלט פון די ASxL5T גענאָמע גיט פאַנגקשאַנאַל ינסייץ אין פענאָטיפּיק קעראַקטעריסטיקס. די בייַזייַן פון גענעס וואָס קאָדירונג טיפּ IV פימבריאַע (טפפּ) איז פון באַזונדער אינטערעס ווייַל זיי העכערן צעל באַוועגונג, גערופֿן געזעלשאַפטלעך גליידינג אָדער קאַנוואַלשאַנז, אָן פלאַגעללאַ אויף די ייבערפלאַך. לויט ריפּאָרץ, Tfp האט אנדערע פאַנגקשאַנז, אַרייַנגערעכנט פּרעדאַטיאָן, פּאַטאַדזשענעסיס, ביאָפילם פאָרמירונג, נאַטירלעך דנאַ אַפּטייק, אָטאַמאַטיק צעל אַגגרעגאַטיאָן און אַנטוויקלונג38. די ASxL5T גענאָמע כּולל 18 גענעס וואָס קאָדירונג דיגואַנילאַטע סיקלאַסע (אַן ענזיים וואָס קאַטאַלייזיז די קאַנווערזשאַן פון 2 גואַנאָסינע טריפאָספאַטע אין גואַנאָסינע 2 פאָספאַטע און סייקליק דיגמפּ) און 6 גענעס וואָס קאָדירונג די קאָראַספּאַנדינג דיגואַנילאַטע סיקלאַסע פאָספאַטע דיגואַנילאַטע. די דזשין פֿאַר עסטעראַסע (קאַטאַלייזינג די דערנידעריקונג פון סייקליק די-גמפּ צו גואַנאָסינע מאָנאָפאָספאַטע) איז טשיקאַווע ווייַל סיקל-די-גמפּ איז אַ וויכטיק רגע שליח ינוואַלווד אין ביאָפילם אַנטוויקלונג און צעשיידונג, באַוועגונג, צעל אַטאַטשמאַנט און ווירולענסע 39, 40 אין דעם פּראָצעס. עס זאָל אויך זיין באמערקט אַז אין Bdellovibrio bacteriovorus, סייקליק טאָפּל גמפּ איז געוויזן צו קאָנטראָלירן די יבערגאַנג צווישן פריי לעבן און באַפאַלעריש לייפסטייל41.
רובֿ פאָרשונג אויף באַפאַלעריש באַקטיריאַ איז פאָוקיסט אויף בדעלאָוויבריאָ, בדעלאָוויבריאָ-ווי אָרגאַניזאַמז און מיקסאָקאָקקוס מינים. די און אנדערע באקאנט ביישפילן פון באַפאַלעריש באַקטיריאַ פאָרעם אַ דייווערס גרופּע. טראָץ דעם דייווערסיטי, אַ סכום פון כאַראַקטעריסטיש פּראָטעין פאַמיליעס וואָס פאַרטראַכטנ זיך די פענאָטיפּעס פון 11 באַוווסט באַפאַלעריש באַקטיריאַ האָבן שוין יידענאַפייד3,22. אָבער, בלויז גענעס וואָס קאָדירונג אָ אַנטיגען ליגאַסע (וואַאַל) זענען יידענאַפייד, וואָס איז דער הויפּט פּראָסט אין גראַם-נעגאַטיוו באַקטיריאַ. דער פאָרעם פון אַנאַליסיס איז נישט נוציק אין דעזיגנייטינג ASxL5T ווי אַ פּרעדאַטער, מיסטאָמע ווייַל עס ניצט אַ ראָמאַן באַפאַלן סטראַטעגיע. די אַוויילאַבילאַטי פון מער דייווערס באַפאַלעריש באַקטיריאַל גענאָמעס וועט העלפֿן אַנטוויקלען פיינער האַכלאָטע אַנאַליזעס וואָס נעמען אין חשבון זאָגן פון פאַנגקשאַנאַל און ינווייראַנמענאַל דיפעראַנסיז צווישן גרופּע מיטגלידער. ביישפילן פון באַפאַלעריש באַקטיריאַ וואָס זענען נישט אַרייַנגערעכנט אין דעם אַנאַליסיס אַרייַננעמען מיטגלידער פון Cupriavidus necator42 און Bradymonabacteria43, ווייַל ווי ריסערטשערז פאָרשן פאַרשידענע מייקראָוביאַל קהילות, מער באַפאַלעריש טאַקסיז זענען געגרינדעט.
