Iru tuntun ti Gram-negative, aerobic, iyọ-ọlọdun, ti nṣiṣe lọwọ, apẹrẹ ọpa, ati kokoro arun ASxL5T ti ya sọtọ lati inu adagun igbe maalu kan ni Nottinghamshire, England, o si lo Campylobacter bi ohun ọdẹ rẹ. Lẹhinna, awọn eya Campylobacter miiran ati awọn ọmọ ẹgbẹ ti idile Enterobacteriaceae ni a ṣe awari bi ohun ọdẹ. Lẹhin subculture laisi awọn sẹẹli agbalejo, idagbasoke aseptic ti ko lagbara ti waye lori Idapo Ọkàn Agar. Awọn ipo idagbasoke ti o dara julọ jẹ 37 °C ati pH jẹ 7. Mikroskopi elekitironi gbigbe ṣe afihan diẹ ninu awọn ẹya ara ẹni dani pupọ ti o ni ibatan si wiwa ohun ọdẹ. Itupalẹ phylogenetic nipa lilo ọna-jiini 16S rRNA tọkasi pe ipinya jẹ ibatan si ọmọ ẹgbẹ kan ti idile Marine Spirulina, ṣugbọn ko le ṣe ipin ni kedere bi ọmọ ẹgbẹ ti eyikeyi iwin ti a mọ. Gbogbo-genome titele ti ASxL5T jẹrisi ibatan pẹlu awọn ọmọ ẹgbẹ ti spirochetes omi. Iwadi data kan fihan pe ọpọlọpọ awọn ASxL5Ts pin awọn ilana jiini 16S rRNA pẹlu ọpọlọpọ awọn kokoro arun ti ko ni aṣa lati inu okun, oju ilẹ ati omi inu ile. A daba pe igara ASxL5T duro fun eya tuntun ni iwin tuntun kan. A ṣeduro orukọ Venatorbacter cucullus gen. Oṣu kọkanla, sp. Ni Oṣu kọkanla, ASxL5T ni a lo bi iru igara.
Awọn kokoro arun apanirun jẹ awọn kokoro arun ti o ṣe afihan agbara lati ṣe ọdẹ ati pa awọn kokoro arun miiran laaye lati gba awọn ohun elo biosynthetic ati agbara. Eyi yatọ si imularada gbogbogbo ti awọn ounjẹ lati awọn microorganisms ti o ku, ati pe o tun yatọ si awọn ibaraenisepo parasitic, ninu eyiti awọn kokoro arun ṣe ibatan timọtimọ pẹlu agbalejo wọn laisi pipa wọn. Awọn kokoro arun apanirun ti ṣe agbekalẹ awọn ọna igbesi aye oriṣiriṣi lati lo anfani awọn orisun ounjẹ lọpọlọpọ ni awọn iho nibiti wọn ti rii (gẹgẹbi awọn ibugbe omi okun). Wọn jẹ ẹgbẹ oniruuru owo-ori, eyiti o sopọ nikan nipasẹ iyipo igbesi aye sterilization alailẹgbẹ wọn1. Awọn apẹẹrẹ ti kokoro arun apanirun ni a ti rii ni ọpọlọpọ awọn phyla oriṣiriṣi, pẹlu: Proteobacteria, Bacteroides, ati Chlorella.3. Sibẹsibẹ, awọn kokoro arun aperanje ti o dara julọ ti a ṣe iwadi ni Bdellovibrio ati Bdellovibrio-ati-like oganisimu (BALOs4). Awọn kokoro arun apanirun jẹ orisun ti o ni ileri ti awọn agbo ogun ti nṣiṣe lọwọ biologically ati awọn aṣoju antibacterial5.
Awọn kokoro arun apanirun ni a gbagbọ lati jẹki oniruuru makirobia ati ni ipa rere lori ilera ilolupo, iṣelọpọ ati iduroṣinṣin6. Pelu awọn abuda rere wọnyi, awọn iwadii diẹ wa lori awọn kokoro arun aperanje tuntun nitori iṣoro ti dida kokoro arun ati iwulo lati farabalẹ ṣe akiyesi awọn ibaraẹnisọrọ sẹẹli lati loye awọn iyipo igbesi aye eka wọn. Alaye yii ko rọrun lati gba lati inu itupalẹ kọnputa.
Ni akoko ti jijẹ resistance antimicrobial, awọn ilana tuntun fun ifọkansi awọn pathogens kokoro-arun ti wa ni iwadi, gẹgẹbi lilo awọn bacteriophages ati kokoro arun apanirun7,8. Awọn kokoro arun ASxL5T ti ya sọtọ ni ọdun 2019 ni lilo imọ-ẹrọ ipinya phage lati igbe maalu ti a gba lati Ile-iṣẹ ifunwara ti Ile-ẹkọ giga ti Nottingham, Nottinghamshire. Idi ti iwadii naa ni lati ya sọtọ awọn oganisimu pẹlu agbara bi awọn aṣoju iṣakoso ti ibi. Campylobacter hyointestinalis jẹ pathogen zoonotic, eyiti o ni nkan ṣe pẹlu awọn arun ifun eniyan10. O wa ni ibi gbogbo ni omi ara ati lilo bi agbalejo ibi-afẹde.
Kokoro ASxL5T ti ya sọtọ lati inu jelly ẹran nitori a ṣe akiyesi pe awọn okuta iranti ti o ṣẹda lori Papa odan ti C. hyointestinalis jẹ iru awọn ti a ṣe nipasẹ awọn bacteriophages. Eyi jẹ wiwa airotẹlẹ, nitori apakan ti ilana ipinya phage pẹlu sisẹ nipasẹ àlẹmọ 0.2 µm, eyiti a ṣe lati yọ awọn sẹẹli kokoro kuro. Ayẹwo airi ti awọn ohun elo ti a fa jade lati okuta iranti fi han pe awọn kokoro arun ti o ni giram-odi ti o ni igun ti o ni irisi ọpá ko kojọpọ polyhydroxybutyrate (PHB). Asa aseptic ti ominira ti awọn sẹẹli ohun ọdẹ jẹ imuse lori alabọde to lagbara (gẹgẹbi agar infusion okan ọpọlọ (BHI) ati agar ẹjẹ (BA)), ati idagbasoke rẹ ko lagbara. O ti wa ni gba lẹhin subculture pẹlu eru inoculum ilọsiwaju. O dagba ni deede daradara labẹ microaerobic (7% v/v oxygen) ati awọn ipo atẹgun oju aye, ṣugbọn kii ṣe ni oju-aye anaerobic. Lẹhin awọn wakati 72, iwọn ila opin ti ileto naa kere pupọ, ti o de 2 mm, ati pe o jẹ alagara, translucent, yika, convex ati didan. Idanwo biokemika boṣewa jẹ idilọwọ nitori ASxL5T ko le ṣe gbin ni igbẹkẹle ninu media olomi, eyiti o ni imọran pe o le gbarale iwọn igbesi aye eka ti iṣelọpọ biofilm. Sibẹsibẹ, idaduro awo naa fihan pe ASxL5T jẹ aerobic, rere fun oxidase ati catalase, ati pe o le fi aaye gba 5% NaCl. ASxL5T jẹ sooro si 10 µg streptomycin, ṣugbọn o ni itara si gbogbo awọn oogun apakokoro miiran ti a ṣe idanwo. Awọn sẹẹli kokoro-arun ASxL5T ni a ṣe ayẹwo nipasẹ TEM (Eyaworan 1). Nigbati o ba dagba laisi awọn sẹẹli ohun ọdẹ lori BA, awọn sẹẹli ASxL5T jẹ kekere Campylobacter, pẹlu