די מערסט נאָוטאַבאַל שטריך פון ASxL5T באַקטיריאַ קאַפּטשערד דורך TEM בילד איז זייַן יינציק און פלעקסאַבאַל מאָרפאָלאָגי, וואָס קענען העכערן ינטעראַקשאַן מיט רויב באַקטיריאַ. דער טיפּ פון ינטעראַקשאַן באמערקט איז אַנדערש פון אנדערע באַפאַלעריש באַקטיריאַ און איז נישט פריער דיסקאַווערד אָדער געמאלדן. די פארגעלייגט ASxL5T באַפאַלעריש לעבן ציקל איז געוויזן אין פיגורע 5. עס זענען ווייניק ביישפילן אין דער ליטעראַטור מיט ענלעך אַפּיקאַל סטראַקטשערז ווי מיר באַריכט דאָ, אָבער די ביישפילן אַרייַננעמען Terasakiispira papahanaumokuakeensis, אַ מאַרינע ספּיריללום באַקטיריאַ מיט טיילמאָליק אַפּעקס ינלאַרדזשמאַנט 44, און Alphaproteobacteria, Terasakiella pu. , אַמאָל געהערט צו די מין Oceanospirillum, ויסשטעלונג די אַזוי גערופענע "פּאָליאַר פילם" 45. קאָקסי פארמען זענען אָפט באמערקט אין עלטערע קאַלטשערז, ספּעציעל פֿאַר באַקטיריאַ מיט קערווד פארמען, אַזאַ ווי וויבריאָ, קאַמפּילאָבאַקטער, און העליקאָבאַקטער 46, 47, 48, וואָס קען פאָרשטעלן אַ דיגריידיד שטאַט. ווייַטער אַרבעט איז דארף צו דערקלערן די גענוי לעבן ציקל פון ASxL5T באַקטיריאַ. צו באַשליסן ווי עס קאַפּטשערז און פּרייז, און צי זיין גענאָמע ענקאָוד בייאַלאַדזשיקלי אַקטיוו קאַמפּאַונדז וואָס קענען זיין געוויינט פֿאַר מעדיציניש אָדער ביאָטעטשנאָלאָגיקאַל צוועקן.
באַשרייַבונג פון Venatorbacter גענ. נאוועמבער ווענאַטאָרבאַקטער (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. איז צוזאמענגעשטעלט פון ווענערס פון L. n. Venator,'Hunter' און Gr. n. Bacter,'אַ רוט'. Venatorbacter,'אַ גייעג רוט' . סעלז זענען אַעראָביק, זאַלץ-טאָלעראַנט, קערווד גראַם פלעק נעגאַטיוו. אין די טעמפּעראַטור קייט פון 4 צו 42 ° C ינגראָוון די ף קייט פון 4-9 איז ומגעוויינטלעך אין מאַרינע סניילז, די הויפּט פאַטי אַסאַדז זענען C16:1ω7c, C16. 0 און C18:1ω9; C12:0 3-OH און C10:0 3-OH זענען געפֿונען ווי הידראָקסי פאַטי אַסאַדז טאָן ניט וואַקסן אין יויך. די דנאַ G + C אינהאַלט איז 56.1% פון דעם מין .
באַשרייַבונג פון Venatorbacter cucullus sp. נאוועמבער Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus מיטל פאַירינג).
אין אַדישאַן, די דיסקריפּטיוו שטריך פון דעם מין איז אַז ווען דערוואַקסן אויף BA אָדער BHI, די סעלז זענען 1.63 μם לאַנג און 0.37 μm ברייט. די קאָלאָניעס אויף בהי אַגאַר זענען זייער קליין, ריטשינג 2 מם אין דיאַמעטער נאָך 72 שעה. זיי זענען בייזש, טראַנסלוסאַנט, קייַלעכיק, קאַנוועקס און בלאַנק. די מיטגלידער פון דעם מינים קענען נוצן Escherichia coli און Klebsiella. קאַמפּילאָבאַקטער און עטלעכע אנדערע גראַם-נעגאַטיוו באַקטיריאַ דינען ווי רויב.
די טיפּיש שפּאַנונג ASxL5T איז אפגעזונדערט פון רינדערנס מילך אין Nottinghamshire, וק, און דאַפּאַזיטיד אין די נאַשאַנאַל טיפּ קולטור קאַלעקשאַן (וק): אַקסעשאַן נומער NCTC 14397 און די נעטהערלאַנדס באַקטיריאַל קולטור קאַלעקשאַן (NCCB) אַקסעשאַן נומער NCCB 100775. די גאַנץ גענאָמע סיקוואַנס פון ASxL5T איז דאַפּאַזיטיד אין גענבאַנק לויט די אַדישאַן פון CP046056.
ASxL5T באַקטיריאַ זענען אפגעזונדערט פון רינדערנס מילך מיט פאַגע אפגעזונדערטקייט טעכנאָלאָגיע9,49. די סלערי איז דיילוטאַד 1:9 (וו / וו) אין סם באַפער (50 מם טריס-הקל [pH 7.5], 0.1 ם נאַקל, 8 מם מגסאָ4.7ה2אָ און 0.01% דזשעלאַטאַן; סיגמאַ אַלדריטש, גיללינגהאַם, וק), דערנאָך ינקובייט ביי 4 ° C פֿאַר 24 שעה, סלאָולי ראָוטייטינג צו ילוטע די פּרעדאַטערז אין די באַפער. די סאַספּענשאַן איז געווען סענטריפוגעד בייַ 3000 ג פֿאַר 3 מינוט. די סופּערנאַטאַנט איז געזאמלט און סענטריפודזשד ביי 13,000 ג פֿאַר אַ צווייט מאָל פֿאַר 5 מינוט. דער סופּערנאַטאַנט איז דערנאָך דורכגעגאנגען דורך אַ 0.45 μm מעמבראַנע פילטער (Minisart; Sartorius, Gottingen, דייַטשלאַנד) און אַ 0.2 μm מעמבראַנע פילטער (מיניסאַרט) צו באַזייַטיקן די רוען באַקטיריאַל סעלז. ASxL5T קענען פאָרן די פילטערס. א ווייך אַגאַר לאָנקע פון ​​Campylobacter enterosus S12 (NCBI אַקסעשאַן נומער CP040464) פון דער זעלביקער סלערי איז געווען צוגעגרייט מיט נאָרמאַל טעקניקס. די פילטערד סלערי איז פונאנדערגעטיילט אויף יעדער פון די באַלעבאָס צעל פּלאַטעס אין 10 μל דראַפּלאַץ אין טריפּליקאַט און ערלויבט צו טרוקן. דער טעלער איז ינגקיובייטיד אין אַ מיקראָאַעראָפיליק טאַנק בייַ 37 ° C פֿאַר 48 שעה אונטער מיקראָעראָביק טנאָים (5% אָ2, 5% ה2, 10% CO2, און 80% נ2). די באקומען קענטיק פּלאַק איז יקסטראַקטיד אין SM באַפער און טראַנספערד צו די פריש לאָנקע פון ​​C. hyointestinalis S12 צו ווייַטער פאַרמערן די ליסעד אָרגאַניזאַמז. אַמאָל עס איז באשלאסן אַז די באַקטיריאַ זענען די גרונט פון די ליטיק פּלאַק און נישט די פאַגע, פּרובירן צו וואַקסן דעם אָרגאַניזם ינדיפּענדאַנטלי פון דער באַלעבאָס און ווייַטער קעראַקטערייז עס. די עראָוביק קולטור איז דורכגעקאָכט ביי 37 ° C מיט 5% וו / וו דעפיברינייטיד פערד בלוט (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, העסאָפע). לויט די גיידליינז פון די נאַשאַנאַל קליניש סטאַנדאַרדס קאַמיטי, די דיסק דיפיוזשאַן אופֿן איז געניצט פֿאַר אַנטיבאַקטיריאַל סאַסעפּטאַבילאַטי טעסטינג. בהי אַגאַר איז קאַלטשערד ביי 37 °C ניצן אַ דיסק מיט די פאלגענדע אַנטיביאַטיקס (אָקסאָיד) פֿאַר עראָוביק קולטור: אַמאָקסיסיללין