ipari gigun ti 1.63 μm (± 0.4), iwọn ti 0.37 μm (± 0.08), ati igi gigun kan (to 5 μm). Ibalopo flagella. O fẹrẹ to 1.6% ti awọn sẹẹli han lati ni iwọn ti o kere ju 0.2 μm, eyiti yoo gba laaye laaye nipasẹ ẹrọ àlẹmọ. Itẹsiwaju igbekalẹ dani ni a ṣakiyesi lori oke awọn sẹẹli kan, ti o jọra si isọgba (Latin cucullus) (wo awọn ọfa ni 1D, E, G). Eyi dabi pe o jẹ ti awọ ara ita ti o pọ ju, eyiti o le jẹ nitori idinku iyara ni iwọn apoowe periplasmic, lakoko ti awọ ita ti o wa ni mimule, ti n ṣafihan irisi “loose”. Aṣa ASxL5T ni aini awọn ounjẹ (ni PBS) fun igba pipẹ ni 4 ° C yorisi pupọ julọ (ṣugbọn kii ṣe gbogbo) awọn sẹẹli ti o nfihan morphology coccal (Nọmba 1C). Nigbati ASxL5T ba dagba pẹlu Campylobacter jejuni bi ohun ọdẹ fun awọn wakati 48, iwọn sẹẹli apapọ jẹ gigun pupọ ati dín ju awọn sẹẹli ti o dagba laisi agbalejo (Table 1 ati Figure 1E). Ni idakeji, nigbati ASxL5T ba dagba pẹlu E. coli bi ohun ọdẹ fun awọn wakati 48, iwọn sẹẹli apapọ gun ati gbooro ju igba ti o dagba laisi ohun ọdẹ (Table 1), ati pe ipari sẹẹli jẹ iyipada, nigbagbogbo nfihan filamentous (Figure 1F). Nigba ti a ba ṣepọ pẹlu Campylobacter jejuni tabi E. coli bi ohun ọdẹ fun wakati 48, awọn sẹẹli ASxL5T ko fihan flagella rara. Tabili 1 ṣe akopọ awọn akiyesi ti awọn ayipada ninu iwọn sẹẹli ti o da lori wiwa, isansa, ati iru ọdẹ ASxL5T.
TEM àpapọ ASx5LT: (A) ASx5LT fihan gun okùn; (B) batiri ASx5LT aṣoju; (C) awọn sẹẹli cocci ASx5LT lẹhin igbaduro pipẹ laisi awọn ounjẹ; (D) ẹgbẹ kan ti awọn sẹẹli ASx5LT ṣe afihan aiṣedeede (E) Ẹgbẹ sẹẹli ASx5LT ti o ni idapo pẹlu ohun ọdẹ Campylobacter fihan gigun sẹẹli ti o pọ si ni akawe pẹlu awọn ti ko ni idagbasoke ohun ọdẹ (D) tun ṣe afihan eto apical; (F) Flamentous Filamentous ti o tobi, awọn sẹẹli ASx5LT, lẹhin igbati o ba wa pẹlu E. coli prey; (G) Ẹyọ ASx5LT ẹyọkan lẹhin abeabo pẹlu E. coli, ti o nfihan ẹya oke dani. Pẹpẹ naa duro fun 1 μm.
Ti npinnu lẹsẹsẹ 16S rRNA jiini (nọmba wiwọle MT636545.1) jẹ ki awọn wiwa data data lati ṣeto awọn ilana ti o jọra si awọn ti o wa ninu kilasi Gammaproteobacteria, ati pe o sunmọ awọn kokoro arun inu omi ni idile spirillum omi (Aworan 2), ati pe wọn jẹ ọmọ ẹgbẹ ti Thalassolituus genus genus Awọn ibatan ti o sunmọ julọ si Marine Bacillus. Ilana jiini 16S rRNA yatọ ni kedere si awọn kokoro arun apanirun ti o jẹ ti idile Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Awọn afiwera-meji ti B. bacteriovorus HD100T (iru igara, DSM 50701) ati B. bacteriovorus DM11A jẹ 48.4% ati 47.7%, ati fun B. exovorus JSS o jẹ 46.7%. Awọn kokoro arun ASxL5T ni awọn ẹda 3 ti jiini 16S rRNA, meji ninu eyiti o jọra si ara wọn, ati pe ẹkẹta jẹ awọn ipilẹ 3 lọtọ. Awọn ipinya meji miiran ti kokoro apanirun (ASx5S ati ASx5O; 16S rRNA awọn nọmba wiwọle jẹ MT636546.1 ati MT636547.1, lẹsẹsẹ) pẹlu iru-ara ati awọn abuda phenotypic lati ipo kanna kii ṣe kanna, ṣugbọn wọn yatọ si ASxL5T ati Kokoro ti ko ni aṣa. awọn ilana data ti wa ni akojọpọ pọ pẹlu awọn ẹya miiran ninu Oceanospirillaceae (Aworan 2). Gbogbo ọkọọkan genome ti ASxL5T ni a ti pinnu ati fipamọ sinu ibi ipamọ data NCBI, ati nọmba wiwọle jẹ CP046056. Jinomi ti ASxL5T ni chromosome ipin kan ti 2,831,152 bp pẹlu ipin G + C ti 56.1%. Ilana jiini ni 2653 CDS (lapapọ), eyiti 2567 jẹ asọtẹlẹ lati ṣe koodu awọn ọlọjẹ, eyiti 1596 le ṣe sọtọ bi awọn iṣẹ ṣiṣe (60.2%). Jiini naa ni awọn jiini ifaminsi 67 RNA, pẹlu awọn rRNA 9 (3 kọọkan fun 5S, 16S, ati 23S) ati awọn tRNA 57. Awọn abuda jinomiki ti ASxL5T ni a ṣe afiwe pẹlu awọn genomes ti o wa ti awọn igara ti iru ojulumo ti o sunmọ julọ ti a damọ lati ọna jiini 16S rRNA (Table 2). Lo idanimọ amino acid (AAI) lati ṣe afiwe gbogbo awọn genomes Thalassolituus ti o wa si ASxL5T. Ilana jiini ti o sunmọ julọ (ti ko pari) ti a pinnu nipasẹ AAI ni Thalassolituus sp. C2-1 (fi NZ_VNIL01000001 kun). Igara yii ti ya sọtọ lati awọn gedegede omi-okun ti Mariana Trench, ṣugbọn lọwọlọwọ ko si alaye phenotypic nipa igara yii fun lafiwe. Ti a ṣe afiwe pẹlu ASxL5T's 2.82 Mb, jiini ara-ara jẹ tobi ni 4.36 Mb. Iwọn jiini aropin ti awọn spirochetes oju omi jẹ nipa 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 awọn genomes itọkasi pipe ti a ṣe iwadii lati https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), nitorina jiini ti ASxL5T wa ni ila pẹlu ibere Akawe si awọn miiran omo egbe, o jẹ ohun kekere. Lo GToTree 1.5.54 lati ṣe agbekalẹ ipilẹ-jinome ti o pọju ti o ṣeeṣe igi phylogenetic (Figure 3A), ni lilo awọn ilana amino acid ti o ni ibamu ati ti o somọ ti awọn jiini ẹda-ọkan 172 ni pato si Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. Onínọmbà fihan pe o ni ibatan pẹkipẹki pẹlu Thalassolituus, Plane Bacterial, ati Bacterium Marine. Sibẹsibẹ, awọn data wọnyi fihan pe ASxL5T yatọ si awọn ibatan rẹ ni Marine Spirulina ati pe data lẹsẹsẹ genome rẹ wa.