און קלאַווולאַניק זויער 30 μג; סעפאָטאַקסימע 30 μג; סטרעפּטאָמיסין 10 μג; סיפּראָפלאָקסאַסין 5 μג; Ceftazidime 30 μג נאַלידיקסיק זויער 30 μג; ימיפּענעם 10 μג; אַזיטהראָמיסין 15 μג; טשלאָראַמפעניקאָל 30 μג; סעפאָקסיטין 30 μג; טעטראַסיקלינע 30 μג; ניטראָפוראַנטאָין 300 μג; אַזרעאָנאַם 30 μג; אַמפּיסיללין 10 μג; Cefpodoxime 10 μג; טרימעטהאָפּרים-סולפאַמעטהאָקסאַזאָלע 25 μג. די זאַלץ טאָלעראַנץ איז געגרינדעט דורך אַעראָביק ינגקיוביישאַן אויף BHI אַגאַר פּלאַטעס ביי 37 °C. נאָך NaCl איז צוגעגעבן צו די BHI אַגאַר פּלאַטעס צו צושטעלן אַ קאַנסאַנטריישאַן קייט פון אַרויף צו 10% וו / וו. די ף קייט איז באשלאסן דורך עראָוביק קולטור אויף BHI אַגאַר פּלאַטעס ביי 37 ° C, ווו די ף קייט איז אַדזשאַסטיד צו צווישן 4 און 9 מיט סטערילע הקל אָדער סטערילע נאַאָה, און דער ציל ף ווערט איז וועראַפייד איידער גיסן די טעלער. פֿאַר סעליאַלער פאַטי זויער אַנאַליסיס, ASxL5T איז געבילדעטערט אויף בהי אַגאַר פֿאַר 3 טעג און עראָוביק ביי 37 °C. לויט די MIDI (Sherlock Microbial Identification System, ווערסיע 6.10) נאָרמאַל פּראָטאָקאָל פון FERA Science Ltd, (יאָרק, וק), צעל פאַטי אַסאַדז זענען יקסטראַקטיד, צוגעגרייט און אַנאַלייזד.
פֿאַר TEM, ASxL5T איז געווען געבילדעטער עראָוביק דורך פארשפרייטן יונאַפאָרמלי אויף BA ביי 37 ° C פֿאַר 24 שעה, און דעמאָלט כאַרוואַסטיד אין 1 מל פון 3% (וו / וו) גלוטאַראַלדעהידע אין 0.1 ם קאַקאָדילאַטע באַפער אין צימער טעמפּעראַטור פאַרריכטן פֿאַר 1 שעה, דעמאָלט סענטריפודזש בייַ 10,000 ג פֿאַר 3 מינוט. דעמאָלט דזשענטלי רעסאַספּאַנד די שרייטל אין 600 μל 0.1 ם קאַקאָדילאַטע באַפער. אַריבערפירן די פאַרפעסטיקט ASxL5T סאַספּענשאַן צו די Formvar / טשאַד פילם אויף אַ 200 מעש קופּער גריד. די באַקטיריאַ זענען סטיינד מיט 0.5% (וו / וו) וראַניל אַסאַטייט פֿאַר 1 מינוט און יגזאַמאַנד דורך TEM ניצן אַ TEI Tecnai G2 12 Biotwin מיקראָסקאָפּ. ווי דערמאנט אויבן, פאַרבינדן די זעלבע נומער פון רויב און פּרעדאַטער אין NZCYM יויך (BD Difco ™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) און ינקובייט פֿאַר 48 שעה אונטער מיקראָעראָביק טנאָים פון קאַמפּילאָבאַקטער אָדער קאַמפּילאָבאַקטער ביי 37 ° C, די ינטעראַקשאַן פון פּרעדאַטער און רויב. איז אויך יגזאַמאַנד דורך TEM. עראָוביק טנאָים פֿאַר Escherichia coli. ינדיפּענדאַנטלי ונטערזוכן רויב און באַפאַלעריש באַקטיריאַ צו באַשליסן קיין ענדערונגען אין צעל מאָרפאָלאָגי רעכט צו פּרעדאַטיאָן. די סודאַן שוואַרץ אופֿן איז געניצט פֿאַר אָפּטיש מיקראָסקאָפּי פון PHB אַקיומיאַליישאַן.
וואַקסן ASxL5T יבערנאַכטיק קאַלטשערז דורך סמירינג וווּקס אויף BHI אָדער BA פּלאַטעס מיט אַ סטערילע ווישער. קלייַבן ASxL5T סעלז און ופהענגען זיי אין MRD (CM0733, Oxoid), און שטעלן זיי בייַ 4 ° C פֿאַר 7 טעג צו הונגערן די סעלז. די NCTC רעפֿערענץ אָדער לאַבאָראַטאָריע לאַגער באַקטיריאַל קולטור איז ינאַקיאַלייטיד אין בהי יויך אָדער נוטריאַנט יויך נומ 2 (קמ007, אָקסאָיד), ינגקיובייטיד יבערנאַכטיק, סענטריפוגעד ביי 13,000 ג און ריסאַספּאַנדיד אין מרד ביז אָד600 איז 0.4. קולטור: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella 146 oxyto6 10817, ליסטעריאַ ספּעציעלע באַקטיריאַ NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus סובמאַרין האַמבורגער NCTC 1621T, סאַלמאָנעללאַ מאָנסטינאַל 7 באַקטיריאַ NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. די Campylobacter באַלעבאָס איז געווען מיקראָאַעראָביקאַל ינגקיובייטיד אויף BA פּלאַטעס בייַ 37 ° C NZM בראָדקאַסט און סוספּענדעד. די טעסטעד קאַמפּילאָבאַקטער האָסץ זענען: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C.i. PT14, C ... קלייַבן סעלז אין MRD, סענטריפודזש ביי 13,000 ג און ריסאַספּענשאַן אין MRD ביז OD600 איז 0.4. לייג אַן אַליקוואָט פון 0.5 מל סאַספּענשאַן צו 5 מל צעלאָזן NZCYM שפּיץ אַגאַר (0.6% אַגאַר) און גיסן עס אויף אַ 1.2% NZCYM דנאָ טעלער. נאָך קיורינג און דרייינג, די סיריאַל דיילוטאַד ASxL5T איז געווען פונאנדערגעטיילט ווי 20 μל דראַפּלאַץ אויף יעדער לאָנקע ברעט אין טריפּליקאַט. די קולטור טעמפּעראַטור און אַטמאָספער אָפענגען אויף די באדערפענישן פון די פּראָבע באַקטיריאַ.
ניצן GenElute ™ באַקטיריאַל גענאָמיק דנאַ קיט (Sigma Aldridge) צו צוגרייטן דנאַ פון באַקטיריאַל יזאָלאַטעס. נאָרמאַל מעטהאָדס זענען געניצט פֿאַר פּקר אַמפּלאַפאַקיישאַן פון 16S rRNA דזשין און פּראָדוקט סיקוואַנס פעסטקייַט ניצן פאַרב טערמאַניישאַן כעמיע (Eurofins Value Read Service, דייַטשלאַנד). ניצן די BLAST-N פּראָגראַם צו פאַרגלייַכן די סיקוואַנסיז מיט אנדערע 16S rRNA דזשין סיקוואַנסיז צו ידענטיפיצירן און קלייַבן ענג פֿאַרבונדענע מינים. די זענען אַליינד מיט ClustalW אין די MEGA X פּראָגראַם. די פילאָגענעטיק בוים איז ריקאַנסטראַקטיד מיט MEGA X מיט די מאַקסימום ליקעליהאָאָד אופֿן באזירט אויף די Tamura-Nei מאָדעל, מיט 1000 גיידיד עקזעמפלארן54. ניצן PureLink ™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, וק) צו עקסטראַקט דנאַ פֿאַר גאַנץ דזשינאָום סיקוואַנסינג. די גענאָמע סיקוואַנס פון ASxL5T איז געווען באשלאסן מיט די Illumina MiSeq קאָמבינאַציע, וואָס באשטייט פון 250 בפּ טאָפּל-ענדיקט לייענען קאַמפּאָוזד פון אַ ביבליאָטעק צוגעגרייט מיט די Nextera לייבלינג קיט און 2 צו 20 קב לאַנג לייענען פון די PacBio פּלאַטפאָרמע. גענאָמיקס דנאַ סיקוואַנסינג פאָרשונג פאַסיליטי אין סעמביע אוניווערסיטעט. די גענאָמע איז פארזאמלט מיט CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, דענמאַרק). ASxL5T קאַלטשערז זענען דאַפּאַזיטיד אין די נאַשאַנאַל טיפּ קולטור קאַלעקשאַן (וק) און די נעטהערלאַנדס באַקטיריאַל קולטור קאַלעקשאַן (NCCB). די גענאָמעס פון פֿאַרבונדענע אָרגאַניזאַמז געניצט פֿאַר פאַרגלייַך זענען: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (אַקסעשאַן נומער HF680312, גאַנץ); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (אַקסעשאַן