Igi phylogenetic ti o nlo ọna-ara 16S rRNA ti o ṣe afihan ipo ti ASxL5T, ASxO5, ati ASxS5 awọn igara (pẹlu awọn ikun) ti o ni ibatan si awọn igara kokoro-arun ti ko ni idagbasoke ati omi okun ni Marine Spirulinaceae. Nọmba wiwọle Genbank tẹle orukọ igara ni awọn akọmọ. Lo ClustalW lati ṣe deede awọn ilana, ati lo ọna iṣeeṣe ti o pọju ati awoṣe Tamura-Nei lati ṣe alaye awọn ibatan phylogenetic, ati ṣe awọn atunṣe itọsọna 1000 ninu eto MEGA X. Nọmba ti o wa lori ẹka tọkasi pe iye ẹda itọsọna jẹ tobi ju 50%. Escherichia coli U/541T ni a lo bi ẹgbẹ kan.
(A) Igi phylogenetic kan ti o da lori jiini, ti o nfihan ibatan laarin kokoro-arun Spirospiraceae omi okun ASxL5T ati awọn ibatan rẹ ti o sunmọ, E. coli U 5/41T bi ẹgbẹ kan. (B) Ti a bawe pẹlu T. oleivorans MIL-1T, ipinpinpin ẹka iṣẹ ṣiṣe ti awọn jiini jẹ asọtẹlẹ ti o da lori iṣupọ ẹgbẹ orthologous (COG) ti amuaradagba ASx5LT. Nọmba ti o wa ni apa osi fihan nọmba awọn jiini ni ẹka COG iṣẹ kọọkan ni jiini kọọkan. Aworan ti o wa ni apa ọtun fihan ipin ogorun awọn genomes ti o wa ninu ẹgbẹ COG iṣẹ kọọkan. (C) Ti a bawe pẹlu T. oleiverans MIL-1T, itupalẹ ti KEGG pipe (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) ọna modular ti ASxL5T.
Lilo data data KEGG lati ṣe ayẹwo awọn jiini paati ti o wa ninu jiini ASxL5T ṣe afihan ipa ọna ijẹ-ara aṣoju ti aerobic gamma Proteus. ASxL5T ni apapọ awọn Jiini 75 ti a sọtọ si awọn ọlọjẹ motor ti kokoro, pẹlu awọn Jiini ti o ni ipa ninu chemotaxis, apejọ flagella, ati iru eto fimbriae IV. Ninu ẹka ti o kẹhin, 9 ninu 10 awọn Jiini ni o ni iduro fun lilọ kiri ti ọpọlọpọ awọn oganisimu miiran. Jinomii ti ASxL5T ni ọna pipe tetrahydropyrimidine biosynthetic ti o ṣe alabapin ninu idahun aabo si osmotic stress20, bi o ti ṣe yẹ fun awọn halophiles. Jinomisi naa tun ni ọpọlọpọ awọn ipa ọna pipe fun awọn cofactors ati awọn vitamin, pẹlu awọn ipa ọna iṣelọpọ riboflavin. Botilẹjẹpe jiini alkane 1-monooxygenase (alkB2) wa ninu ASxL5T, ọna lilo hydrocarbon ko pari. Ninu ilana-ara-ara ti ASxL5T, awọn homologues ti awọn Jiini ti a mọ bi o ṣe pataki julọ fun ibajẹ hydrocarbons ni T. oleiverans MIL-1T21, gẹgẹbi TOL_2658 (alkB) ati TOL_2772 (ọti dehydrogenase) ko si ni gbangba. Nọmba 3B ṣe afihan lafiwe ti pinpin jiini ni ẹka COG laarin ASxL5T ati epo Olifi MIL-1T. Lapapọ, jiini ASxL5T ti o kere julọ ni awọn jiini ti o dinku ni iwọn lati ẹya COG kọọkan ni akawe si jiini ti o ni ibatan nla. Nigbati nọmba awọn Jiini ninu ẹka iṣẹ kọọkan jẹ afihan bi ipin kan ti jiini, a ṣe akiyesi awọn iyatọ ninu ipin ogorun awọn Jiini ninu itumọ, eto ribosomal ati awọn ẹka biogenesis, ati iṣelọpọ agbara ati awọn ẹka iṣẹ iyipada, eyiti o jẹ ASxL5T nla. genome Iwọn naa jẹ afiwe pẹlu ẹgbẹ kanna ti o wa ninu jiini T. oleiverans MIL-1T. Ni idakeji, ni akawe pẹlu ASxL5T genomii, T. oleivorans MIL-1T ni ipin ti o ga julọ ti awọn Jiini ninu ẹda, atunṣe ati atunṣe, ati awọn ẹka transcription. O yanilenu, iyatọ nla julọ ninu akoonu ti ẹka iṣẹ kọọkan ti awọn genomes meji ni nọmba awọn jiini ti a ko mọ ti o wa ni ASxL5T (Figure 3B). Atunyẹwo imudara ti awọn modulu KEGG ni a ṣe, nibiti module KEGG kọọkan ṣe aṣoju eto ti awọn ẹya iṣẹ ṣiṣe ti afọwọṣe fun asọye ati itumọ imọ-jinlẹ ti data ọkọọkan genome. Ifiwera ti pinpin jiini ni ọna ọna module KOG pipe ti ASxL5T ati olifi MIL-1T ni a fihan ni Nọmba 3C. Itupalẹ yii fihan pe botilẹjẹpe ASxL5T ni imi-ọjọ pipe ati ipa ọna iṣelọpọ nitrogen, T. oleiverans MIL-1T ko ṣe. Ni idakeji, T. oleiverans MIL-1T ni pipe cysteine ​​​​ati ọna ti iṣelọpọ methionine, ṣugbọn ko pe ni ASxL5T. Nitorinaa, ASxL5T ni module abuda kan fun assimilation sulfate (ti a ṣalaye bi akojọpọ awọn jiini ti o le ṣee lo bi awọn ami ami-aye, gẹgẹbi agbara iṣelọpọ tabi pathogenicity; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Ni T oleiverans MIL-1T. Ifiwera akoonu jiini ti ASxL5T pẹlu atokọ ti awọn Jiini ti o daba igbesi aye apanirun jẹ aipe. Botilẹjẹpe jiini waaL ti n ṣe koodu ligase ti o ni nkan ṣe pẹlu O antigen polysaccharide si mojuto wa ninu genome ASxL5T (ṣugbọn o wọpọ ni ọpọlọpọ awọn kokoro arun Gram-negative), tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) Awọn Genes le pẹlu 60 amino awọn agbegbe acid ti o wọpọ ni awọn kokoro arun aperanje ti ko si. Ko si awọn jiini abuda apanirun miiran ninu jiini ASxL5T, pẹlu awọn enzymu fifi koodu ti o ni ipa ninu biosynthesis isoprenoid ni ipa ọna mevalonate. Ṣe akiyesi pe ko si jiini ilana transcriptional gntR ninu ẹgbẹ aperanje ti a ṣe ayẹwo, ṣugbọn awọn jiini gntR mẹta ni a le ṣe idanimọ ni ASxL5T.