נומער BMYY01000001, דערענדיקט); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (אַקסעשאַן נומער NZ_AUGV00000000, דערענדיקט); מאַרינאַמאָנאַס קהל DSM 5604T (צוגעלייגט ASM436330v1, דערענדיקט), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (צוגעלייגט MTSD02000001, דערענדיקט) און Thalassolituus sp. C2-1 (לייג NZ_VNIL01000001, דערענדיקט). ניצן JGI Genome Portal36 ביי https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= צו באַשטימען די אַליינמאַנט כעזשבן (AF) און דורכשניטלעך נוקלעיק זויער אידענטיטעט (ANI). אין פּערז. דער אופֿן פון Rodriguez-R & Konstantinidis55 איז געניצט צו באַשטימען אַמינאָ זויער אידענטיטעט (אַאַי). ניצן GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 צו דזשענערייט אַן עסטימאַטעד מאַקסימום מאַשמאָעס פילאָגענעטיק בוים. די אַרייַנשרייַב גענאָמע רעפּריזענטינג די בנימצא רעפֿערענץ גענאָמע איז אויסגעקליבן פֿון רעפֿערענץ גענעראַ יידענאַפייד ווי אַ שייכות צו ASxL5T פֿון די 16S rRNA פילאָגעניי. אַנאַטייטיד דעם בוים מיט די ינטעראַקטיוו בוים פון לעבן אָנליין געצייַג (https://itol.embl.de/). די פאַנגקשאַנאַל אַנאָטאַציע און אַנאַליסיס פון די ASxL5T גענאָמע איז דורכגעקאָכט מיט די BlastKOALA KEGG אָנליין געצייַג מיט די KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) מאָדולע ענריטשמענט פאַרשפּרייטונג. די פאַרשפּרייטונג פון קאָג קאַטעגאָריעס (אָרטאָלאָגאָוס גרופּעס) איז באשלאסן מיט די EggNOG-מאַפּער אָנליין געצייַג.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ און Muñoz-Dorado, J. Bacterial predation: 75 יאר און עס האלט! . סוויווע. מייקראָואָרגאַניזאַמז. 18, 766-779 (2016).
Linares-Otoya, L. עטק דייווערסיטי און אַנטיבאַקטיריאַל פּאָטענציעל פון באַפאַלעריש באַקטיריאַ אויף די פּערווויאַן קאָוסטליין. מאַרץ דרוגס. 15. ע308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
פּאַסטערנאַק, ז. עט על. דורך זייער גענעס, איר וועט פֿאַרשטיין זיי: די גענאָמיק קעראַקטעריסטיקס פון באַפאַלעריש באַקטיריאַ. יסמע י 7, 756-769 (2013).
Sockett, RE די באַפאַלעריש לייפסטייל פון די באַקטעריאָפאַגע בדעלאָוויבריאָ. ינסטאַלירן. פּאַסטער מייקראָובז. 63, 523-539 (2009).
קאָרפּ, י, וועלאַ גוראָוויק, מיז & נעט, עם אַנטיביאַטיקס פון באַפאַלעריש באַקטיריאַ. ביילשטיין י היסטכעמיע 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio און ענלעך אָרגאַניזאַמז זענען פּרידיקטערז פון מיקראָביאָמע דייווערסיטי אין פאַרשידענע באַלעבאָס פּאַפּיאַליישאַנז. מייקראָואָרגאַניזאַמז. עקאָלאָגי. 79, 252-257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. און Ballesté-Delpierre, C. אַנטדעקן דעם קראַנט סטאַטוס פון נייַע אַנטיבאַקטיריאַל אגענטן. קליניש. מייקראָואָרגאַניזאַמז. אָנשטעקן. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
האָבלי, ל עט על. די צווייענדיק פּרעדאַטיאָן פון פאַג און פאַג קענען יראַדאַקייט E. קאָלי רויב אָן אַ איין פּרעדאַטיאָן. י באַקטיריאַ. 202, ע00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF די ציילן און דייווערסיטי פון קאַמפּילאָבאַקטער און באַקטעריאָפאַגעס אפגעזונדערט בעשאַס די פידינג ציקל פון פריי-קייט און אָרגאַניק טשיקאַנז. אַפּפּליקאַטיאָן סוויווע. מייקראָואָרגאַניזאַמז. 71, 1259-1266 (2005).