Awọn abuda phenotypic ti ASxL5T ni a ṣoki ni Tabili 3 ati ni afiwe pẹlu awọn abuda phenotypic ti genera ti o ni ibatan 23, 24, 25, 26, ati 27 ti a royin ninu awọn iwe-iwe. Awọn ti o ya sọtọ lati T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, ati Oceanobacter kriegii ti nṣiṣe lọwọ, iyọ-ọlọdun, awọn ara-ọpa ti o dara oxidase, ṣugbọn ko ni awọn abuda phenotypic miiran pẹlu ASxL5T. Apapọ pH ti okun jẹ 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), eyiti o farahan ninu T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ati O. kirigi. ASxL5T dara fun iwọn pH ti o tobi ju (4-9) aṣoju ti iru ti kii ṣe oju omi. Awọn abuda Phenotypic ti Thalassolituus sp. C2-1. Aimọ. Iwọn iwọn otutu idagba ti ASxL5T ni gbogbogbo gbooro ju ti awọn igara omi (4-42 °C), botilẹjẹpe diẹ ninu ṣugbọn kii ṣe gbogbo awọn ipinya T. marinus jẹ ifarada ooru. Ailagbara lati dagba ASxL5T ni media broth ṣe idiwọ isọdi phenotypic siwaju sii. Lo API 20E lati ṣe idanwo awọn ohun elo ti a fọ ​​lati inu awo BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, lilo citrate, urease, tryptophan deaminase, gelatin hydrolysis Enzyme, awọn abajade idanwo jẹ gbogbo odi, ṣugbọn ko si indole, acetoin ati H2S won produced. Awọn carbohydrates ti ko ni iwú pẹlu: glucose, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin ati arabinose. Ti a ṣe afiwe pẹlu awọn igara itọkasi ti o ni ibatan ti a tẹjade, profaili fatty acid cellular ti igara ASxL5T ni a fihan ni Tabili 4. Awọn acid fatty cellular akọkọ jẹ C16: 1ω6c ati / tabi C16: 1ω7c, C16: 0 ati C18: 1ω9. Awọn acid fatty hydroxy C12: 0 3-OH ati C10: 0 3-OH tun wa. Ipin C16:0 ni ASxL5T ga ju iye ti a royin ti iran ti o jọmọ. Ni idakeji, ni akawe pẹlu T. marinus IMCC1826TT ti a royin, ipin ti C18: 1ω7c ati / tabi C18: 1ω6c ni ASxL5T ti dinku. oleivorans MIL-1T ati O. kriegii DSM 6294T, sugbon ko ri ni B. sanyensis KCTC 32220T. Ifiwera awọn profaili fatty acid ti ASxL5T ati ASxLS ṣe afihan awọn iyatọ arekereke ni iye awọn acids fatty kọọkan laarin awọn igara meji, eyiti o ni ibamu pẹlu ilana DNA jiini ti iru kanna. Ko si awọn patikulu poly-3-hydroxybutyrate (PHB) ti a rii ni lilo idanwo dudu Sudan.
Iṣẹ ṣiṣe asọtẹlẹ ti kokoro-arun ASxL5T ni a ṣe iwadi lati pinnu iwọn ohun ọdẹ. Kokoro yii le ṣe awọn okuta iranti lori eya Campylobacter, pẹlu: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ati C. upsaliensis NCTC 11541T. Lo awọn aṣa ti a ṣe akojọ si ni apakan ipinnu ibiti ogun ti ọna lati ṣe idanwo iwọn to gbooro ti Gram-negative ati awọn kokoro arun rere Giramu. Awọn abajade fihan pe ASxL5T tun le ṣee lo ni Escherichia coli NCTC 86 ati Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaques akoso lori Klebsiella oxytoca 11466. TEM ibaraenisepo pẹlu E. coli NCTC 86 han ni Figure 4A-D, ati awọn ibaraenisepo pẹlu Campylobacter jejuni PT14 ati Campylobacter suis S12 han ni Figure 4E-H arin. Ilana ikọlu naa dabi pe o yatọ laarin awọn iru ohun ọdẹ ti idanwo, pẹlu ọkan tabi diẹ ẹ sii awọn sẹẹli E. coli ti a so mọ sẹẹli ASxL5T kọọkan ati ipo ni ita lẹgbẹẹ sẹẹli ti o gbooro ṣaaju ipolowo. Ni idakeji, ASxL5T han lati so mọ Campylobacter nipasẹ aaye olubasọrọ kan, nigbagbogbo ni olubasọrọ pẹlu apex ti sẹẹli aperanje ati nitosi apex ti sẹẹli Campylobacter (Figure 4H).
TEM ti nfihan ibaraenisepo laarin ASx5LT ati ohun ọdẹ: (AD) ati E. coli prey; (EH) and C. jejuni prey. (A) Aṣoju ASx5LT sẹẹli ti a sopọ mọ sẹẹli E. coli (EC) kan; (B) ASX5LT filamentous ti a so mọ sẹẹli EC kan; (C) sẹẹli ASx5LT filamentous ti a ti sopọ si awọn sẹẹli EC pupọ; (D) Asomọ Awọn sẹẹli ASx5LT Kere lori sẹẹli E. coli (EC) kan; (E) sẹẹli ASx5LT kan ti o sopọ mọ sẹẹli Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT kọlu awọn sẹẹli C. hyointestinalis (CH); (G) Awọn sẹẹli ASx5LT meji kan kọlu sẹẹli CJ kan; (H) Wiwo isunmọ ti aaye asomọ ASx5LT, nitosi apex ti sẹẹli CJ (ọpa 0.2 μm). Pẹpẹ naa duro fun 1 μm ni (A-G).