Wilkinson, DA עטק דערהייַנטיקן די גענאָמיק טאַקסאָנאָמיע און עפּידעמיאָלאָגי פון קאַמפּילאָבאַקטער חזירים. וויסנשאַפֿט. פארשטייער 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: באַניצער-פרייַנדלעך וואָרקפלאָוו פֿאַר סיסטעמען גענאָמיקס. ביאָינפאָרמאַטיקס 35, 4162-4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: א קייפל סיקוואַנס אַליינמאַנט אופֿן וואָס ראַדוסאַז צייַט און פּלאַץ קאַמפּלעקסיטי. BMC בייאַלאַדזשיקאַל אינפֿאָרמאַציע. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: א געצייַג פֿאַר אָטאַמאַטיק אַליינמאַנט און טרימינג אין גרויס-וואָג פילאָגענעטיק אַנאַליסיס. ביאָינפאָרמאַטיקס 25, 1972-1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC דזשין און מעטאַגענאָמיק סיקוואַנס איבערזעצונג אָנהייב פּלאַץ פּראָגנאָז. ביאָינפאָרמאַטיקס 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: קרייַז-פּלאַטפאָרמע און עפעקטיוו NCBI קלאַסאַפאַקיישאַן טאָאָלקיט. Bio Rxiv. (דערגרייכט אויף יוני 1, 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
פּרייַז, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-דערנענטערנ מאַקסימום ליקעליהאָאָד בוים מיט גרויס אַליינמאַנט. PLoS One 5, e9490 (2010).
טאַנגע, אָ גנו פּאַראַלעל. (דערגרייכט אויף יוני 1, 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: קיאָטאָ ענציקלאָפּעדיע פון ​​גענעס און גענאָמעס. נוקלעיק זויער פאָרשונג. 28, 27-30 (2000).
טשעכיי, ל עטק די ראָלע פון ​​עקסטרעמאָליטעס עקטאָינע און כיידראָקסיעקטאָינע ווי דרוק פּראַטעקטערז און נוטריאַנץ: דזשאַנעטיקס, סיסטעם גענאָמיקס, בייאָוקעמאַסטרי, און סטראַקטשעראַל אַנאַליסיס. גענע (באַסעל). 9. ע177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA דיפערענטשאַל פּראָטעין אויסדרוק בעשאַס די גראָוט פון די אַבליגייטיד מאַרינע כיידראָוקאַרבאַן-דיגריידינג באַקטיריאַ Thalassolituus oleivorans MIL-1 בעשאַס די וווּקס פון מיטל און לאַנג קייט אַלקאַנז. פראָנט. מייקראָואָרגאַניזאַמז. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E. און Jurkevitch, E. א נייַע קאָמפּאַראַטיווע גענאָמיקס אופֿן פֿאַר דיפיינינג פענאָטיפּיק-ספּעציפיש ינדיקאַטאָרס ריווילז ספּעציפיש ירושה אין באַפאַלעריש באַקטיריאַ מאַרק. פּובליק וויסנשאַפֿט ביבליאָטעק איינער. 10. ע0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
יאַקימאָוו, מם, אאז"ו ו. Thalassolituus oleevorans דזשין. נאוועמבער, ספּ. נאָוו., אַ נייַע טיפּ פון מאַרינע באַקטיריאַ וואָס ספּעשאַלייזיז אין די נוצן פון כיידראָוקאַרבאַנז. ינטערנאַטיאָנאַליטי. י סיסטעם. עוואָלוציע. מייקראָואָרגאַניזאַמז. 54, 141-148 (2004).
וואַנג, י., יו, עם, ליו, י., יאַנג, X. & זשאַנג, XH Bacterioplanoides pacificum gen. נאוועמבער, ספּ. אין נאוועמבער, עס אפגעשיידט פון די ים וואַסער סערקיאַלייטינג אין די דרום פּאַסיפיק. ינטערנאַטיאָנאַליטי. י סיסטעם. עוואָלוציע. מייקראָואָרגאַניזאַמז. 66, 5010-5015 (2016).