Awọn kokoro arun apanirun ti wa lati lo anfani ti awọn orisun lọpọlọpọ ti ohun ọdẹ. O han ni, wọn wa ni ibigbogbo ni ọpọlọpọ awọn agbegbe oriṣiriṣi. Nitori iwọn dín ti awọn ọmọ ẹgbẹ olugbe, o ṣee ṣe lati ya sọtọ kokoro arun ASxL5T kuro ninu slurry nipa lilo ọna iyapa phage. Ibaramu jiini ti ASxL5T si awọn ọmọ ẹgbẹ ti idile oceanospirillaceae ti awọn kokoro arun oju omi jẹ iyalẹnu, botilẹjẹpe ara-ara jẹ ọlọdun iyọ ati pe o le dagba lori alabọde ti o ni 5% iyọ. Ayẹwo didara omi ti slurry fihan pe akoonu iṣuu soda kiloraidi ko kere ju 0.1%. Nítorí náà, ẹrẹ̀ jìnnà sí àyíká inú omi—àti àgbègbè àti kẹ́míkà. Iwaju awọn iyasọtọ mẹta ti o ni ibatan ṣugbọn oriṣiriṣi oriṣiriṣi lati orisun kanna n pese ẹri pe awọn aperanje wọnyi n dagba ni agbegbe ti kii ṣe omi okun. Ni afikun, itupalẹ microbiome (awọn faili data ti o wa lati https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) fihan pe iru jiini 16S rRNA kanna wa ni oke 50 taxa iṣẹ ṣiṣe lọpọlọpọ (OTU) ) Ni awọn aaye arin iṣapẹẹrẹ diẹ ti pẹtẹpẹtẹ. Ọpọlọpọ awọn kokoro arun ti ko ni aṣa ni a rii ni ibi ipamọ data Genbank, eyiti o ni awọn ilana jiini 16S rRNA ti o jọra si kokoro arun ASxL5T. Awọn itọsẹ wọnyi, papọ pẹlu awọn itọsẹ ti ASxL5T, ASxS5, ati ASxO5, dabi ẹni pe o ṣe aṣoju awọn clades oriṣiriṣi ti o yapa si Thalassolituus ati Oceanobacter (Aworan 2). Awọn iru mẹta ti awọn kokoro arun ti ko ni aṣa (GQ921362, GQ921357 ati GQ921396) ni a ya sọtọ lati inu omi fissure ni ijinle 1.3 kilomita ni ibi-iwaku goolu ti South Africa ni ọdun 2009, ati awọn meji miiran (DQ256320 ati DQ337006) jẹ lati inu omi ilẹ South Africa. ni ọdun 2005). Ọna-jiini 16S rRNA ti o ni ibatan pupọ julọ si ASxL5T jẹ apakan ti ọna jiini 16S rRNA ti a gba lati aṣa imudara ti awọn gedegede iyanrin ti a gba lati awọn eti okun ti ariwa Faranse ni ọdun 2006 (nọmba wiwọle AM29240828). Ilana jiini 16S rRNA miiran ti o ni ibatan pẹkipẹki lati inu kokoro arun HQ183822.1 ti ko ni aṣa ni a gba lati inu ojò ikojọpọ kan ti o jo lati ibi idalẹnu ilu ni Ilu China. O han ni, awọn kokoro arun ASxL5T kii ṣe aṣoju giga ni awọn apoti isura infomesonu taxonomic, ṣugbọn awọn ilana wọnyi lati awọn kokoro arun ti ko ni aṣa ni o ṣee ṣe lati ṣe aṣoju awọn ohun alumọni ti o jọra ASxL5T, eyiti o pin kaakiri agbaye, nigbagbogbo ni awọn agbegbe nija. Lati gbogbo itupalẹ phylogenetic genome, ibatan ti o sunmọ julọ si ASxL5T ni Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Ati O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus jẹ ọmọ ẹgbẹ ti awọn kokoro arun ti o jẹ dandan hydrocarbon fragmentation (OHCB), eyiti o tan kaakiri ni awọn agbegbe okun ati ti ilẹ, ti o si maa n di alakoso lẹhin awọn iṣẹlẹ idoti hydrocarbon30,31. Awọn kokoro arun inu omi kii ṣe ọmọ ẹgbẹ ti OHCB, ṣugbọn o ya sọtọ si agbegbe okun.
Awọn data Phenotypic fihan pe ASxL5T jẹ ẹya tuntun ati ọmọ ẹgbẹ ti iwin ti a ko mọ tẹlẹ ninu idile spirospiraceae omi okun. Lọwọlọwọ ko si boṣewa ti o han gbangba lati ṣe lẹtọ awọn igara ti o ya sọtọ tuntun si iwin tuntun kan. A ti ṣe awọn igbiyanju lati pinnu awọn aala gbogbo agbaye, fun apẹẹrẹ, da lori ipin ogorun ti jiini ti amuaradagba Konsafetifu (POCP), a gba ọ niyanju pe iye gige gige jẹ 50% aami si igara itọkasi33. Awọn miiran daba lilo awọn iye AAI, eyiti o ni awọn anfani lori POCP nitori wọn le gba lati awọn genomes34 ti ko pe. Onkọwe gbagbọ pe ti iye AAI ba kere ju 74% ni akawe pẹlu igara awoṣe ti eya awoṣe, igara jẹ aṣoju ti oriṣiriṣi oriṣiriṣi. Awọn iwin awoṣe ninu awọn tona spirillaceae jẹ tona spirillum, ati awọn igara awoṣe jẹ O. linum ATCC 11336T. Iye AAI laarin ASxL5T ati O. linum ATCC 11336T jẹ 54.34%, ati pe iye AAI laarin ASxL5T ati T. oleivorans MIL-1T (awọn igara iru iwin) jẹ 67.61%, ti o nfihan pe ASxL5T ṣe afihan iwin tuntun ti o yatọ si Thalassolituus. Lilo ọna-ara jiini 16S rRNA gẹgẹbi boṣewa isọdi, aala iyasilẹ iwin ti a daba jẹ 94.5%35. ASxL5T ni a le gbe sinu iwin Thalassolituus, ti o nfihan idanimọ ọkọọkan 95.03% 16S rRNA pẹlu T. oleivorans MIL-1T ati 96.17%. marinus IMCC1826T. Bibẹẹkọ, yoo tun gbe sinu iwin Bacteroides ti o ni idanimọ jiini 94.64% 16S rRNA pẹlu B. sanyensis NV9, ti o nfihan pe lilo jiini kan gẹgẹbi 16S rRNA pupọ le ja si iyasọtọ lainidii ati iṣẹ iyansilẹ. Ọna ti a daba miiran nlo ANI ati Genom Alignment Score (AF) lati ṣe ayẹwo akojọpọ awọn aaye data lati gbogbo awọn iru ati awọn igara ti kii ṣe iru ti ipilẹṣẹ ti o wa tẹlẹ. Onkọwe ṣe iṣeduro apapọ aala iwin pẹlu aaye inflection ti iwin ifoju kan pato si taxa ti a ṣe atupale. Bibẹẹkọ, ti ko ba si awọn ilana genome pipe lati awọn ipinya Thalassolituus, ko ṣee ṣe lati pinnu boya ASxL5T jẹ ti iwin Thalassolituus nipasẹ ọna yii. Nitori wiwa ti o ni opin ti awọn ilana genome pipe fun itupalẹ, gbogbo igi genome phylogenetic yẹ ki o tumọ pẹlu iṣọra. Ni ẹẹkeji, gbogbo awọn ọna lafiwe genome ko le ṣe akọọlẹ fun awọn iyatọ idaran ninu iwọn awọn genomes akawe. Wọn ṣe iwọn ibajọra ti awọn jiini ẹda-ẹyọkan ti o fipamọ laarin iran ti o jọmọ, ṣugbọn ko ṣe akiyesi nọmba nla ti awọn Jiini ti ko wa ninu jiini kekere ti ASxL5T. O han ni, ASxL5T ati awọn ẹgbẹ pẹlu Thalassolituus, Oceanobacter, ati Bacterioplanes ni baba ti o wọpọ, ṣugbọn itankalẹ ti gba ọna ti o yatọ, ti o yori si idinku ninu genome, eyiti o le jẹ lati ṣe deede si igbesi aye apanirun. Eyi jẹ iyatọ si T. oleivorans MIL-1T, eyiti o jẹ 28% tobi ati pe o ti wa labẹ awọn igara ayika ti o yatọ lati lo hydrocarbons23,30. Ifiwera ti o nifẹ si le ṣee ṣe pẹlu ọranyan parasites intracellular ati awọn symbionts, gẹgẹbi Rickettsia, Chlamydia, ati Buchnera. Iwọn jiini wọn jẹ nipa 1 Mb. Agbara lati lo awọn iṣelọpọ sẹẹli agbalejo yori si pipadanu jiini, nitorinaa Labẹ ibajẹ jiini ti itiranya pataki. Awọn iyipada ti itiranya lati awọn oganisimu kẹmika omi okun si awọn igbesi aye apanirun le ja si idinku kanna ni iwọn jiini. Iṣiro COG ati KEGG ṣe afihan nọmba awọn jiini ti a lo fun awọn iṣẹ kan pato ati awọn iyatọ agbaye ni awọn ipa ọna genomic laarin ASxL5T ati T. oleivorans MIL-1T, eyiti kii ṣe nitori wiwa kaakiri ti awọn eroja jiini alagbeka. Iyatọ ni ipin G + C ti gbogbo genome ti ASxL5T jẹ 56.1%, ati ti T. oleivorans MIL-1T jẹ 46.6%, eyiti o tun tọka si pe o ti ya sọtọ.
Ṣiṣayẹwo akoonu ifaminsi ti ASxL5T jinomii n pese awọn oye iṣẹ ṣiṣe sinu awọn abuda phenotypic. Iwaju awọn jiini fifi koodu iru IV fimbriae (Tfp) jẹ iwulo pataki nitori pe wọn ṣe agbega gbigbe sẹẹli, ti a pe ni gliding awujọ tabi gbigbọn, laisi flagella lori dada. Gẹgẹbi awọn ijabọ, Tfp ni awọn iṣẹ miiran, pẹlu predation, pathogenesis, iṣelọpọ biofilm, gbigbe DNA adayeba, ikojọpọ sẹẹli laifọwọyi ati idagbasoke38. Jiini ASxL5T ni awọn Jiini 18 ti o nfi koodu diguanylate cyclase (enzymu kan ti o nfa iyipada ti 2 guanosine triphosphate sinu guanosine 2 fosifeti ati cyclic diGMP) ati awọn Jiini 6 ti o ṣe koodu diguanylate cyclase fosifeti diguanylate ti o baamu. Jiini fun esterase (catalyzing awọn ibajẹ ti cyclic di-GMP si guanosine monophosphate) jẹ ohun ti o wuni nitori cycl-di-GMP jẹ ojiṣẹ keji pataki ti o ni ipa ninu idagbasoke biofilm ati iyapa, gbigbe, asomọ sẹẹli ati virulence 39, 40 ninu ilana naa. O yẹ ki o tun ṣe akiyesi pe ni Bdellovibrio bacteriovorus, cyclic ė GMP ti han lati ṣakoso iyipada laarin igbesi aye ọfẹ ati igbesi aye apanirun41.
Pupọ julọ iwadi lori kokoro arun apanirun ti dojukọ Bdellovibrio, awọn ohun alumọni bi Bdellovibrio, ati awọn eya Myxococcus. Awọn wọnyi ati awọn apẹẹrẹ miiran ti a mọ ti awọn kokoro arun aperanje dagba ẹgbẹ ti o yatọ. Pelu oniruuru yii, akojọpọ awọn idile amuaradagba abuda ti o ṣe afihan awọn phenotypes ti awọn kokoro arun apanirun 11 ti a mọ ti jẹ idanimọ3,22. Sibẹsibẹ, awọn Jiini nikan ti o ṣe koodu O antigen ligase (waaL) ni a ti mọ, eyiti o wọpọ ni pataki ni awọn kokoro arun Gram-negative. Fọọmu onínọmbà yii ko ṣe iranlọwọ ni yiyan ASxL5T bi apanirun, boya nitori pe o nlo ilana ikọlu aramada. Wiwa ti awọn genomes kokoro apanirun ti o yatọ pupọ yoo ṣe iranlọwọ lati ṣe agbekalẹ awọn itupalẹ ipinnu ti o dara julọ ti o ṣe akiyesi ẹri iṣẹ-ṣiṣe ati awọn iyatọ ayika laarin awọn ọmọ ẹgbẹ ẹgbẹ. Awọn apẹẹrẹ ti awọn kokoro arun aperanje ti ko si ninu itupalẹ yii pẹlu awọn ọmọ ẹgbẹ ti Cupriavidus necator42 ati Bradymonabacteria43, nitori bi awọn oniwadi ṣe n ṣewadii awọn agbegbe microbial ti o yatọ, awọn taxa apanirun diẹ sii ni idasilẹ.
Ẹya ti o ṣe akiyesi julọ ti awọn kokoro arun ASxL5T ti o mu nipasẹ aworan TEM jẹ alailẹgbẹ rẹ ati imọ-ara ti o rọ, eyiti o le ṣe igbelaruge ibaraenisepo pẹlu awọn kokoro arun ọdẹ. Iru ibaraenisepo ti a ṣe akiyesi yatọ si awọn kokoro arun apanirun miiran ati pe ko ti ṣe awari tẹlẹ tabi royin. Ilana igbesi aye apanirun ASxL5T ti a pinnu ni a fihan ni Nọmba 5. Awọn apẹẹrẹ diẹ wa ninu awọn iwe-kikọ pẹlu awọn ẹya apical ti o jọra bi a ṣe n ṣe ijabọ nibi, ṣugbọn awọn apẹẹrẹ wọnyi pẹlu Terasakiispira papahanaumokuakeensis, kokoro arun spirillum ti omi ti o ni igba diẹ 44 apex enlargement, ati Alphaproteobacteria, Terasakiella pus , ti o jẹ ti iwin Oceanospirillum tẹlẹ, ifihan Awọn ohun ti a npe ni "fiimu pola" 45. Awọn fọọmu Cocci nigbagbogbo ni a ṣe akiyesi ni awọn aṣa ti ogbologbo, paapaa fun awọn kokoro arun ti o ni awọn fọọmu ti a tẹ, gẹgẹbi Vibrio, Campylobacter, ati Helicobacter 46, 47, 48, eyiti o le ṣe aṣoju ipo ti o bajẹ. Iṣẹ diẹ sii ni a nilo lati ṣe alaye iwọn-aye deede ti kokoro-arun ASxL5T. Lati pinnu bawo ni o ṣe gba ati ohun ọdẹ, ati boya jiomedi rẹ ṣe koodu awọn agbo ogun ti nṣiṣe lọwọ biologically ti o le ṣee lo fun iṣoogun tabi awọn idi imọ-ẹrọ.
Apejuwe ti Venatorbacter gen. Kọkànlá Oṣù Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. ti wa ni kq ti venators lati L. n. venator,'ode' ati Gr. n. bacter, 'ọpá kan'. Venatorbacter,'a ọdẹ ọpá' Awọn sẹẹli jẹ aerobic, iyọ-ọlọra, abawọn Giramu ti ko dara, ọpá adaṣe ati iṣẹ PHB ko ni akopọ Iwọn otutu ti 4 si 42 °C Ingrown Iwọn pH ti 4-9 jẹ ohun ajeji ninu awọn igbin omi, pupọ julọ ko ni ifarada ti pH ekikan. C18: 1ω9 ; C12: 0 3-OH ati C10: 0 3-OH ti wa ni ri bi hydroxy ọra Awọn acids .
Apejuwe ti Venatorbacter cucullus sp. Kọkànlá Oṣù Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus tumo si fairing).
Ni afikun, ẹya ijuwe ti iwin yii ni pe nigba ti o dagba lori BA tabi BHI, awọn sẹẹli naa gun 1.63 µm ati 0.37 µm fifẹ. Awọn ileto ti o wa lori BHI agar kere pupọ, ti de 2 mm ni iwọn ila opin lẹhin awọn wakati 72. Wọn jẹ alagara, translucent, yika, convex ati didan. Awọn ọmọ ẹgbẹ ti eya yii le lo Escherichia coli ati Klebsiella. Campylobacter ati ọpọlọpọ awọn kokoro arun Gram-odi miiran ṣiṣẹ bi ohun ọdẹ.
Aṣoju igara ASxL5T ti ya sọtọ lati wara ẹran ni Nottinghamshire, UK, ti o si wa ni ipamọ ni Akojọpọ Iru Aṣa ti Orilẹ-ede (UK): nọmba wiwọle NCTC 14397 ati Nọmba Ijọpọ Aṣa Bacterial Bacterial Netherlands (NCCB) nọmba NCCB 100775. Ilana jiini pipe ti ASxL5T ti wa ni ipamọ ni Genbank ni ibamu si afikun ti CP046056.
Awọn kokoro arun ASxL5T ti ya sọtọ lati wara ẹran nipa lilo imọ-ẹrọ ipinya phage9,49. A ti fomi slurry 1: 9 (w / v) ni ifipamọ SM (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O ati 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Lẹhinna incubate ni 4°C fun wakati 24, yiyi lọra lati gbe awọn aperanje jade sinu ifipamọ. Idaduro ti wa ni centrifuged ni 3000g fun awọn iṣẹju 3. A ti gba agbara ti o ga julọ ti a si fi centrifuged ni 13,000g fun akoko keji fun awọn iṣẹju 5. Agbara agbara lẹhinna kọja nipasẹ 0.45 µm àlẹmọ awo ilu (Minisart; Sartorius, Gottingen, Jẹmánì) ati àlẹmọ awo membrane 0.2 µm kan (Minisart) lati yọ eyikeyi awọn sẹẹli kokoro-arun ti o ku kuro. ASxL5T le kọja awọn asẹ wọnyi. Papa odan agar rirọ ti Campylobacter enterosus S12 (Nọmba wiwọle NCBI CP040464) lati inu slurry kanna ni a pese sile ni lilo awọn ilana boṣewa. Ti pin slurry ti a yan sori ọkọọkan awọn awo sẹẹli agbalejo ni 10 µl droplets ni meteta ati gba laaye lati gbẹ. A ti fi awo naa sinu ojò microaerophilic ni 37 ° C fun awọn wakati 48 labẹ awọn ipo microaerobic (5% O2, 5% H2, 10% CO2, ati 80% N2). Aami okuta ti o han ti o gba ni a fa jade sinu ifipamọ SM ati gbe lọ si Papa odan tuntun ti C. hyointestinalis S12 lati tan siwaju si awọn oganisimu lysed. Ni kete ti o ba pinnu pe awọn kokoro arun jẹ idi ti okuta iranti lytic kii ṣe phage, gbiyanju lati dagba ohun-ara ni ominira ti agbalejo ati ṣe apejuwe rẹ siwaju. A ṣe aṣa aerobic ni 37 ° C pẹlu 5% v / v defibrinated ẹṣin ẹjẹ (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, afikun). Gẹgẹbi awọn itọnisọna ti Igbimọ Awọn Iṣeduro Ile-iwosan ti Orilẹ-ede, ọna pinpin disiki ni a lo fun idanwo alailagbara antibacterial. BHI agar ti wa ni gbin ni 37 °C nipa lilo disiki ti o ni awọn egboogi wọnyi (Oxoid) fun aṣa aerobic: amoxicillin ati clavulanic acid 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidixic acid 30 µg; Impenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; Chloramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. Ifarada iyọ jẹ idasilẹ nipasẹ isọdọtun aerobic lori awọn awo agar BHI ni 37 °C. Afikun NaCl ni a ṣafikun si awọn awo agar BHI lati pese iwọn ifọkansi ti o to 10% w/v. Iwọn pH jẹ ipinnu nipasẹ aṣa aerobic lori awọn awo agar BHI ni 37 ° C, nibiti a ti ṣatunṣe iwọn pH si laarin 4 ati 9 pẹlu HCl ti ko ni ifo tabi NaOH, ati pe iye pH ibi-afẹde ti jẹri ṣaaju ki o to tú awo naa. Fun itupalẹ cellular fatty acid, ASxL5T ti gbin lori BHI agar fun awọn ọjọ 3 ati aerobic ni 37 °C. Ni ibamu si MIDI (Sherlock Microbial Identification System, version 6.10) Ilana boṣewa ti FERA Science Ltd, (York, UK), awọn acid fatty cell ni a fa jade, pese ati itupalẹ.
Fun TEM, ASxL5T jẹ aṣa aerobic nipasẹ itankale ni iṣọkan lori BA ni 37 ° C fun awọn wakati 24, ati lẹhinna ikore sinu 1 milimita ti 3% (v/v) glutaraldehyde ni 0.1 M cacodylate buffer ni iwọn otutu yara Fix fun wakati 1, lẹhinna centrifuge ni 10,000 g fun iṣẹju 3. Lẹhinna rọra tun da pellet duro ni 600 μl 0.1 M cacodylate ifipamọ. Gbe idaduro ASxL5T ti o wa titi lọ si Formvar/fiimu erogba lori akoj idẹ apapo 200 kan. Awọn kokoro arun ti wa ni abariwon pẹlu 0.5% (w/v) uranyl acetate fun iseju 1 ati ayewo nipasẹ TEM nipa lilo a TEI Tecnai G2 12 Biotwin microscope. Gẹgẹbi a ti sọ loke, darapọ nọmba kanna ti ọdẹ ati aperanje ni NZCYM broth (BD Difco ™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) ati incubate fun awọn wakati 48 labẹ awọn ipo microaerobic ti Campylobacter tabi Campylobacter ni 37 ° C, Ibaraẹnisọrọ ti aperanje ati ohun ọdẹ tun ṣe ayẹwo nipasẹ TEM. Awọn ipo aerobic fun Escherichia coli. Ni ominira ṣe ayẹwo ohun ọdẹ ati kokoro arun aperanje lati pinnu eyikeyi awọn ayipada ninu mofoloji sẹẹli nitori apanirun. Ọna dudu ti Sudan jẹ lilo fun airi opiti ti ikojọpọ PHB.
Dagba ASxL5T awọn aṣa moju nipa didimu idagbasoke lori BHI tabi awọn awo BA pẹlu swab ti ko ni ifo. Gba awọn sẹẹli ASxL5T ki o da wọn duro ni MRD (CM0733, Oxoid), ati lẹhinna gbe wọn si 4°C fun awọn ọjọ 7 lati pa awọn sẹẹli naa. Itọkasi NCTC tabi aṣa kokoro-arun iṣura yàrá ti a fi sinu omitooro BHI tabi No. Asa: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella 4conostica NCTC 10817, Listeria Special kokoro arun NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, Salmonella Moncilde4NC intestinal NCTC. 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Olutọju Campylobacter jẹ microaerobically incubated lori awọn awo BA ni 37 ° C ati daduro ni N.ZC broth. Awọn ogun Campylobacter ti a ṣe idanwo ni: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11445NC, C.11458TC, C.11458C. PT14, C... Gba awọn sẹẹli ni MRD, centrifuge ni 13,000g ati ki o tun pada ni MRD titi OD600 yoo jẹ 0.4. Fi aliquot kan ti 0.5 milimita idadoro si 5 milimita yo o NZCYM oke agar (0.6% agar) ki o si tú u sori awo isalẹ 1.2% NZCYM kan. Lẹhin itọju ati gbigbe, ASxL5T ti a fo ni tẹlentẹle ti pin bi 20 µl droplets lori igbimọ odan kọọkan ni ilọpo mẹta. Iwọn otutu aṣa ati oju-aye da lori awọn ibeere ti kokoro arun idanwo.
Lo GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) lati ṣeto DNA lati awọn ipinya kokoro-arun. Awọn ọna boṣewa ni a lo fun imudara PCR ti jiini 16S rRNA ati ipinnu ọkọọkan ọja nipa lilo kemistri ifopinsi dye (Iṣẹ Kawe Iye Eurofins, Jẹmánì). Lo eto BLAST-N lati ṣe afiwe awọn ilana wọnyi pẹlu awọn ilana jiini 16S rRNA miiran lati ṣe idanimọ ati gba awọn eya ti o ni ibatan pẹkipẹki. Iwọnyi wa ni ibamu pẹlu lilo ClustalW ninu eto MEGA X. Igi phylogenetic ti tun ṣe ni lilo MEGA X ni lilo ọna iṣeeṣe ti o pọju ti o da lori awoṣe Tamura-Nei, pẹlu awọn ẹda itọsọna 100054. Lo PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) lati yọ DNA jade fun itọsẹ-ara-odidi. Ilana jiini ti ASxL5T ni a pinnu ni lilo apapo Illumina MiSeq, eyiti o ni 250 bp awọn iwe kika ipari-meji ti o jẹ ti ile-ikawe ti a pese sile nipa lilo ohun elo isamisi Nextera ati 2 si 20 kb kika gigun lati ori pẹpẹ PacBio. Genomics DNA Sequencing Iwadi Ohun elo ni Sembia University. A kojọpọ jiini naa ni lilo CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark). Awọn aṣa ASxL5T ti wa ni ipamọ ni Akojọpọ Iru Aṣa ti Orilẹ-ede (UK) ati Gbigba Asa Kokoro ti Netherlands (NCCB). Awọn genomes ti awọn oganisimu ti o jọmọ ti a lo fun lafiwe ni: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (nọmba wiwọle HF680312, pipe); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (nọmba wiwọleỌY01000001, ti ko pe); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (nọmba wiwọle NZ_AUGV00000000, ti ko pe); Marinamonas agbegbe DSM 5604T (fikun ASM436330v1, ti ko pari), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (fi kun MTSD02000001, ti ko pe) ati Thalassolituus sp. C2-1 (fi NZ_VNIL01000001 kun, ti ko pe). Lo JGI Genome Portal36 ni https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= lati pinnu Dimegilio titete (AF) ati apapọ idanimọ acid nucleic (ANI). Ni orisii. Ọna ti Rodriguez-R & Konstantinidis55 ni a lo lati pinnu idanimọ amino acid (AAI). Lo GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 lati ṣe agbero ti o ṣeeṣe ti o pọju igi phylogenetic. Jiini igbewọle ti o nsoju jiini itọkasi ti o wa ni a yan lati inu atọka atọka ti a damọ bi o ni ibatan si ASxL5T lati inu ẹda-ara 16S rRNA. Itọkasi igi naa ni lilo igi ibaraenisepo ti ohun elo ori ayelujara (https://itol.embl.de/). Itọkasi iṣẹ ati itupalẹ ASxL5T genome ni a ṣe ni lilo ohun elo ori ayelujara BlastKOALA KEGG nipa lilo pinpin imudara module KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Pipin awọn ẹka COG (awọn ẹgbẹ orthologues) jẹ ipinnu nipa lilo ohun elo ori ayelujara eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ ati Muñoz-Dorado, J. Apanirun kokoro arun: 75 ọdun ati pe o tẹsiwaju! . ayika. microorganism. Ọdun 18, 766-779 (2016).
Linares-Otoya, L. ati bẹbẹ lọ Oniruuru ati agbara antibacterial ti awọn kokoro arun aperanje lori eti okun Peruvian. Òògùn March. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Nipasẹ awọn Jiini wọn, iwọ yoo loye wọn: awọn abuda genomic ti awọn kokoro arun apanirun. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Igbesi aye apanirun ti bacteriophage Bdellovibrio. fi sori ẹrọ. Aguntan microbes. 63, 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Awọn egboogi lati awọn kokoro arun apanirun. Beilstein J. Histochemistry 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio ati iru oganisimu ni o wa asọtẹlẹ ti microbiome oniruuru ni orisirisi awọn ogun olugbe. microorganism. Ekoloji. Ọdun 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. ati Ballesté-Delpierre, C. Ṣawari ipo lọwọlọwọ ti awọn aṣoju antibacterial tuntun. isẹgun. microorganism. Kokoro. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Ijẹrisi meji ti phage ati phage le pa E. coli prey kuro laisi apaniyan kan. J. kokoro arun. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Awọn kika ati oniruuru ti Campylobacter ati awọn bacteriophages ti o ya sọtọ ni akoko ifunni ti awọn adie-ọfẹ ati awọn adie Organic. Ohun elo ayika. microorganism. Ọdun 71, 1259-1266 (2005).
Wilkinson, DA ati bẹbẹ lọ Ṣe imudojuiwọn taxonomy genomic ati ajakale-arun ẹlẹdẹ ti Campylobacter. sayensi. Aṣoju 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Ṣiṣan iṣẹ ore-olumulo fun awọn eto jinomiki. Bioinformatics 35, 4162-4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Ọna titete lẹsẹsẹ pupọ ti o dinku akoko ati idiju aaye. BMC ti ibi alaye. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Ọpa kan fun titete laifọwọyi ati gige ni iṣiro phylogenetic ti o tobi. Bioinformatics 25, 1972-1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC gene ati metagenomic lesese ìtúmọ bẹrẹ asọtẹlẹ ojula. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Cross-platform ati daradara NCBI classification irinṣẹ. Bio Rxiv. (Wiwọle si Okudu 1, 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Iye owo, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-isunmọ igi iṣeeṣe ti o pọju pẹlu titete nla. PLoS Ọkan 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Wiwọle si Okudu 1, 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Iwadi Nucleic acid. 28, 27-30 (2000).
Czech Republic, L. ati bẹbẹ lọ Awọn ipa ti extremolytes ectoine ati hydroxyectoine gẹgẹbi awọn aabo aapọn ati awọn ounjẹ: Jiini, awọn eto genomics, biochemistry, ati igbekale igbekale. Jiini (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Iyatọ amuaradagba ikosile nigba idagba ti ọranyan tona hydrocarbon-ibajẹ bacterium Thalassolituus oleivorans MIL-1 nigba idagba ti alabọde ati ki o gun pq alkanes . iwaju. microorganism. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., ati Jurkevitch, E. Ọna tuntun ti jinomiki afiwera fun asọye awọn afihan pato-phenotypic ṣe afihan ogún kan pato ninu ami kokoro arun aperanje. Public Science Library Ọkan. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, ati bẹbẹ lọ Thalassolituus oleivorans pupọ. Oṣu kọkanla, sp. nov., Iru tuntun ti kokoro arun oju omi ti o ṣe amọja ni lilo awọn hydrocarbons. okeere. J. Eto. itankalẹ. microorganism. 54, 141-148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Oṣu kọkanla, sp. Ni Oṣu kọkanla, o yapa kuro ninu omi okun ti n kaakiri ni Gusu Pacific. okeere. J. Eto. itankalẹ. microorganism. Ọdun 66, 5010-5015 (2016).